陈显达叛乱时，东昏侯又召诸王入宫。巴陵王萧昭胄鉴于永泰年间的祸难，（胡三省注：齐明帝永泰元年，王敬则反叛，东昏侯召诸王入宫，想杀死他们而中途停止。）与弟弟永新侯萧昭颖假装成僧人，逃到江西（今长江以西地区）。（胡三省注：萧昭胄是萧子良的儿子。萧子良是齐武帝的次子。）等到崔慧景起兵，萧昭胄兄弟出来投奔他。崔慧景心里更倾向萧昭胄，（胡三省注：萧宝玄是齐明帝的儿子。萧昭胄是齐武帝的孙子；齐武帝是齐高帝的嫡长子一脉，所以崔慧景倾向他。）犹豫不知道该立谁。
竹里的胜仗，崔觉与崔恭祖争功，崔慧景不能决断。崔恭祖劝崔慧景用火箭烧北掖楼，崔慧景认为大事即将平定，以后如果再建造，花费的功力太多，不听从。（胡三省注：说花费功力太多。）崔慧景生性喜欢谈论义理，还懂佛理，停留在法轮寺，对着客人高谈阔论，（胡三省注：客人指何点。）崔恭祖心怀怨恨。
当时豫州刺史萧懿率兵在小岘，（胡三省注：萧懿率兵讨伐寿阳，驻扎在小岘。）东昏侯派遣密使告诉他情况。萧懿正在吃饭，扔下筷子站起来，率领军主胡松、李居士等几千人从采石（今安徽马鞍山南）渡江，驻扎在越城（今江苏南京南）举火，城中（朝廷中）击鼓呼喊庆祝。（胡三省注：城中，指朝廷中；因为援兵到来而高兴。）崔恭祖先劝崔慧景派遣两千人阻断西岸的军队，让他们不能渡江。（胡三省注：西岸兵，指萧懿的军队从江西来救援。）崔慧景认为城池早晚就会投降，外部救援自然会散去，不听从。到这时，崔恭祖请求攻击萧懿的军队，又不被允许；只派遣崔觉率领几千精锐士兵渡到南岸（秦淮河以南）。萧懿的军队在黎明时分进军交战，几个回合后，士兵都拼死作战，崔觉大败，跳进淮河死的有两千多人。崔觉单人匹马撤退，打开浮桥（朱雀桁）阻断淮河。崔恭祖抢得东宫的歌女，崔觉逼迫夺取。崔恭祖积怨加深，当天夜里，与崔慧景的骁将刘灵运到城中投降。
夏季，四月，癸酉日，崔慧景率领几个心腹暗中离去，想向北渡江；城北的各路军队不知道，还在抵抗作战。城中出兵反击，杀死几百人。萧懿的军队渡过北岸（秦淮河以北），崔慧景的残余部众都逃散了。崔慧景包围城池共十二天而失败，随从在路上逐渐逃散，单人匹马到蟹浦（今江苏南京西北长江边），被渔人斩杀，（胡三省注：把他的头放进装鳅鱼的篮子里，挑着送到建康。）崔恭祖被关押在尚方（宫廷手工业机构），不久被杀。崔觉逃亡成为僧人，被捕获，伏法处死。萧宝玄刚到建康时，驻军在东城（东府城），士民大多前去投奔。崔慧景失败后，搜得朝廷内外投奔萧宝玄和崔慧景的人名，东昏侯下令烧掉，说：“江夏王尚且这样，难道能再怪罪其他人！”（胡三省注：昏庸残暴的君主，难道没有一句近乎道理的话！东昏侯这句话是对的。）萧宝玄逃亡几天后才出来。东昏侯召他进入后堂，用步障（遮挡视线的屏幕）裹住他，让左右几十人击鼓吹角在外面奔驰环绕，（胡三省注：《晋志》说：鼓，按照《周礼》用薣鼓指挥军事。角，解说的人说，蚩尤率领魑魅与黄帝在涿鹿作战，黄帝于是开始吹角模仿龙吟来抵御他们。后来魏武帝北征乌丸，越过沙漠，而士兵思念返回，于是减为中鸣，更加悲凉。）派人对萧宝玄说：“你近来包围我也是这样。”
起初，崔慧景想结交处士何点，何点不理睬。等到包围建康，逼迫召见何点；何点前往他的军中，整天谈论义理，不涉及军事。崔慧景失败后，东昏侯想杀死何点。萧畅对茹法珍说：“何点如果不引诱贼寇一起谈论，后果难以估量。（胡三省注：说何点如果不与崔慧景谈论义理，那么崔慧景就会每天专心攻城，安危难以预料。）从这来说，他反而应该得到封赏！”东昏侯才作罢。何点是何胤的哥哥。（胡三省注：何胤隐居在会稽若邪山。）
8萧懿离开小岘后，王肃也返回洛阳。往来的边疆人谎称王肃又谋划回国；五月，乙巳日，北魏下诏任命王肃为都督豫、徐、司三州诸军事、豫州刺史、西丰公。
9己酉日，江夏王萧宝玄伏法处死。
10壬子日，大赦天下。
11六月，丙子日，北魏彭城王元勰进位大司马，兼任司徒；王肃加授开府仪同三司。（胡三省注：奖赏夺取寿阳的功劳。）
12太阳蛮田育丘等两万八千户归附北魏；（胡三省注：“太阳”应当写作“大阳”。）北魏设置四郡十八县。
13乙丑日，特别赦免建康、南徐、兖二州。（胡三省注：崔慧景从南兖州回军向南，徐州人跟随他，进军包围建康，而建康人又多有跟随他的。已经大赦，却诛杀和赦免失当，所以又特别赦免这三个地方。）在此之前，崔慧景被平定后，下诏赦免他的党羽。但宠臣当权，不依照诏书，无罪而家境富裕的，都被诬陷为贼党，杀死后没收财产；实际依附贼寇而贫穷的都不追究。