丁亥（十六日），刘遐、苏峻等率领一万精兵到达，明帝连夜召见，慰劳他们，赏赐将士各有差别。沈充、钱凤想趁北方军队刚到疲惫的时候攻击他们，乙未（二十四日）夜，沈充、钱凤从竹格渚（今江苏南京西南长江边）渡过秦淮河。（胡三省注：秦淮河在今建康上元县南三里。秦始皇时，望气的人说金陵有天子气，派人凿山开沟来断绝地脉，所以叫秦淮河。有人说：淮水发源曲折，不像人工开凿的。）护军将军应詹、建威将军赵胤等抵抗作战失利，沈充、钱凤到宣阳门（今江苏南京朱雀门，胡三省注：晋定都建康，外城用篱笆环绕，各门都用洛阳城门的名称；宣阳门在城南面。），攻破栅栏，将要交战，刘遐、苏峻从南塘（今江苏南京秦淮河以南）拦击，大败他们，（胡三省注：晋定都建康，从江口沿淮河筑堤；南塘是秦淮河的南岸堤岸。）投水死的有三千人。刘遐又在青溪（今江苏南京玄武湖东南，胡三省注：青溪水发源于钟山，连接秦淮河，吴孙权凿城北壕沟来排泄玄武湖水。）打败沈充。寻阳太守周光听说王敦起兵，率领一千多人赶来。（胡三省注：沈约说：寻阳本是县名，因水名县，水向南流入长江，汉属庐江郡；惠帝永兴元年，分庐江、武昌设立寻阳郡，治柴桑县。）到后，请求见王敦。王应以生病为由推辞。周光退下说：“现在我远道而来却不能见他，主公大概死了吧！”立刻见他的哥哥周抚说：“王公已经死了，哥哥为什么和钱凤做贼！”众人都很惊愕。
丙申（二十五日），王含等烧毁营寨连夜逃跑。丁酉（二十六日），明帝回宫，大赦天下，只有王敦的党羽不赦免。命令庾亮统领苏峻等在吴兴追击沈充，温峤统领刘遐等在江宁追击王含、钱凤，分别命令各将领追击他们的党羽。刘遐的士兵大肆劫掠，温峤责备他说：“天道帮助顺应天命的人，所以王含被消灭，怎能趁乱作乱呢！”刘遐惶恐谢罪。
王含想投奔荆州，王应说：“不如去江州。”（胡三省注：荆州是王舒镇守；江州是王彬镇守。）王含说：“大将军平时和江州王彬关系怎么样，却想投奔他？”王应说：“这正是应该去的原因。江州王彬在别人强盛时，能提出不同意见，这不是一般人能做到的；现在看到我们困厄，必定有怜悯之心。荆州王舒循规蹈矩，怎能做出意外的事呢！”（胡三省注：王应的见识，还能超出平常，这就是王敦以他为继承人的原因吧！能提出不同意见，指王彬哭周顗、数落王敦的罪行、以及劝谏王敦不要叛逆。）王含不听，于是投奔荆州。王舒派兵迎接，把王含父子沉入江中。王彬听说王应要来，秘密准备船只等待；没来，深感遗憾。钱凤逃到阖闾洲（今江苏南京长江中，胡三省注：阖闾洲在江中。贺循说：江中险要之地，只有阖闾一处，地势险要隐蔽，是逃亡者聚集的地方。），周光杀了他，到朝廷赎罪。（胡三省注：《考异》说：《晋春秋》说“戴渊的弟弟戴良杀了钱凤”，现在依从《王敦传》。）沈充逃跑时迷路，误进吴儒家。吴儒引诱沈充进入复壁中，趁机笑着对沈充说：“我要得三千户侯了！”（胡三省注：当时朝廷悬赏杀钱凤的封五千户侯，杀沈充的封三千户侯。）沈充说：“你若出于道义放我，我家必定厚报你；若为利益杀我，我死了，你家族也会灭亡！”吴儒于是杀了他，把首级送到建康。王敦的党羽全部平定。沈充的儿子沈劲应当被处死，同乡钱举把他藏起来，得以幸免。后来，沈劲最终灭了吴氏。
有关部门挖开王敦的坟墓，挖出尸体，烧毁他的衣冠，让尸体跪着斩首，和沈充的首级一起悬挂在南桁（朱雀桁）。郗鉴对明帝说：“前朝诛杀杨骏等人，都先施加官刑，后允许私下殡葬。我认为君王的诛杀施加于上，私人的道义实行于下，应该允许王敦的家人收葬，从道义上更为弘大。”明帝同意。司徒王导等都因讨伐王敦的功劳受到封赏。
周抚和邓岳一起逃亡，周光想资助他的哥哥而抓获邓岳。周抚发怒说：“我和伯山（邓岳，字伯山）一起逃亡，（胡三省注：邓岳，字伯山。）为什么不先斩我！”恰逢邓岳到来，周抚出门远远对他说：“为什么不赶快离开！现在亲骨肉尚且想互相危害，何况别人呢！”邓岳掉转船头逃走，和周抚一起进入西阳（今湖北黄冈东）蛮人中。第二年，下诏赦免王敦的党羽，周抚、邓岳出来自首，得以免死，被禁锢。
前吴内史张茂的妻子陆氏，拿出全部家产，率领张茂的部曲作为先锋讨伐沈充，报丈夫的仇。（胡三省注：沈充杀张茂见上卷元帝