元叉担心元怿最终会危害自己，就和刘腾秘密谋划，让主食中黄门胡定自己陈述（胡三省注：主食，是掌管皇帝饮食的人；列，陈述）说：“元怿用财物贿赂我，让我毒死魏主，如果他能成为皇帝，许诺给我富贵。”当时魏主才十一岁，相信了这话。秋季七月丙子日，太后在嘉福殿，没有到前殿，元叉侍奉魏主到显阳殿，刘腾关闭了永巷门，太后不能出来。元怿进来，在含章殿后遇到元叉，元叉大声呵斥，不让元怿进入，元怿说：“你想谋反吗！”元叉说：“我不谋反，只是想捆绑谋反的人而已！”命令宗士和直斋抓住元怿的衣袖，把他带到含章东省（胡三省注：北魏设置宗师，宗士是他的下属。直斋，是在殿内斋阁当值的人，属于直阁。将，引领，送往），派人看守他。刘腾声称诏令召集公卿商议，判定元怿犯了大逆之罪；众人都害怕元叉，没人敢有异议，只有仆射新泰文贞公游肇直言认为不可以（胡三省注：《五代志》记载新泰县属于琅邪郡），最终不肯在文书上署名。
元叉、刘腾拿着公卿的商议结果进宫，不久得到魏主的批准（胡三省注：魏主批准了他们的奏请），在夜里杀死了元怿。于是伪造太后的诏令，自称有病，把政权交还给魏主。将太后幽禁在北宫宣光殿，宫门日夜紧闭，内外隔绝，刘腾亲自掌管钥匙，魏主也不能去探望（胡三省注：省，读xing；见，读jiàn），只允许递送食物而已。太后的衣服饮食都被削减，不免遭受饥寒，于是感叹说：“养虎却被虎咬伤，说的就是我啊。”又派中常侍酒泉人贾粲侍奉魏主读书，暗中命令他监视魏主的行动。元叉于是和太师高阳王元雍等人共同辅佐朝政，魏主称元叉为姨父。元叉和刘腾内外勾结，专权擅政，元叉在外面应对，刘腾在里面防备，常常在宫中值宿，共同决定赏罚，政事无论大小，都由他们二人决定，威势震动朝廷内外，百官都小心翼翼
朝廷内外听到元怿的死讯，无不沮丧，胡人、夷人有几百人为此割面哀悼。游肇愤恨抑郁而死。
8辛卯日，魏主举行加冠礼，大赦天下，改年号为正光。
9北魏相州刺史中山文庄王元熙，是元英的儿子（胡三省注：元英在魏孝文帝、宣武帝时期，多次领兵立下战功），和弟弟给事黄门侍郎元略、司徒祭酒元纂（胡三省注：从曹魏以来，公府设有东、西阁祭酒），都受到清河王元怿的厚待，听说元怿死了，在邺城起兵，上奏表想要诛杀元叉、刘腾，元纂逃奔邺城。十天后，长史柳元章等人率领城中百姓击鼓呐喊着进入府衙，杀死了元熙身边的人，抓住元熙、元纂以及他们的儿子们，把他们关押在高楼上。八月甲寅日，元叉派遣尚书左丞卢同到邺城街头斩杀了元熙，连同他的子弟们。
元熙喜好文学，有风度义气，很多名士都和他交往，临死前，给老朋友写信说：“我和弟弟都承蒙皇太后的知遇之恩，我驻守大州，弟弟在宫中侍奉，皇太后的亲切态度，恩情如同慈母。现在皇太后被废黜在北宫，太傅清河王横遭屠杀，主上年幼，独自在前殿。君主和亲人落到这般地步，我无法安心，所以率领军民想要在天下伸张正义。只是智力浅薄，很快就被囚禁，上愧对朝廷，下愧对知己。本来是为了名节而行动，不得不这样做，肝肠寸断，还有什么可说的呢！各位君子，各自谨慎自己的言行，为国家为自身，好好勉励名节！”听到的人都同情他。元熙的首级送到洛阳，亲戚朋友没人敢去看，前骁骑将军刁整独自收殓了他的尸体并埋葬了。刁整是刁雍的孙子（胡三省注：刁雍离开晋朝投奔北魏，在淮水、汝水之间立下功劳）。卢同迎合元叉的意思，严厉追查元熙的党羽，把济阴内史杨昱锁拿到邺城（胡三省注：济阴郡，汉、晋时期属于兖州，北魏属于西兖州），拷问了一百天，才让他