17乙卯（二十五日），北魏主拓跋珪立儿子拓跋嗣为齐王，加位相国；拓跋绍为清河王，加征南大将军；拓跋熙为阳平王；拓跋曜为河南王。
18丁巳（二十七日），北魏将军伊谓率领二万骑兵袭击高车残余部落袁纥、乌频；十一月，庚午（十一日），大败他们。
19下诏让楚王桓玄行使天子礼仪音乐，妃子为王后，世子为太子。丁丑（十八日），卞范之写禅让诏书，让临川王司马宝逼迫皇帝书写。司马宝是司马曦的曾孙（胡三省注：武陵王司马曦在桓温废立之际死去）。庚辰（二十一日），皇帝到殿前，派兼太保、领司徒王谧捧着玉玺绶带，禅位给楚；壬午（二十三日），皇帝出宫居住在永安宫；癸未（二十四日），把太庙神主迁到琅邪国（胡三省注：永嘉之乱，琅邪国人跟随晋元帝过江的有一千多户，太兴三年，设立怀德县。丹杨虽然有琅邪相却没有辖地。晋成帝咸康元年，桓温领琅邪太守，镇守江乘的蒲洲金城，请求分割江乘县境设立郡，才有实际辖地），穆章何皇后和琅邪王司马德文都迁居司徒府。百官到姑孰劝进。十二月，庚寅朔（初一），桓玄在九井山北修筑祭坛（胡三省注：《九域志》记载，太平州有九井山。现在的太平州，是古代姑孰之地。芜湖县南有溪，还叫姑孰溪。《北征记》说：九井山在丹杨南）。壬辰（初三），即皇帝位。册文多贬低晋室，有人劝谏他，桓玄说：“禅让的文书，只可向百姓陈述，怎能欺骗上帝呢！”大赦，改元永始；以南康的平固县（胡三省注：晋武帝太康三年，以庐陵南部都尉设立南康郡。平固是吴国设置的平阳县，太康元年，改名平固。《九域志》记载，虔州赣县有平固镇）封皇帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王德文为石阳县公，武陵王司马遵为彭泽县侯；追尊父亲桓温为宣武皇帝，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封儿子桓昇为豫章王；任命会稽内史王愉为尚书仆射，王愉的儿子相国左长史王绥为中书令。王绥是桓氏的外甥。戊戌（初九），桓玄进入建康宫，登上御座时床忽然塌陷，群臣大惊失色。殷仲文说：“大概是圣德深厚，大地不能承载。”桓玄非常高兴。梁王司马珍之的国臣孔朴侍奉司马珍之逃奔寿阳。司马珍之是司马曦的曾孙（胡三省注：司马曦的儿子司马?出继梁国，是司马珍之的祖父）。
20戊申（十九日），后燕王慕容熙尊奉后燕主慕容垂的贵嫔段氏为皇太后。段氏是慕容熙的养母。己酉（二十日），立苻贵嫔为皇后（胡三省注：嫔，pin），大赦。
21辛亥（二十二日），桓玄把皇帝迁到寻阳（胡三省注：寻阳郡当时治所在柴桑）。
22后燕任命卫尉悦真为青州刺史，镇守新城；光禄大夫卫驹为并州刺史，镇守凡城（今河北平泉南）。
23癸丑（二十四日），把桓温的神主送入太庙。桓玄到听讼观（胡三省注：洛阳的华林园北有听讼观，原本是平望观。魏明帝因为刑狱是天下的大事，每次断大案，常到观中听审，太和三年，改名听讼观。建康仿照洛阳的制度，也设置了）查阅囚徒，罪行无论轻重，多被赦免；有冒犯车驾乞讨的，有时会体恤他们。他就是这样喜欢施行小恩小惠。
24这一年，北魏主拓跋珪开始命令有关部门制作冠服，按官品等级区分；但制度刚刚创立，多不遵循古制。
三年（甲辰，公元404年）
1春季，正月，桓玄立他的妻子刘氏为皇后。刘氏是刘乔的曾孙女。桓玄因为他的祖父桓彝以上名位不显赫，不再追尊建立宗庙。散骑常侍徐广说：“‘尊敬他的父亲就会使儿子高兴’（胡三省注：《孝经》记载孔子的话），请依照旧例建立七庙。”桓玄说：“《礼记》规定，太祖向东，左昭右穆（胡三省注：《礼记》记载，天子七庙，太祖在正东边的位置，左边三个昭位，右边三个穆位。《决疑要录》说：父亲面朝南，所以叫昭；昭是明的意思。儿子面朝北，所以叫穆；穆是顺的意思。昭本读如字，为避汉昭帝的名讳，改读韶音。有人说，晋文帝名昭，改读韶音）。晋朝建立七庙，宣帝不能处在正东的位置，有什么值得效法的！”秘书监卞承之对徐广说：“如果宗庙的祭祀果然没到祖先，由此可知楚的德行不会长久。”徐广是徐邈的弟弟（胡三省注：徐邈以文学被晋孝武帝亲近信任）。
桓玄自从即位，心里常常不安。二月，己丑朔（初一），夜里，涛水进入石头城，淹死很多人，喧哗声震天。桓玄听说后畏惧，说：“奴才们要作乱了！”
桓玄性格苛刻琐碎，喜欢自夸。主管官员奏事，有时一个字不规范（指字的