壬戌（初五），玄司徒王谧与众人商议推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞。于是任命王谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，王谧推举刘裕为使持节、都督扬·徐·兖·豫·青·冀·幽·并八州诸军事、徐州刺史（胡三省注：使指使者），刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹杨尹，刘道规为义昌太守（胡三省注：《宋永初郡国志》记载，安丰有义昌县。大概晋末曾设立郡，宋初撤销为县。刘裕取义昌的美名，让刘道规兼任太守）。
刘裕刚到建康，各种大事的处理都委托给刘穆之，仓促之间做出的决定，没有不合适的（胡三省注：处、分指处理；惬指合适）。刘裕于是把他当作心腹，行动举止都咨询他；刘穆之也尽心竭力，没有隐瞒。当时晋朝政令宽松，法纪不立，豪族放纵，小民困窘，加上司马元显政令错误（胡三省注：重指加上；舛指错误），桓玄虽然想整顿，却条款繁多，众人不愿服从。刘穆之斟酌时宜，根据情况纠正（胡三省注：揉曲为矫。指根据事情纠正使它回到正途）；刘裕以身作则，先用威严禁令；朝廷内外百官都严肃供职，不到十天，风气习俗立刻改变（胡三省注：史书记载刘裕有拨乱反正的才能）。
当初，诸葛长民到豫州，超过约定时间，没能发兵。刁逵抓住诸葛长民，用囚车送往桓玄。到当利（胡三省注：当利是浦名）时桓玄失败，押送的人一起打破囚车放出诸葛长民，返回奔赴历阳（胡三省注：趣指奔赴）。刁逵弃城逃跑，被他的部下抓住，在石头城斩杀，子侄无论老少都被杀死，只赦免他的小弟弟给事中刁骋。刁逵的旧部下藏起他的侄子刁雍送到洛阳（胡三省注：刁雍后来从后秦进入北魏），后秦王姚兴任命为太子中庶子。刘裕任命魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，诸葛长民为宣城内史。
当初，刘裕名声低微地位浅薄，轻佻狡猾没有品行（胡三省注：行指品行），名流都不和他交往（胡三省注：指当时的权贵名流），只有王谧独自看重他，对刘裕说：“你会成为一代英雄。”刘裕曾和刁逵赌博，不及时缴纳赌债（胡三省注：赌博输了却不立即缴纳所欠的钱，这也是赌徒轻佻狡猾的常态），刁逵把他绑在马桩上（胡三省注：枊指系马柱）。王谧见到，责备刁逵并释放了他，代替他偿还赌债。因此刘裕深深怨恨刁逵而感激王谧。
萧方等说（胡三省注：萧方等是梁元帝的嫡长子，撰写《三十国春秋》）：蛟龙潜伏时，鱼虾都敢轻视它。所以汉高祖赦免雍齿，魏武帝赦免梁鹄（胡三省注：雍齿的事情见十一卷汉高帝十一年。汉灵帝时，梁鹄为选部尚书，魏武帝想做洛阳令，梁鹄任命他为北部尉。董卓之乱，梁鹄投奔刘表。魏武帝攻破荆州，梁鹄畏惧而自己绑着到门前，被派到秘书省，以努力书写效力），怎么能因为平民时的嫌隙而造成帝王的隔阂呢！现在王谧为公，刁逵灭族，报恩报怨，多么狭隘啊！
4尚书左仆射王愉和儿子荆州刺史王绥谋划袭击刘裕，事情泄露，被灭族；王绥的侄子王慧龙被僧人彬藏匿，得以幸免（胡三省注：王慧龙后来逃奔后秦，又从后秦奔北魏）。
5北魏因为中原萧条，下诏撤销户数不满一百的县。
6丁卯（初十），刘裕返回镇守东府。
7桓玄到寻阳，郭昶之供给他器物用具、兵力。辛未（十四日），桓玄逼迫皇帝向西行进（胡三省注：上指前往），刘毅率领何无忌、刘道规等各军追击（胡三省注：帅指率领）。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之镇守湓口。桓玄在路上自己撰写《起居注》（胡三省注：杜佑《通典》说：周官有左右史，大概是现在《起居注》的起源。行动则左史书写，言语则右史书写；左史记录言语，右史记录事件。汉武帝时有《禁中起居注》，后汉马皇后撰写《明帝起居注》，则汉代《起居注》似乎在宫中，由女史担任，之后起居注都由近侍之臣记录。历代有这个职责却没有这个官职，后魏开始设置起居令史，每次出行宴会，就在皇帝左右记录皇帝的话；后来又另外设置修起居注），叙述讨伐刘裕的事情，自称谋划没有遗漏，各军违反调度，导致失败。专心深入思考着述（胡三省注：覃指深入广泛；思指思考），没时间和部下商议时事。《起居注》写成后，向远近传布。
8丙戌（二十九日），刘裕声称接受皇帝密诏，让武陵王司马遵按皇帝旨意总领百官行事，加授侍中、大将军，于是大赦，只有桓玄一族不赦免。
9刘敬宣、高雅之联合青州大族和鲜卑豪强首领谋划杀死南燕王慕容备德（胡三省注：帅指首领），推举司马休之为主。慕容备德任命刘轨