22乙亥（十六日），后燕步兵校尉马勤等人谋反，被处死；事情牵连到骠骑将军高阳公慕容崇、慕容崇的弟弟东平公慕容澄，都被赐死。
23宁朔将军邓启方、南阳太守闾丘羡率兵二万攻打南燕，（胡三省注：后燕自从慕容宝失败，北归龙城，慕容德在滑台称帝，所以称南燕来区别）与南燕中军将军慕容法、抚军将军慕容和在管城（今河南郑州管城回族区，胡三省注：魏收《志》，荥阳郡京县有管城，是旧管城邑。杜预说：在京县东北）交战，邓启方等人战败，单骑逃脱。
24魏王拓跋珪命令有关部门划定京畿范围（胡三省注：宋白说：魏道武帝定都平城，东到上谷军都关，西到黄河，南到中山隘门塞，北到五原，方圆千里，作为甸服），标明道路里程，统一权衡度量；派使者巡视各郡国，举报不守法的地方官，拓跋珪亲自考察升降官员。
25九月，辛卯（初二），加授会稽王司马道子黄钺，任命世子司马元显为征讨都督；派卫将军王珣、右将军谢琰率兵讨伐王恭，谯王司马尚之率兵讨伐庾楷。
26乙未（初六），后燕任命东阳公慕容根为尚书令，张通为左仆射，卫伦为右仆射；慕容豪为幽州刺史，镇守肥如（今河北卢龙北）。
27己亥（初十），谯王司马尚之在牛渚（今安徽马鞍山采石矶）大败庾楷，庾楷单骑投奔桓玄。（胡三省注：为后来桓玄杀庾楷埋下伏笔。）会稽王司马道子任命司马尚之为豫州刺史，弟弟司马恢之为骠骑司马、丹杨尹，司马允之为吴国内史，司马休之为襄城太守（胡三省注：晋元帝渡江后，在丹杨春谷县设置襄城郡），各自拥有兵马作为自己的援助。乙巳（十六日），桓玄在白石（今安徽巢县东南，胡三省注：白石在巢县界。《水经注》：栅江水从巢湖东流出，左边汇合清溪水，称为清溪口。栅水又东，左边汇合白石山水，水从白石山西流出，经过李鹊城南，向西南注入栅水）大败官军。桓玄与杨佺期进至横江（今安徽和县东南长江渡口）；司马尚之退走，司马恢之所率水军全部覆没。丙午（十七日），司马道子驻扎中堂，司马元显守卫石头城；己酉（二十日），王珣守卫北郊，谢琰屯驻宣阳门（今江苏南京宣阳门，胡三省注：宣阳门是建康城南面西头第一门）防备。
王恭一向以才能门第轻视别人，杀了王国宝后，自认为威望无人能及；依仗刘牢之为爪牙，却只把他当作普通部将对待，刘牢之自负有才，深怀耻辱怨恨。司马元显知道后，派庐江太守高素劝说刘牢之（胡三省注：高素也是北府将领，所以派他去劝说），让他背叛王恭，许诺事成后把王恭的职位名号授给他；又把司马道子的信送给刘牢之，向他陈述祸福。刘牢之对他的儿子刘敬宣说：“王恭从前受先帝大恩，现在是皇帝的舅舅，不能辅佐王室，多次起兵攻打京城，我不能确定王恭的志向，事情成功那天，他能屈居天子和相王（司马道子）之下吗？我想凭借国家的声威，以顺讨逆，怎么样？”刘敬宣说：“朝廷虽然没有周成王、周康王那样的美德，也没有周幽王、周厉王那样的恶行；而王恭依仗兵权，轻视王室。父亲您和他没有骨肉亲情，没有君臣道义，虽然共事过一段时间，但意见不合（胡三省注：少时，说时间不长。），现在讨伐他，在情义上有什么不妥！”王恭的参军何澹之知道他们的计谋，告诉了王恭。
王恭因为何澹之一向和刘牢之有矛盾，不相信他的话。于是设酒宴请刘牢之，在众人面前拜他为兄长，把精兵坚甲都配给他（胡三省注：王恭一向把刘牢之当作部将对待，听说何澹之的话，就拜他为兄长，这怎能得到他的死力呢？恰恰足以加速他的背叛），让他率领帐下督颜延为前锋。刘牢之到竹里（今江苏南京北），杀了颜延投降；派刘敬宣和他的女婿东莞太守高雅之回去袭击王恭。（胡三省注：东莞，汉代旧县；晋武帝泰始元年，分琅邪设立东莞郡；南渡后，又在晋陵界设置南东莞郡。）王恭正在出城阅兵，刘敬宣指挥骑兵横向攻击，王恭的军队溃散。王恭将要入城，高雅之已经关闭城门。王恭单骑逃奔曲阿（今江苏丹阳），一向不熟悉骑马，大腿上生了疮。曲阿人殷确是王恭的旧吏，用船载着王恭，准备投奔桓玄，到长塘湖（今江苏金坛西北，胡三省注：长塘湖在晋陵延陵县。杜佑说：在润州金坛县。《风土记》：阳羡县有洮湖，别名长塘湖），被人告发，抓获王恭，送到京城，在倪塘（今江苏南京江宁东南，胡三省注：倪塘在建康东北方山埭南，倪氏筑塘，因此得名）斩首。王恭临刑前，还整理胡须鬓发，神色自若，对监刑的人说：“我错在轻信别人，所以到这一步；后悔把军事都交给刘牢之。推究我的本心，难道不是忠于国家吗！只希望百代之后有人知道有个王恭。”他的子弟和党羽都被处死。任命刘牢之为都督兖、青、冀、并、徐、扬州晋陵诸军事，代替王恭。
不久，杨佺期、桓玄到达石头城，殷仲堪到达芜湖（今安徽芜湖）。司马元显从竹里驰回京城，派丹杨尹王恺等人征发京城士民几万人据守