10南燕王慕容备德听说桓玄失败，命令北地王慕容钟等率兵想夺取江南，恰逢慕容备德生病而停止（胡三省注：从前鲁庄公讨伐齐国，送子纠回国，小白从莒国先进入，所以有乾时的失败。当时，建康已经平定，假使慕容钟等人的军队真的进军，刘裕本来就有办法对付他们；将指将领）。
11夏季，四月，己丑（初三），武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外都恭敬他；任免百官称制书，教令称令书。任命司马休之为监荆·益·梁·宁·秦·雍六州诸军事、领荆州刺史（胡三省注：刘毅等的军队已经进军，所以预先让司马休之镇守南部藩镇）。
庚寅（初四），桓玄挟持皇帝到江陵，桓石康接纳他。桓玄重新设置百官，任命卞范之为尚书仆射。自认为败逃之后，恐怕威严命令不能施行，于是加重刑罚，众人更加离散怨恨。殷仲文劝谏，桓玄发怒说：“现在因为各将领违反军纪，天象不利，所以返回旧楚都城；而小人纷纷，妄发议论，正应当用严厉的手段纠正，不能施行宽和的政策。”荆、江各郡听说桓玄流亡，有上表问候起居的，桓玄都不接受，反而命令所在之地祝贺迁都新都城（胡三省注：唐人所说的“难将一人手，掩尽天下目”，桓玄就是这样）。
当初，王谧是桓玄辅佐创业的首要大臣，桓玄接受禅让时（胡三省注：禅指禅让），王谧亲手解开皇帝的玉玺绶带；等到桓玄失败，众人认为王谧应当被诛杀，刘裕特意保全他。刘毅曾趁朝会（胡三省注：朝指朝廷），问王谧玉玺绶带在哪里。王谧内心不安，逃奔曲阿（胡三省注：刘昫说：唐润州丹杨县是古代曲阿县地）。刘裕写信给武陵王，迎接他回来恢复职位。
12桓玄哥哥的儿子桓歆带领氐人首领杨秋侵犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起打败他们，在练固（胡三省注：练固在历阳西北）斩杀杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人到何澹之等人那里共同镇守湓口。何无忌、刘道规到桑落洲（胡三省注：桑落洲在湓城东北的大江中。杜佑说：桑落洲在江州都昌县，是汉代的彭泽县）。庚戌（二十四日），何澹之等人带领水军迎战。何澹之平时所乘的船，仪仗旗帜很盛大。何无忌说：“贼帅必定不在这船上，是想欺骗我们罢了，应当赶快攻打。”众人说：“何澹之不在里面，得到它没有益处。”何无忌说：“现在寡不敌众，作战没有全胜的把握，何澹之既然不在这船上，战士必定薄弱，我用精兵攻打，必定能夺取，夺取后，就会使他们气势受挫而我们士气倍增，趁机逼近他们，打败贼军是一定的。”刘道规说：“好！”于是前去攻打并夺取了它，于是传呼说：“已经抓获何澹之了！”何澹之军中惊扰，何无忌的部众也认为是这样，乘胜进攻何澹之等人，大败他们。何无忌等人攻克湓口，进军占据寻阳，派使者奉送宗庙神主石匣回京城（胡三省注：祏指石匣，庙中收藏木主的石匣。攻克寻阳后，宗庙神主石匣才能返回）。加授刘裕都督江州诸军事。
桑落洲之战，胡藩所乘的船被官军烧毁，胡藩穿着全副铠甲入水，潜水三十多步，才得以登岸。当时到江陵的路已经断绝（胡三省注：官军攻克寻阳，所以到江陵的路断绝），于是回到豫章，刘裕一向听说胡藩为人忠直，引荐他参与领军军事。
13桓玄收集荆州的士兵，不到三十天，有部众二万，楼船、器械很充足。甲寅（二十八日），桓玄又率领各军挟持皇帝东下，以苻宏领梁州刺史，为前锋；又派散骑常侍徐放先行，劝刘裕等人说：“如果能撤军解甲，会和你们重新开始，各授官职，让你们不失本分。”
刘裕任命诸葛长民都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
14柔然可汗社仑（仑，lun）的堂弟悦代大（，nuo）谋划杀死社仑，没成功，逃奔北魏（胡三省注：从指堂亲）。
15后燕王慕容熙在龙腾苑修建逍遥宫，房屋几百间相连，开凿曲光海，盛夏时节，士兵不能休息，中暑而死的超过一半（胡三省注：暍指中暑）。
16西凉世子李谭去世。
17刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领部众从寻阳向西进军（胡三省注：帅指率领；上指前往），五月，癸酉（十七日），与桓玄在峥嵘洲（峥，zhēng；嵘，rong）相遇。（胡三省注：《水经注》记载：江水向东流过武口，又向东，右边有李姥蒲，北边对着峥嵘洲，是刘毅打败桓玄的地方。在现在的黄州、寿昌军之间。杜佑说：峥嵘洲在鄂州武昌县）刘毅等人的兵力不满一万，而桓玄的士兵有几万，众人畏惧，想退