何无忌夜里在屏风里起草檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，登上小凳偷偷看他，哭着说：“我比不上东海的吕母（胡三省注：吕母的事情见三十八卷王莽天凤四年）。你能这样，我还有什么遗憾！”问和他一起谋划的人，说：“是刘裕。”母亲更加高兴，于是给他讲桓玄必定失败、举事必定成功的道理来鼓励他。
乙卯（二十七），刘裕借口打猎，和何无忌集合部众，得到一百多人。丙辰（二十八日），清晨，京口城门打开，何无忌穿着传诏的服装，声称是皇帝的使者，部众跟随他一起进城，立即斩杀桓修示众。桓修的司马刁弘率领文武官吏前来，刘裕登上城墙（胡三省注：城指京口的金城），对他们说：“郭江州（郭昶之）已经侍奉皇帝在寻阳复位（胡三省注：当时皇帝在寻阳，刘裕谎称来欺骗刁弘等人），我们都奉密诏，诛杀叛逆党羽，现在逆贼桓玄的首级已经应当挂在大航了（胡三省注：枭，指悬挂首级。《说文解字》说：日至，捕捉枭鸟肢解，把它的头挂在木上；现在指挂首级为枭）。各位不是大晋的臣子吗，现在来想做什么！”刁弘等人相信了，收兵撤退。刘裕问何无忌说：“现在急需一个府主簿，从哪里能得到？”何无忌说：“没有比刘道民更合适的。”刘道民是东莞人刘穆之（胡三省注：晋陵有南东莞郡，所以刘穆之住在京口）。刘裕说：“我也认识他。”立即派人骑马去召他。当时刘穆之听说京口有喧哗声，早晨起来，到路口，正好和使者相遇。刘穆之盯着看了很久不说话（胡三省注：直视指注目直视不看别处），然后返回屋里，撕破布裳做裤子（胡三省注：袴指裤子。《晋志》说：袴褶的制度，不清楚起源，近代作为军服；坏指撕破），去见刘裕。刘裕说：“开始举大义，正处于艰难之中（说开创事情之初，每件事都艰难），急需一个军吏，你认为谁能胜任？”刘穆之说：“贵府刚建立，军吏确实需要有才能的人，仓促之间，大概没有能超过我的。”刘裕笑着说：“你能屈就，我的事情就能成功了。”立即在座位上任命他为主簿。
孟昶劝桓弘当天出去打猎，天没亮，打开城门放出猎人；孟昶与刘毅、刘道规率领几十名壮士直接进入，桓弘正在喝粥，立即斩杀了他，于是收集部众渡过长江。刘裕派刘毅诛杀刁弘。
在此之前，刘裕派同谋周安穆进入建康报告刘迈，刘迈虽然答应了，心里却很害怕；周安穆担心事情泄露，于是骑马返回。桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈想赶快到郡上任，当天夜里，桓玄给刘迈写信说：“北府的人心怎么样？你最近见刘裕说了什么？”刘迈以为桓玄已经知道他的计谋，早晨起来，告诉了桓玄。桓玄大惊，封刘迈为重安侯。不久又嫌弃刘迈不抓周安穆，让他得以逃走，于是杀了他，把王元德、辛扈兴、童厚之等人都杀了。
众人推举刘裕为盟主，总领徐州事务，任命孟昶为长史，镇守京口，檀凭之为司马。彭城人中应募的，刘裕都让郡主簿刘钟统领。丁巳（二十九日），刘裕率领徐、兖二州的部众一千七百人（胡三省注：二州指兖、徐），驻军竹里，向远近传布檄文，声言益州刺史毛璩已经平定荆楚，江州刺史郭昶之侍奉迎接皇帝在寻阳复位，镇北参军王元德等人都率领部曲据守石头，扬武将军诸葛长民已经占据历阳。
桓玄转移到上宫（胡三省注：桓玄开始迁到东宫，现在因刘裕起兵，转移到上宫），召侍官都进入官署住宿（胡三省注：侍官指从侍中以下到黄门侍郎、散骑常侍之类）；加授扬州刺史新野王桓谦为征讨都督，以殷仲文代替桓修为徐、兖二州刺史。桓谦等人请求赶快派兵攻打刘裕。桓玄说：“他们的士兵精锐，抱着必死的决心，如果有失误（胡三省注：蹉跌指失误），就会使他们士气高涨而我的事情失败，不如把大军屯驻在覆舟山等待他们（胡三省注：晋成帝咸康八年，在覆舟山南设立北郊；覆舟山大概在建康城北，形状像翻扣的船，所以得名）。他们空行二百里，没有收获，锐气已经受挫，忽然见到大军，必定惊慌；我按兵不动列阵坚守，不和他们交战，他们求战不得，自然会溃散离去，这是上等计策。”桓谦等人坚持请求攻打，于是派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继北上（胡三省注：从建康到京口为北上）。
桓玄特别担忧恐惧。有人说：“刘裕等人是乌合之众势力薄弱，势必不能成功，陛下何必深深忧虑？”桓玄说：“刘裕足以成为一代枭雄；刘毅家中没有一担一石的储备（胡三省注：檐与儋同，指一儋一石的粮食储备。家里没有儋石的储备，是极其贫穷。扬雄家没有儋石的储备，应劭《注》说：齐人称小瓮为儋石，能容纳二斛。晋灼说：石指斗石。《前汉书音义》说：儋指一斗的储备。《方言》说：儋指瓮，齐东、北海、岱之间叫儋。我认为现在江淮人称一石为一担），赌博时却敢一掷百万；何无忌非常像他的舅舅（刘牢之）；他们共同举大事，怎么能说不能成功！”
2南凉王秃发傉