等到有关部门上奏请求确立皇后时（皇后居住的宫殿称为长秋宫 ），汉明帝没有表态，皇太后说：“马贵人品德在后宫中最为出众，她就是合适的人选。”马皇后正式成为皇后之后，更加谦逊恭敬，喜欢读书。她经常穿着粗糙的丝绸衣服（贤良注解说：“大练”，就是大帛 。杜预注释《左传》说：大帛，是厚丝绸 。 ），裙子也不加边饰。每月初一和十五，各位妃嫔和公主前来朝见的时候，看到马皇后的袍衣质地粗糙，还以为是绮罗绸缎，走近一看，才忍不住笑了。马皇后说：“这种丝绸特别适合染色，所以我才用它。”大臣们上奏的事情中有难以决断的（“平”，是决断的意思 。“难平”，指难以决断的事情 ），汉明帝多次用这些事来考验马皇后，马皇后总是能分析得头头是道，处理得合情合理，然而她从不因家事干预朝政。汉明帝因此对她更加宠爱和敬重，感情始终没有衰减。
汉明帝思念中兴时期的功臣，于是在南宫云台绘制了二十八位将领的画像，以邓禹为首，依次是马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、万修、盖延、邳肜、铫期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆；后来又增加了王常、李通、窦融、卓茂，总共三十二人。（云台功臣的排列顺序，以邓禹、吴汉、贾复、耿弇、寇恂、岑彭、冯异、朱祜、祭遵、景丹、盖延、铫期、耿纯、臧宫、马武、刘隆为一列，马成、王梁、陈俊、杜茂、傅俊、坚镡、王霸、任光、李忠、万修、邳肜、刘植、王常、李通、窦融、卓茂为一列。这种排序与之前的史书并不一致。马援因为是皇后的父亲，出于避嫌，唯独他不在其中。
夏季，四月辛酉日，汉明帝封皇子刘建为千乘王，刘羡为广平王（《郡国志》记载：高帝把西平昌设置为千乘郡，在洛阳以东一千五百二十里 。《地理志》记载：武帝征和元年，设置为平干国，宣帝五凤二年，又恢复为广平国 。《郡国志》记载：光武建武十三年，撤销广平国，把它的属县划归巨鹿郡 。贤良注解说：广平县城的旧城，在今洺州永年县以北 。千乘，就是现在的青州，旧城在今淄州高苑县以北 ）。
六月丁卯日，有彗星出现在天船星座的北面（《晋·天文志》记载，大陵有八颗星在胃宿的北面，再往北的九颗星叫天船，也叫舟星，是用来渡越险阻的 。天河向西南流淌，环绕大陵、天船、卷舌后向南延伸 。）。
汉明帝大规模修建北宫。当时正逢大旱，尚书仆射、会稽（今浙江绍兴 ）人钟离意前往皇宫，摘下官帽，上疏说：“从前成汤遭遇大旱，用六件事来责备自己，他说：‘是我的政令不恰当吗？是我让百姓过于劳累了吗？是我修建的宫室太奢华了吗？是宫中的女宠太盛行了吗？是贿赂之风盛行吗？是进谗言的人得势了吗？’（《帝王记》记载：成汤遭遇大旱七年，他斋戒沐浴，剪掉头发，磨断指甲，以自己作为祭品，在桑林的神社前祈祷，用这六件事来责备自己 ）我看到现在北宫正在大规模修建，这让百姓耽误了农时；自古以来，人们并不为宫室狭小而苦恼，只担心百姓生活不安定，陛下应该暂且停止修建，以顺应天意。”汉明帝下策诏答复他说：“成汤用六件事来责备自己，过错在他一人，你把帽子戴上，鞋子穿上，不用谢罪！”（策诏，就是把诏书写在简策上 ）又下令让将作大匠停止其他宫殿的修建，减少那些不急需的工程。汉明帝还下诏感谢公卿百官，随后，上天就及时降下了大雨（《说文》说：雨可以滋润万物，所以叫澍）。
钟离意举荐全椒（今安徽全椒 ）县长刘平，汉明帝下诏征召刘平，任命他为议郎。刘平在全椒任职时，施政宽厚，对百姓有恩惠，有的百姓主动增加财产来缴纳赋税，有的百姓为了能服劳役而少报年龄。刺史、太守巡视辖区的时候，发现监狱里没有囚犯，人们都安居乐业，不知道该询问什么，只能宣布诏书后就离开了。
汉明帝生性狭隘多疑，喜欢通过暗中观察来显示自己的明察（贤良注解说：“隐”，就是私下的意思 。我认为“隐”，指人们耳目所不能及的地方，汉明帝喜欢通过自己的耳目去窥探这些地方并揭露问题 。），公卿大臣们多次遭到他的斥责，尚书以下的近臣甚至会被他拉扯、打骂。他曾经因为一件事对郎官药崧发怒，用手杖打他；药崧吓得躲到了床下，汉明帝非常生气，大声喊道：“郎官出来！”药崧这才说：“天子应该有庄严的仪态，诸侯应该有盛大的气象（这是《礼记·曲礼》中的话 。郑玄注释说：这些