常说：‘至尊嫌我庶子多，高纬、陈叔宝难道是嫡子吗！’（胡三省注：说二君都是嫡出却亡国，孼，鱼列翻，《说文》称庶子为孼）曾让巫婆占卜吉凶，对我说：‘至尊的忌年在十八年，这日子不远了。’”文帝流泪说：“谁不是父母所生，竟到这地步！我近来读《齐书》（胡三省注：当时李百药所撰《齐书》未出，文帝读的是崔子发《齐纪》），见高欢放纵儿子，不胜愤怒，怎能效仿！”于是囚禁杨勇和诸子，分别逮捕他的党羽。杨素舞文弄墨，罗织罪名构成案件。
几天后，有关部门按杨素的意思，上奏元旻常曲意侍奉杨勇，心存依附，在仁寿宫时，杨勇派亲信裴弘送信给元旻，信上写“勿令人见”。文帝说：“我在仁寿宫，稍有小事，东宫必知，比驿马还快，我奇怪很久，难道不是这伙人干的！”派武士在左卫仗（胡三省注：左卫的仪仗卫队）中逮捕元旻。右卫大将军元胄当时正要下班，却不离开，上奏说：“臣刚才不下班，是为防备元旻。”于是将元旻和裴弘下狱。
此前，杨勇见老枯槐树，问：“这能做什么？”有人回答：“古槐尤其适合取火。”（胡三省注：燧是取火的木材）杨勇命工匠造几千个火燧，想赐给左右；到这时，在仓库中查获。又药藏局（胡三省注：《隋志》东宫门下坊统药藏局）贮存几斛艾草，被搜出，文帝很奇怪，问姬威，姬威说：“太子这意思另有所图，至尊在仁寿宫时，太子常饲养一千匹马，说：‘直接去守城门，自然饿死他们。’”杨素用姬威的话质问杨勇，杨勇不服：“听说公家有几万匹马，我愧为太子，有一千匹马就是谋反吗！”杨素又拿出东宫服饰玩物中似乎有雕刻装饰的，全陈列在庭院，给文武群臣看，作为太子的罪状。文帝和皇后又多次派使者责备杨勇，杨勇不服。
冬季，十月，乙丑日，文帝派人召杨勇，杨勇见使者惊问：“难道要杀我吗？”文帝穿军服列阵，驾临武德殿（胡三省注：武德殿在延恩殿西），召集百官站在东面，宗室站在西面，引杨勇和诸子列在殿庭，命内史侍郎薛道衡宣读诏书，废杨勇及其子女的王、公主封号。杨勇拜了两拜说：“臣该伏尸街市，为后人鉴戒；有幸蒙怜悯，得保性命！”说完，泪湿衣襟，接着行礼拜别离开（胡三省注：舞蹈是朝拜的礼仪，《礼乐记》说“嗟叹之不足，故不知手之舞之，足之蹈之”），左右无不怜悯却不敢说话。长宁王杨俨上奏请求宿卫，言辞悲哀恳切；文帝看了怜悯。杨素进言说：“希望圣心像被蝮蛇咬手一样（胡三省注：蝮蛇咬手，壮士断腕，杨素用此比喻，太过分了），不应再在意。”
己巳日，下诏：“元旻、唐令则及太子家令邹文腾（胡三省注：《隋志》太子家令掌刑法、食膳等）、左卫率司马夏侯福、典膳监元淹（胡三省注：《隋志》典膳局置监、丞，属门下坊）、前吏部侍郎萧子宝、前主玺下士何竦（胡三省注：主玺下士是后周官职），都处斩，妻妾子孙没入官府。车骑将军榆林人阎毗（胡三省注：阎毗是榆林盛乐人，以车骑将军宿卫东宫，阎是姓，《左传》晋有阎嘉）、东郡公崔君绰、游骑尉沈福宝、瀛州术士章仇太翼（胡三省注：孙愐说汉有章弇，因避仇加“仇”字为章仇氏），特免死，各打一百杖，本人及妻子儿女、财产田宅都没入官府。副将作大匠高龙叉、率更令晋文建（胡三省注：隋率更令掌东宫伎乐、漏刻）、通直散骑侍郎元衡，都赐死。”于是召集群臣到广阳门外，宣读诏书行刑。将杨勇移到内史省，供给五品官的口粮。赐杨素物品三千段，元胄、杨约各一千段，奖赏他们审讯杨勇的功劳。
文林郎杨孝政上书劝谏：“皇太子被小人误导，应加以教诲，不应废黜。”文帝发怒，打他的胸部。
起初，云昭训的父亲云定兴，出入东宫毫无节制，多次进献奇服异器来讨好；左庶子裴政多次劝谏，杨勇不听。裴政对云定兴说：“你所作所为不合礼法。再说，元妃突然去世，外面议论纷纷，这对太子不是好名声。你应主动引退，否则将遭祸。”云定兴告诉杨勇，杨勇更疏远裴政，因此裴政出任襄州（今湖北襄阳）总管。唐令则被杨勇亲近，常让他以歌舞教宫女，右庶子刘行本责备：“庶子应辅佐太子走正道，怎能在后宫取媚！”唐令则很惭愧却不改。当时沛国人刘臻、平原人明克让、魏郡人陆爽，都因文学被杨勇亲近；刘行本恨他们不能规劝，常对三人说：“你们只懂读书！”夏侯福曾在阁内和杨勇嬉戏，大笑声传到外面。刘行本听到后，等他出来，数落：“殿下宽容，给你面子。你是什么小人，敢如此轻慢！”于是交执法者处置。几天后，杨勇为夏侯福求情，才释放。杨勇曾得良马，想让刘行本乘骑观看，刘行本严肃说：“至尊让我任庶子，是要辅佐殿下，不是做殿下的弄臣。”杨勇惭愧作罢。到杨勇被废，裴政、刘行本已去世，文帝感叹：“若裴政、刘行本在，杨勇不会到这地步。”
杨勇曾宴请宫臣，唐令则自己弹琵琶，唱《娬媚娘》。洗马李纲（胡三省注：隋制门下坊司经局置洗马四人，洗，悉荐翻）起身对杨勇说：“令则身