董卓被杀的时候，左中郎将高阳侯蔡邕正在王允家中做客（高阳县属涿郡；陈留郡圉县也有高阳亭 ），听到这个消息后，忍不住惊叹。王允顿时大怒，斥责他说：“董卓是国家的大贼，差点让汉室灭亡，你身为朝廷大臣，应该和大家一样痛恨他，可你却怀念他对你的恩遇，反而为他感到悲痛，这难道不是和他一起叛逆吗！”立刻将蔡邕逮捕，交给廷尉治罪。蔡邕谢罪说：“我虽然不忠诚，但古今的大道理我还是懂的，怎么会背叛国家去向着董卓呢！我愿意接受黥刑砍去双脚，只求能继续完成《汉书》的撰写。”当初，蔡邕被流放到朔方，从那里上书，请求续写《汉书》的各志，他的学问和志向都在这上面。很多士大夫都同情蔡邕，为他求情，但没有成功。太尉马日磾对王允说：“伯喈（蔡邕的字 ）是绝世的奇才，他对汉朝的事情了解很多，应该让他完成《后史》的撰写，这将是一代大典；而他的罪过微不足道，杀了他，恐怕会失去人心吧！”王允说：“以前汉武帝没有杀司马迁，结果让他写出了诽谤朝廷的书流传后世。（贤注：凡是史官记事，善恶都一定会记录下来。人们认为司马迁记载的都是汉朝不好的事情，这就是诽谤，并非仅仅针对汉武帝个人，比如高祖称赞家令的话、汉武帝实行的算缗、榷酤等政策都是。《班固集》说：司马迁着书立说自成一家之言，却因此遭受刑罚。所以他用隐晦的文字讽刺、贬低当时的朝政，不是正义之士。 ）如今国家国运衰落，战火纷飞，不能让奸佞之臣在年幼的君主身边执笔，这样做不仅对圣上的品德没有益处，还会让我们这些人遭到非议。”马日磾退下后，对别人说：“王公大概要绝后了吧！有道德的人是国家的栋梁；着书立说是国家的大典；他毁掉栋梁、废除大典，还能长久吗！”蔡邕最终死在了狱中。
当初，黄门侍郎荀攸和尚书郑泰、侍中种辑等人谋划说：“董卓骄横残忍，不得人心，虽然他拥有强大的军队，但实际上就是个平庸之辈，可以直接把他刺杀了。”（胡三省注：《考异》说：《魏志》记载，“荀攸与何颙、伍琼共同谋划”。但何颙、伍琼早已死去，恐怕这里记载有误。 ）事情快要成功的时候被发觉了，荀攸被捕入狱，郑泰逃到了袁术那里。荀攸言行举止和往常一样，恰逢董卓被杀，他才得以幸免。
6. 青州黄巾军攻打兖州（今山东金乡西北 ），刘岱想要迎战，济北相鲍信劝谏说：“如今贼军有百万之众，百姓们都非常恐惧，士兵们也没有斗志，我们根本无法抵挡。而且贼军没有辎重，只能靠抢劫来获取物资，现在我们不如先养精蓄锐，坚守城池；贼军想战不能战，想攻又攻不下，他们的势力必然会逐渐分散，到时候我们再挑选精锐部队，占据要害之地，就能一举打败他们。”刘岱没有听从，还是与黄巾军交战，结果果然被黄巾军所杀。
曹操的部将东郡（今河南濮阳西南 ）人陈宫对曹操说：“如今兖州没有主人，朝廷的命令也传达不到这里，我请求去劝说州里的官员（胡三省注：纲纪，指州别驾及治中诸从事 ），请您前去担任州牧，凭借这个来谋取天下，这可是成就霸王之业的好机会啊。”于是陈宫去劝说别驾、治中等人，他说：“当今天下分裂，兖州却没有主人；曹东郡是当世的奇才，如果能迎接他来担任州牧，一定能让百姓安宁。”鲍信等人也觉得有道理，就和州吏万潜等人前往东郡，迎接曹操兼任兖州刺史。曹操于是进军寿张（今山东东平西南 ）以东，攻打黄巾军，但出师不利。黄巾军兵强马壮，曹操的兵力却很薄弱，不过他安抚激励士兵，明确赏罚，抓住时机设下奇计，日夜与黄巾军交战，每次战斗都能有所斩获，黄巾军这才退去。鲍信在战斗中不幸战死，曹操悬赏寻找他的尸体却没能找到，于是就刻了一个鲍信的木像，对着它祭祀痛哭。朝廷下诏任命京兆（今陕西西安 ）人金尚为兖州刺史，金尚前往赴任时，曹操迎击他，金尚只好逃到袁术那里。这为后来建安二年金尚不屈从于袁术埋下了伏笔。
7. 五月（胡三省注：《考异》说：范《书》记载“丁酉日，大赦天下”，袁《纪》记载“丁未日，大赦天下”。但这一年正月丁丑日已经大赦天下，等到李傕请求赦免时，王允说‘一年之内不能两次大赦’。所以五月肯定没有大赦。 ），朝廷任命征西将军皇甫嵩为车骑将军。
8. 当初，吕布劝王允把董卓的部曲全部杀掉，王允说：“这些人没有罪，不