王允起初和士孙瑞商议，打算专门下诏赦免董卓的部曲，但后来又犹豫了，说：“部曲只是听从他们的主人罢了。现在如果把他们当作恶逆之人赦免，恐怕会让他们更加怀疑自己，这不是安抚他们的办法。”于是就打消了这个念头。接着又商议解散董卓的军队，有人劝王允说：“凉州人向来畏惧袁氏，又害怕关东联军，如今如果一下子解除他们的武装，打开关隘，他们一定会人人自危。可以让皇甫义真（皇甫嵩的字 ）担任将军，统领他们的军队，让他们留在陕县（今河南三门峡市陕州区 ）加以安抚。”王允说：“不行。关东起兵的人，都是我们的同伴，现在如果占据险要之地屯兵陕县，虽然能安抚凉州人，却会让关东联军起疑心，这可不行。”
当时百姓中传言说要把凉州人全部杀光，董卓原来的将领们因此惶恐不安，都拥兵自保，他们互相说：“蔡伯喈仅仅因为和董公关系亲近，尚且受到牵连；如今我们不但不被赦免，还要被解散军队，今天解散了军队，明天我们就会任人宰割。”吕布派李肃到陕县，以皇帝的诏令去诛杀牛辅，牛辅等人迎战，李肃战败，逃到弘农（今河南灵宝东北 ），吕布将他处死。牛辅胆小懦弱，不能坚守阵地，恰逢军营中无故发生骚乱，牛辅想要逃跑，被身边的人杀死。李傕等人回来后（李傕等人从陈留、颍川返回 ），发现牛辅已经死了，他们无处依靠，就派官吏到长安请求赦免。王允说：“一年之内不能两次大赦。”拒绝了他们的请求。李傕等人更加害怕，不知道该怎么办，打算各自解散队伍，从小路逃回故乡。讨虏校尉武威（今甘肃武威 ）人贾诩说：“如果各位放弃军队单独行动，那么一个小小的亭长就能把你们抓住；不如大家一起向西进军，攻打长安，为董公报仇，如果事情成功了，就尊奉国家来匡正天下；如果不成功，再逃跑也不晚。”李傕等人觉得有道理，于是相互结盟，率领几千人日夜兼程向西进军。王允认为胡文才、杨整修都是凉州的豪杰（胡三省注：贤注：大人，指的是当地的豪门大族。也有说法称大人是对长辈的尊称，这里是说尊重他们。 ），就召他们来，让他们去东边解释，却没有好脸色，还对他们说：“关东的那些鼠辈，想要干什么？你们去把他们叫来！”于是这两人去了，实际上是去召集军队，然后返回。
李傕沿途收拢士兵，等到达长安时，已经有十多万人，他们和董卓原来的部曲樊稠、李蒙等人会合，一起包围了长安城。长安城高大险峻，难以攻打，他们围攻了八天（胡三省注：《考异》说：《魏志》记载为十天，现在依从范《书》的记载。 ）。吕布的军队中有蜀兵（胡三省注：贤注：叟兵就是蜀兵；汉代把蜀地的人称为叟。 ）叛变，六月戊午日，他们引领李傕的军队进入城中，李傕的士兵四处烧杀抢掠。吕布在城中与他们交战，没有取胜，就带着几百骑兵，把董卓的首级系在马鞍上，突围而出，停在青琐门外（卫瓘说：青琐是宫门旁边刻有青色花纹的装饰。也有一种说法：天子门内有两层眉格，里面用青色涂画，叫做琐 ），招呼王允一起离开。王允说：“如果能仰仗社稷的神灵，让国家安定，那是我的心愿；如果不能，我就以身殉国。如今皇帝年幼，只能依靠我，在危难时刻苟且偷生，我做不到。请你替我向关东的各位公卿致谢，希望他们时刻以国家为重！”太常种拂说：“身为国家大臣，却不能制止暴乱、抵御外侮，让敌人的刀剑指向皇宫，我还能去哪里呢！”于是奋力迎战，最终战死。
李傕、郭汜屯兵在南宫掖门，杀死了太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀，官吏和百姓死了一万多人，尸体横七竖八地堆满了道路。王允扶着皇帝登上宣平门（《三辅黄图》记载：长安城东边北头的门叫做宣平门 ）躲避战乱，李傕等人在城门下伏地磕头，皇帝对李傕等人说：“你们放纵士兵横行，到底想干什么？”李傕等人说：“董卓对陛下忠心耿耿，却无缘无故被吕布杀害，我们是为董卓报仇，不敢有叛逆之心。等事情结束后，我们愿意到廷尉那里去领罪。”李傕等人包围了门楼，一起上表请求司徒王允出来，质问“太师有什么罪？”王允走投无路，只好下楼去见他们。己未日，朝廷大赦天下，任命李傕为扬武将军，郭汜为扬烈将军（扬武将军这一官职始于建武初年，由马成担任。扬烈将军大概是从这时开始设置的 ），樊稠等人都被任命为中郎将。李傕等人逮捕了司隶校尉黄琬，将他关进监狱后杀害。
当初，王允任命同郡人宋翼为左冯翊，王宏为右扶风（王允是太原人 ）。李傕等人想要杀掉王允，又担心这两个郡会成为后患，于是先征召宋翼、王宏。王宏派使者对宋翼说：“郭汜、李傕因为我们两人在外面，所以还没有对王公下手（危，指