乙丑日（十四日），卢循到淮口（秦淮河入长江的口），朝廷内外戒严。琅邪王司马德文都督宫城诸军事，驻守中堂皇（没有四壁的堂屋）。刘裕驻守石头城，各将领分别驻守。刘裕的儿子刘义隆刚四岁，刘裕派谘议参军刘粹辅佐他，镇守京口。刘粹是刘毅的族弟。
刘裕见百姓在水边观望贼军，感到奇怪，问参军张劭，张劭说：“如果您没有返回，百姓逃窜都来不及，又怎么能观望！现在应该是不再恐惧了。”刘裕对将佐说：“贼军如果从新亭（今江苏南京西南）直进，锋芒不可阻挡，应该暂且回避，胜负难以预料；如果返回停泊在西岸（指蔡洲，今江苏南京西南长江中），就会被我们擒获。”
徐道覆请求从新亭到白石（今江苏南京西北）烧毁船舰上岸，分几路进攻刘裕。卢循想求万全之策，对徐道覆说：“大军未到，孟昶就望风自杀；从大势来看，自然会在几天内溃败。现在在一天内决胜负，侥幸求利，既不是一定能攻克的办法，而且会杀伤士兵，不如按兵不动等待他们。”徐道覆因为卢循多疑少决，于是感叹说：“我最终会被卢公所误，事情一定不能成功；如果我能为英雄效力，平定天下不在话下。”
刘裕登上石头城眺望卢循的军队，起初见他们驶向新亭，回头看身边的人，脸色大变；不久他们返回停泊在蔡洲，才高兴起来。于是各路军队转而聚集。刘裕担心卢循侵袭，采用虞丘进的计策，砍伐树木，在石头城的淮口设置栅栏，整修越城（今江苏南京中华门外），修筑查浦（今江苏南京西南，近秦淮口）、药园（种植芍药的地方）、廷尉（廷尉寺所在地）三个营垒，（胡三省注：据《晋书·帝纪》，三垒都在淮口。）都派兵防守。
刘毅历经蛮、晋地区（胡三省注：西阳上下各蛮居住的地方叫蛮；是编户百姓，应承担租税徭役的叫晋。），仅能自救，随从的人饥饿疲惫，死亡的有十分之七八。丙寅日（十五日），到建康，等待治罪。刘裕安慰勉励他，让他掌管朝廷内外留守事务。刘毅请求自降官职，下诏降为后将军。
11北魏长孙嵩到漠北后返回，柔然追击，把他包围在牛川（今内蒙古锡拉木林河）。壬申日（二十一日），北魏主拓跋嗣向北攻击柔然。柔然可汗社仑听说后，逃走，途中死去；他的儿子度拔还年幼，部众立社仑的弟弟斛律，号蔼豆盖可汗。拓跋嗣领兵返回参合陂（今内蒙古凉城东北）。
12卢循在南岸（秦淮河口南岸）埋伏军队，派老弱士兵乘船向白石，声称全部军队从白石步行上岸。刘裕留下参军沈林子、徐赤特戍守南岸，阻断查浦，命令他们坚守不动；刘裕及刘毅、诸葛长民向北出兵抵御。沈林之说：“妖贼这话，未必属实，应该严密防备。”刘裕说：“石头城险要，而且淮河栅栏很坚固，留下你在后面，足以防守。”沈林子是沈穆夫的儿子。（胡三省注：沈穆夫是吴兴武康人。隆安三年，孙恩侵犯会稽，三吴响应。沈穆夫在会稽，孙恩任命他为余姚令，孙恩被刘牢之打败，同时杀死沈穆夫。）
庚辰日（二十九日），卢循焚烧查浦，进军到张侯桥。徐赤特将要攻击，沈林之说：“贼军声称去白石却多次来挑战，他们的意图可知。我们寡不敌众，不如坚守险要等待大军。”徐赤特不听，于是出