9五月，丁巳日，皇帝去世，享年十九岁。没有子嗣。皇太后下令说：“琅邪王司马丕，是中兴的正统（胡三省注：元帝、明帝、成帝都是正统相传。琅邪王司马丕，是成帝的长子，所以说中兴正统），道义声望和亲情地位，没有人能相比，让他继承皇位！”于是百官准备法驾到琅邪王府第迎接。庚申日，司马丕即位，大赦天下。壬戌日，改封东海王司马奕为琅邪王。秋季，七月，戊午日，把穆帝安葬在永平陵，庙号孝宗。
10燕人包围野王几个月，吕护派他的将领张兴出战，傅颜攻击斩杀了张兴，城中日益窘迫。皇甫真告诫部将说：“吕护势穷突围，必定选择薄弱环节冲出；我所统领的士兵大多瘦弱，武器铠甲不精良，应当严加防备。”于是多制作盾牌，亲自检查夜间巡逻的人。吕护粮食耗尽，果然在夜里率领全部精锐冲向皇甫真的防区，突围没能成功；太宰慕容恪领兵攻击，吕护的部众死伤殆尽，抛弃妻子儿女逃到荥阳。慕容恪安抚投降的百姓，供给他们粮食；把士人、将帅迁到邺城，其余的人各随其愿；任命吕护的参军广平人梁琛为中书着作郎（胡三省注：晋武帝把秘书省并入中书省，所以叫中书着作郎。）。
11九月，戊申日，立妃子王氏为皇后。皇后，是王蒙的女儿。穆帝的何皇后称穆皇后，居住在永安宫。
12凉右司马张邕憎恶宋澄专权，起兵攻打宋澄，杀了他，连同灭了他的家族（宋澄难道只是处理机要事务不称职吗，最终家族被灭！由此可知治理世事不是性情柔弱迟缓的人能做到的）。张玄靓任命张邕为中护军，叔父张天锡为中领军，共同辅佐朝政。
13张平袭击燕平阳，杀了段刚、韩苞；又攻打雁门，杀了太守单男。不久被秦国攻打，张平又向燕国谢罪请求救援。燕人因为张平反复无常，不救援，张平于是被秦国消灭。
14乙亥日，秦国大赦天下。
15徐、兖二州刺史范汪，一向被桓温憎恶（胡三省注：桓温起初以安西将军镇守上游，范汪为上佐；大概憎恶他与自己不同），桓温将要北伐，命令范汪率领部众出兵梁国。冬季，十月，范汪因延误期限获罪，被免为庶人，于是被废黜，死在家中。
范汪的儿子范宁，喜好儒学，性情质朴正直，常说王弼、何晏的罪过比桀、纣还重。有人认为他贬斥得太过分，范宁说：“王、何蔑视抛弃典籍，埋没仁义，用浮夸的言辞学说，影响后辈，使士大夫们改变方向，导致礼崩乐坏，中原倾覆，遗风余俗，至今为害。桀、纣放纵暴虐一时，刚好足以丧身亡国，为后世所警戒，怎能改变百姓的视听呢！所以我认为一时的祸患轻，历代的祸患重；自己丧身的罪恶小，迷惑众人的罪恶大！”
16吕护又反叛，逃到燕国，燕人赦免了他，任命为广州刺史（胡三省注：燕国没有广州，只是用刺史的名号授予吕护而已。邹逸麟说：这里的广州，治所应当在今山西省吕梁市岚县境内）。
17凉张邕骄横放纵，结党专权，杀戮很多，国人都很担忧。张天锡的亲信敦煌人刘肃对张天锡说：“国家的事情恐怕不能安定！”张天锡说：“为什么？”刘肃说：“现在护军出入，和长宁侯（张祚）相似。”张天锡惊讶地说：“我本来就怀疑他，只是不敢说出口。有什么办法？”刘肃说：“应当赶快除掉他！”张天锡说：“哪里能找到这样的人？”刘肃说：“我就是这个人！”刘肃当时不到二十岁。张天锡说：“你年轻，再找别人帮忙。”刘肃说：“赵白驹和我两人就够了。”十一月，张天锡和张邕一起入朝，刘肃和赵白驹跟随张天锡，刘肃砍击张邕没中，赵白驹接着砍，也没成功，两人和张天锡一起进入宫中，张邕得以逃走，率领三百多披甲士兵攻打宫门。张天锡登上屋顶大喊：“张邕凶逆无道，已经灭了宋氏，又想颠覆我家。你们将士世代是凉臣，怎么忍心用兵相向呢！现在要杀的，只有张邕而已，其他人一概不追究！”于是张邕的士兵都逃散了，张邕自杀，家族党羽全被灭。张玄靓任命张天锡为使持节、冠军大将军、都督中外诸军事，辅佐朝政（自从张重华死后，张祚、张瓘、宋混以及张邕、张天锡，互相残杀，凉国逐渐衰落）。十二月，开始改用建兴四十九年的年号，奉行晋朝的升平年号（凉国到这时才奉行建康的年号）。朝廷诏令任命张玄靓为大都督、督陇右诸军事、凉州刺史、护羌校尉、西平公。
18燕国大赦天下。
19秦王苻坚命令州牧、郡守、县令各自推举孝悌、廉直、文学、政事方面的人才，考察他们所推举的人，推举得当的奖赏，不当的惩罚。从此人们不敢妄自推举，请托之风也止息了，士人都自我勉励；即使是宗室外戚，没有才能的都被弃用。当时，内外官员，大多称职；田地得到开垦，仓库充实，盗贼消失。
20这一年，归义侯李势去世（永和三年，李势投降，到这时去世）。
哀皇帝（讳丕，是成帝的长子，字千龄；咸康八年，封为琅邪王。《谥法》：恭仁短折曰哀）隆和元年（壬戌年，362年）
1春季，正月，壬