3当初，袁真杀朱宪（胡三省注：见一百二卷晋海西公太和五年），朱宪的弟弟朱绰逃奔桓温。桓温攻克寿阳，朱绰就打开袁真的棺材，戮他的尸体。桓温发怒，将要杀他，桓冲请求才得以免死。朱绰侍奉桓冲如同父亲，桓冲去世，朱绰吐血而死。刘裕攻克京口，任命朱绰的儿子朱龄石为建武参军。刘裕本为建武将军，让朱龄石参与军事。三月，戊午朔（初一），刘裕的军队与吴甫之在江乘相遇（胡三省注：江乘是汉旧县，属丹杨郡。晋成帝咸康元年，桓温领琅邪太守，镇守江乘的蒲州，上奏分割丹杨的江乘设立南琅邪郡，江乘县属它）。将要交战，朱龄石对刘裕说：“我家世代受桓氏厚恩，不想用兵器相对，请求在军后。”刘裕认为他有义气就答应了。吴甫之是桓玄的猛将，他的士兵非常精锐。刘裕手持长刀，大喊着冲向他们，部众都溃散，立即斩杀吴甫之，进军到罗落桥（胡三省注：罗落桥在江乘县南，大概沿水设罗网，因此得名）。皇甫敷率领几千人迎战，宁远将军檀凭之战败而死。刘裕作战更加勇猛，皇甫敷包围他几层，刘裕倚着大树奋力作战。皇甫敷说：“你想怎么死！”拔戟要刺他，刘裕瞪着眼睛呵斥他，皇甫敷后退。刘裕的部下不久赶到，射箭击中皇甫敷的额头使他倒下，刘裕拔刀直进。皇甫敷说：“你有天命，把我的子孙托付给你。”刘裕斩杀了他，优厚地安抚他的遗孤。刘裕把檀凭之所率领的士兵配给参军檀祗。檀祗是檀凭之的侄子。桓玄听说两员将领死了，非常恐惧，召来各种方术人士推算和进行镇邪。问群臣说：“朕会失败吗？”吏部郎曹靖之回答说：“百姓怨恨神灵愤怒，我实在畏惧。”桓玄说：“百姓或许可以怨恨，神灵为什么会愤怒？”回答说：“晋氏的宗庙，漂泊在江边（指把晋朝宗庙神主迁到琅邪国，不久又随皇帝到寻阳），大楚的祭祀，向上没到祖先（指只在太庙祭祀桓温），这就是神灵愤怒的原因。”桓玄说：“你为什么不劝谏？”回答说：“朝廷上的君子都认为是尧、舜时代，我怎么敢说！”桓玄沉默不语。派桓谦和游击将军何澹之（胡三省注：游击将军是汉的杂号将军，魏设置为中军，到晋，以领军、护军、左·右卫、骁骑、游击为六军）屯驻东陵（胡三省注：建康的西边有西陵，东边有东陵，东陵在覆舟山东北），侍中、后将军卞范之屯驻覆舟山以西，部众合计二万。
己未（初二），刘裕的军队吃完饭，把剩余的粮食全部丢弃，进军到覆舟山以东，派瘦弱的士兵登山，张开旗帜作为疑兵，分几路同时前进，布满山谷。桓玄的侦察兵回来，说“刘裕的军队布满四周，不知道有多少。”桓玄更加担忧恐惧，派武卫将军庾赜之（胡三省注：魏文帝即位，设置领军将军，主管五校、中垒、武衞等三营，后来就各自设置将军）率领精锐士兵辅助援助各军。桓谦等人的士兵多是北府人，一向畏惧佩服刘裕，没有斗志。刘裕与刘毅等人分为几队，进军冲击桓谦的军阵；刘裕身先士卒，将士都拼死作战，无不以一当百，呼喊声震动天地。当时东北风很急，于是放火焚烧，烟火冲天，鼓噪的声音震动京城，桓谦等各军大败。
桓玄当时虽然派兵抵抗刘裕，却已决心逃跑，暗中派领军将军殷仲文在石头城准备船只；听说桓谦等人失败，率领亲信几千人，声称去作战，于是带着他的儿子桓昇、哥哥的儿子桓濬出南掖门。遇到前相国参军胡藩，胡藩拉住马缰绳劝谏说：“现在羽林射手还有八百人，都是感恩戴德的故旧，西边人受几代的恩惠（胡三省注：鞚指马勒。桓氏世代居住荆楚，西边人都是他们的故旧，这大概是跟随桓玄东下的，桓玄篡位后，因此作为羽林），不驱使他们打一仗，一旦舍弃这里，想去哪里安身！”桓玄不回答，只是举起马鞭指天（胡三省注：桓玄举鞭指天，也是项羽所说的“这是上天要灭亡我”的意思），于是鞭马逃跑，向西奔向石头城，与殷仲文等人乘船向南逃走。一整天没吃东西，左右进献粗饭（胡三省注：粗与麄同），桓玄咽不下去，桓昇抱着他的胸口抚摸，桓玄悲痛得不能自已。
刘裕进入建康，王仲德抱着王元德的儿子王方回出来迎接刘裕，刘裕在马上抱着王方回与王仲德相对而哭；追赠王元德为给事中，任命王仲德为中兵参军。刘裕停留在桓谦的旧营，派刘钟占据东府。庚申（初三），刘裕屯驻石头城，设立留台百官，在宣阳门外焚烧桓温的神主，制作晋朝新的神主，放入太庙。（胡三省注：桓玄刚篡位，把七庙神主迁到琅邪国，不久迁皇帝到寻阳，宗庙神主都随皇帝西去，所以暂