9当初，南凉王秃发傉檀派遣左将军枯木等人讨伐沮渠蒙逊，抢掠临松（今甘肃张掖南，张天锡分张掖设置临松郡）一千多户后返回。沮渠蒙逊讨伐南凉，到显美（今甘肃永昌东南，汉属张掖郡，晋属武威郡），迁徙几千户离去。南凉太尉俱延又讨伐蒙逊，大败而回。这个月，秃发傉檀亲自率领五万骑兵讨伐蒙逊。在穷泉（今甘肃张掖东南）交战，秃发傉檀大败，单骑逃回。蒙逊乘胜进军包围姑臧，姑臧人鉴于王钟被诛杀（胡三省注：王钟被诛杀见上卷义熙四年。），都惊慌溃散，汉族、夷族一万多户投降蒙逊。秃发傉檀害怕，派遣司隶校尉敬归及儿子秃发佗作为人质向蒙逊求和，（胡三省注：何承天《姓苑》：敬姓是黄帝孙敬康的后代；《风俗通》：是陈敬仲的后代。）蒙逊答应了；敬归到胡坑，逃回，秃发佗被追兵抓获，蒙逊迁徙他的部众八千多户离去。右卫将军折掘奇镇占据石驴山（今甘肃武威西南长宁川西北，属晋昌郡）反叛。秃发傉檀害怕蒙逊的逼迫，又担心岭南被奇镇占据，于是迁都到乐都，留下大司农成公绪镇守姑臧。秃发傉檀刚出城，魏安人侯谌等人（胡三省注：《晋书·载记》作“焦谌、王侯等”。）关闭城门作乱，收编三千多家，占据南城，推举焦朗为大都督、龙骧大将军，侯谌自称凉州刺史，投降蒙逊。（胡三省注：秃发傉檀自从占据姑臧之后，与四邻交战，每次都失败，不仅失去姑臧，也不能保住乐都了。《诗经》说：“不要耕种大田，野草长得很高。不要思念远方的人，忧劳心切。”正说的是这种情况。）
10刘裕到下邳，用船运载辎重，亲自率领精锐部队步行返回。到山阳（今江苏淮安），听说何无忌败死，担心京城失守，轻装急进，与几十人到淮河岸边，（胡三省注：李延寿《南史》作“江上”，应当依从，因为刘裕到山阳就已经渡过淮河了。）向行人询问朝廷的消息。行人说：“贼军还没到，刘公如果回来，就没什么可担忧的了。”刘裕大喜。将要渡江，风很大，众人都认为难渡。刘裕说：“如果天命帮助国家，风会自己停止；如果不是这样，淹死了又有什么害处！”立即命令登船，船一移动风就停了。过江后，到京口，众人才安定下来。夏季，四月，癸未日（初二），刘裕到建康。因为江州沦陷，上表请求交回印章绶带，朝廷下诏不允许。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜各自领兵入卫建康。（胡三省注：青州、兖州、并州当时都侨置在江淮之间。）刘藩是豫州刺史刘毅的堂弟。刘毅听说卢循入侵，将要抵御却生病；病愈后，将要出发。刘裕给他写信说：“我过去熟悉攻击妖贼（指孙恩、卢循等，胡三省注：孙泰用左道惑众，孙恩、卢循都是他的党羽，所以称为妖贼。），了解他们的战术变化。贼军刚刚获得胜利，锋芒不可轻视。现在修船即将完毕，将与弟弟一同出兵。平定贼军后，上游的重任，都交给你。”又派遣刘藩前去，劝止他。刘毅发怒，对刘藩说：“过去因为一时的功劳互相推举罢了，你就认为我真的比不上刘裕吗！”把信扔在地上，率领二万水军从姑孰（今安徽当涂，刘毅当时以豫州刺史镇守姑孰）出发。
卢循当初入侵时，派徐道覆攻向寻阳，自己率领军队进攻湘中各郡（今湖南地区，汉长沙、零陵、桂阳等地）。荆州刺史刘道规派遣军队迎战，在长沙战败。卢循进军到巴陵（今湖南岳阳），将要攻向江陵。徐道覆听说刘毅将要到来，派使者快马报告卢循说：“刘毅兵力强盛，成败在此一举，应该合力打败他；如果这次胜利，江陵就不值得担忧了。”卢循当天从巴陵出发，与徐道覆合兵东下。五月，戊午日（初七），刘毅与卢循在桑落洲（今江西九江东北长江中）交战，刘毅军队大败，弃船，率几百人步行逃走，其余部众都被卢循俘虏，丢弃的辎重堆积如山。
当初，卢循到寻阳，听说刘裕已经返回，还不信；攻克刘毅后，才得到确切消息，（胡三省注：审者，知道实情；问，消息。）与他的党羽相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据荆、江二州来对抗朝廷。徐道覆认为应该乘胜直进，坚决争辩。卢循犹豫了几天，才听从他的意见。己未日（初八），朝廷大赦天下。刘裕招募人当兵，赏赐和京口起义时相同。（胡三省注：刘裕在京口起兵讨伐桓玄，起义的人报酬比当时丰厚。）征发百姓修建石头城。议论的人认为应该分兵防守各渡口要道，刘裕说：“贼众我寡，如果分兵驻守，就会让敌人知道我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。现在在石头城聚集军队，根据情况应付，既让他们无法估计我们的兵力多少，又使兵力集中。如果军队逐渐聚集，再慢慢商议。”
朝廷听说刘毅战败，人