34会稽世子司马元显，性格苛刻，随意生杀；征发东部各郡被免除奴隶身份成为佃客的人，（胡三省注：奴户是因罪没为官奴的；公卿以下到九品官及宗室、国宾、先贤后代及士人子孙凭荫庇成为佃客，这就是所谓的免奴为客），称他们为“乐属”，迁移到京城，来补充兵役，东部地区骚动不安，百姓深受其苦。
孙恩趁民心骚动，从海岛率领他的党羽杀了上虞令（今浙江上虞，胡三省注：上虞县自汉以来属会稽郡，西北距郡城一百多里），于是攻打会稽（今浙江绍兴）。会稽内史王凝之是王羲之的儿子，世代信奉天师道（胡三省注：天师道就是张道陵所传的道教），不出兵，也不设防，每天在道堂里磕头祷告（胡三省注：道室是奉道的房间。）。属官请求出兵讨伐孙恩，王凝之说：“我已经请求大道，借来鬼兵防守各渡口要道，各有几万人，贼寇不值得担忧。”等到孙恩逐渐逼近，才允许出兵，孙恩已经到了郡城下。甲寅（二十六日），孙恩攻陷会稽，王凝之出逃，孙恩抓住他杀了，连同他的几个儿子。王凝之的妻子谢道蕴是谢奕的女儿，听说贼寇到了，举动自若，命令婢女抬着轿子，抽出刀出门，亲手杀了几人，才被抓住。吴国内史桓谦、临海太守新蔡王司马崇、义兴太守魏隐都弃郡逃跑。于是会稽人谢鍼、吴郡人陆瓌、吴兴人丘尩、义兴人许允之、临海人周胄、永嘉人张永等以及东阳（今浙江金华）、新安（今浙江淳安西北）共八郡的人，同时起兵，杀地方官响应孙恩，十天之内，部众达几十万人。吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等都被孙恩的党羽杀死。谢邈、谢冲都是谢安的侄子。当时三吴（吴郡、吴兴、会稽）太平已久，百姓不熟悉打仗，所以郡县的军队都望风溃散。
孙恩占据会稽，自称征东将军，逼迫士人担任属官，称他的党羽为“长生人”，百姓有不跟他同心的，连婴儿都被杀，死的人有十分之七八。把各县县令剁成肉酱给他们的妻子儿女吃，不肯吃的，就肢解他们（胡三省注：支解是按肢体关节分解，像解牛一样）。所过之处抢掠财物，烧毁城镇房屋，焚烧粮仓，砍伐树木，填塞水井（胡三省注：孔安国说：刊是砍断树木；堙是堵塞），互相率领聚集到会稽，妇女有婴儿不能带走的，就把婴儿扔到水里，说：“祝贺你先登仙堂，我会随后找你。”孙恩上表列举会稽王司马道子和世子司马元显的罪状，请求诛杀他们。
自从安帝即位以来，朝廷内外不和，石头城（今江苏南京西）以南都被荆州、江州所占据，以西都被豫州所控制（胡三省注：江水从荆、江二州界进入扬州界，都向东北流；历阳在江西，建康在江东。孙权筑石头城，大概占据长江渡口的要冲），京口（今江苏镇江）及长江以北都被刘牢之和广陵相高雅之控制，朝廷政令能推行的只有三吴地区。等到孙恩作乱，八郡都被孙恩占据（胡三省注：八郡是会稽、临海、永嘉、东阳、新安、吴、吴兴、义兴），京城周围各县，盗贼到处蜂起，孙恩的党羽也有潜伏在建康的，人心恐惧，常担心发生意外，于是朝廷内外戒严。加授司马道子黄钺，司马元显兼任中军将军，命令徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事讨伐孙恩；刘牢之也出兵讨伐孙恩，上奏后立即出发（胡三省注：刘牢之镇守京口）。
35西秦任命金城太守辛静为右丞相。
36十二月，甲午（初七），后燕燕郡太守高湖率领三千户投降北魏。高湖是高泰的儿子（胡三省注：为后来高欢篡魏埋下伏笔。）。
37丙午（十九日），后燕主慕容盛封弟弟慕容渊为章武公，慕容虔为博陵公，儿子慕容定为辽西公。
38丁未（二十日），后燕太后段氏去世，谥号为惠德皇后。
39谢琰凭借资历声望镇守会稽（胡三省注：资指门第资历；望指当时的声望），不能安抚民心，又不做军事防备。将领们都劝谏说：“贼寇就在海边，窥伺机会，应该给他们一条自新之路。”谢琰不听，说：“苻坚的百万人马，还送死淮南（谢琰与谢玄一起打败苻坚，于是轻视孙恩）；孙恩是小贼，失败后逃入海中，怎么能再出来！如果他真的出来，是天要杀他。”不久孙恩侵犯浃口（今浙江宁波镇海东南，胡三省注：杜佑说：浃口在明州鄮县东北七十里），进入余姚（今浙江余姚），攻破上虞，进兵到邢浦（今浙江绍兴北，胡三省注：《晋书》说：邢浦离山阴北三十五里）。谢琰派遣参军刘宣之打败了他，孙恩退走。过了几天，孙恩又侵犯邢浦，官军失利，孙恩乘胜直进。己卯（二十二日），到达会稽。谢琰还没吃饭，说：“一定要先消灭这伙贼寇再吃饭。”于是跨马出战，兵败，被帐下都督张猛杀死。吴兴太守庾桓担心郡里百姓再响应孙恩，杀了几千男女，孙恩转而侵犯临海（今浙江临海）。朝廷大为震动，派遣冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之抵抗他。
40后凉王吕光病重，立太子吕绍为天王