司徒王导给王含写信说：“近来听说大将军病重，问候起居，（胡三省注：问候起居称为参承；探问安好称为诇承。）有人说已经去世。不久得知钱凤严加戒备，想肆意叛逆；我以为兄长会抑制不法之徒，（胡三省注：说应当抑制钱凤等，使他们不能实现凶逆的图谋。）返回武昌藩地，现在竟然和狗羊之辈一起东下。兄长的这一举动，能像大将军往年那样成功吗？”（胡三省注：指像元帝永昌元年，王敦攻克石头城时。）从前奸臣扰乱朝廷，人心不安，像我这样的人，心里想向外求助。（胡三省注：说想投靠外部来自我保全。）现在却不是这样。大将军驻守于湖，渐渐失去人心，君子恐惧，百姓劳苦。临终的时候，把重任托付给安期（王应，字安期）；安期断奶才几天？又凭当时的声望，就能沿袭宰相的职位吗？自从开天辟地以来，有过用小孩子做宰相的吗？所有有耳朵的人，都知道将要进行禅让取代，这不是臣子该做的事。（胡三省注：说这件事让众人震惊，都知道王敦、王应图谋篡位。）先帝中兴，留下的恩德在百姓心中；圣主聪明，恩德遍及朝廷内外。兄长却想妄生叛逆之心，凡是做臣子的，谁不愤怒叹息！我王家大小受国家厚恩，今天的事情，我将明目张胆，作为六军的首领，宁愿做忠臣而死，不愿做无赖而活！”王含不回信。
有人认为“王含、钱凤的兵力是我们的百倍，苑城（今江苏南京玄武湖南，胡三省注：苑城是孙氏定都秣陵时所筑。晋在秣陵水北设置建康，南渡后建都，依靠苑城防守。）狭小不坚固，应该趁他们军势未成，天子亲自出兵抵抗。”郗鉴说：“叛贼放纵不羁，势不可挡；可以用计谋制服，难以凭力量竞争。况且王含等号令不一，劫掠不断，官吏百姓鉴于往年的残暴劫掠，都会各自防守。凭借顺逆的形势，何必担心不能取胜！而且贼兵没有长远的谋划，只靠像野猪一样冲击一战；时间长了，必定会激发义士的斗志，使他们的智慧和力量得以施展。现在用这样弱小的力量对抗强大的贼寇，在一时之间决胜负，在呼吸之间定成败，万一失利，即使有申包胥那样的人，立志救国，（胡三省注：《左传》记载，吴人攻入郢都，楚国大夫申包胥到秦国求救，最终保全了楚国。投袂，说匆忙；《传》说：楚子听说后，拂袖而起。）对已经发生的事又有什么补救呢！”明帝于是停止。
明帝率领各军出城驻守南皇堂。癸酉（初二）夜，招募壮士，派将军段秀、中军司马曹浑等率领一千精兵渡江，趁他们没有防备进行突袭。天亮时，在越城（今江苏南京秦淮河南）交战，大败贼兵，斩杀他们的前锋将领何康。段秀是段匹磾的弟弟。
王敦听说王含战败，大怒说：“我哥哥是个老婢！家族衰败，大事完了！”回头对参军吕宝说：“我要尽力行动。”于是挣扎着起来，因身体困乏，又躺下。（胡三省注：气不能充满身体是困，力不能支撑身体是乏。）于是对他的舅舅少府羊鉴和王应说：“我死了，王应就即位，先设立朝廷百官，然后办理安葬事宜。”王敦不久去世，王应隐瞒死讯，用席子裹尸，外面涂蜡，埋在厅堂里，和诸葛瑶等日夜饮酒作乐。
明帝派吴兴人沈桢劝说沈充，许诺任命他为司空。沈充说：“三司是众人敬仰的重要职位，（胡三省注：《诗经·节南山》说：赫赫师尹，民具尔瞻。）岂是我能胜任的！礼物丰厚，言辞动听，是古人所警惕的。（胡三省注：《左传》记载，晋郤芮说：“礼物厚重而言辞动听，是在引诱我。”）况且大丈夫共事，应当始终如一，怎能中途改变，谁会容我呢！”于是起兵奔赴建康。宗正卿虞潭因病回到会稽，（胡三省注：按汉、晋以来，宗正列于九卿，但没有用“卿”字连缀官名；梁设置十一寺，才用“卿”字连缀。这里“卿”字是多余的。）听说后，在余姚（今浙江余姚）起兵讨伐沈充。明帝任命虞潭兼会稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅都起兵讨伐沈充。义兴人周蹇杀了王敦任命的太守刘芳，（胡三省注：晋惠帝永兴元年，分吴兴的阳羡、丹阳的永世设立义兴郡。）平西将军祖约驱逐了王敦任命的淮南太守任台。（胡三省注：祖约驻守寿春，所以能驱逐任台。）