17起初，突厥颉利灭亡后，北方空虚，（胡三省注：薛延陀真珠可汗率领他的部落在都尉犍山以北、独逻水以南建立王庭，（胡三省注：薛延陀建立王庭的地方在郁督军山，东南距离京城才三千多里。《新唐书》说：乌德犍山附近，嗢昆河、独逻河都向东北弯曲流淌，嗢昆河在南，独逻河在北，经过回纥牙帐东北五百里汇合。）拥有二十万军队，立他的两个儿子拔酌、颉利苾分别主管南部、北部。太宗因为薛延陀强盛，担心以后难以控制，癸亥日，封他的两个儿子都为小可汗，各赐给鼓和大旗，（胡三省注：对外表示优待尊崇，实际是分散他们的势力。）
18冬季，十月，乙亥日，巴州（今四川巴中）獠人反叛。
19己卯日，太宗在始平（今陕西兴平）打猎；乙未日，返回京城。
20钧州（今河南禹州）獠人反叛；派遣桂州都督张宝德讨伐平定他们。
21十一月，丁未日，开始在玄武门设置左、右屯营飞骑，由各位将军统领。又选拔飞骑中才能力量出众、擅长骑马射箭的，号称百骑，穿着五色袍，骑着骏马，用虎皮做马鞍垫，凡是皇帝出游就跟随。
22己巳日，明州（今越南河静西北）獠人反叛；派遣交州都督李道彦讨伐平定他们。
23十二月，辛巳日，左武侯将军上官怀仁在壁州（今四川通江）进攻反叛的獠人，大败他们，俘虏男女一万多人。
24这一年，任命给事中马周为中书舍人。马周机智善辩，中书侍郎岑文本常常称赞：“马君议论事情，引用事例，评论古今，（胡三省注：毛晃说：扬榷，是大致列举，又有牵制、列举引申的意思。）抓住要点，删除繁琐，文辞恰当，道理确切，一字不可增，也不可减，听他说话，娓娓动听，让人忘记疲倦。”
25霍王李元轨喜欢读书，恭敬谨慎，坚守本分，行动不胡乱。担任徐州刺史，和处士刘玄平结为平民朋友。有人问刘玄平霍王的长处，刘玄平说：“没有长处。”问的人觉得奇怪。刘玄平说：“人有短处才能显出长处，至于霍王，没有短处，我怎么能说他的长处呢！”
26起初，西突厥咥利失可汗把国家分为十部，每部有一位酋长，（胡三省注：还各赐给一支箭，称为十箭。又分为左、右两厢，左厢称为五咄陆，设置五大啜，居住在碎叶（今吉尔吉斯斯坦托克马克附近）以东；右厢称为五弩失毕，设置五大俟斤，居住在碎叶以西；统称为十姓。（胡三省注：咄陆五啜的称号是：处木昆律啜，胡禄屋阙啜，摄舍提敦啜，突骑施贺逻施啜，鼠尼施处半啜。弩失毕五俟斤的称号是：阿悉结阙俟斤，哥舒阙俟斤，拔寒干暾沙钵俟斤，阿悉结泥孰俟斤，阿舒虚半俟斤。碎叶城在焉耆碎叶川。从安西向西北千里到达碎叶。杜佑说：碎叶川长一千多里，东头有热海，西头有怛逻斯城。）咥利失失去人心，被他的大臣统吐屯袭击。咥利失战败，和他的弟弟步利设逃到焉耆据守。（胡三省注：《新唐书》说：焉耆国在京城以西七千多里，纵横六百里，南北四百里；该国东边是高昌，西边是龟兹，南边是尉黎，北边是乌孙，是汉朝的旧国。）统吐屯等人准备立欲谷设为大可汗，恰逢统吐屯被人杀死，欲谷设的军队也战败，咥利失重新得到旧地。到这时，西部最终立欲谷设为乙毗咄陆可汗。乙毗咄陆即位后，和咥利失大战，杀伤很多人。于是把领地一分为二，从伊列水以西属乙毗咄陆，以东属咥利失。（胡三省注：伊列水也叫伊丽水，注释详见后面。）
27处月、处密和高昌一起攻占焉耆五座城池，掳掠男女一千五百人，烧毁他们的房屋后离去。（胡三省注：这为讨伐高昌埋下伏笔。）
贞观十三年（己亥、639）
1春季，正月，乙巳日，太宗车驾拜谒献陵；（胡三省注：唐朝拜谒皇陵的制度：设置行宫，距离皇陵十里，在斋室设置座位，在皇陵道路西南设置小次，在寝殿西南设置大次。侍臣在大次西南，陪位的人又在西南，都面朝东。文官在北，武官在南，朝集使又在他们南边，都根据地形安排。皇帝到达行宫，就到斋室，陵令进献玉册供签署，在皇陵东南角设置御位，面朝西；如果有山冈阻隔，就根据地形设置。又在寝宫的殿东阶东南设置位置，面朝西，礼器摆放在堂屋门东南。百官、侍从宗室、宾客使者在神道左右就位。寝宫则分方位依次站在大次前。当天凌晨五刻，在陵寝陈列黄麾仪仗，三刻，行事官及宗室