汉明帝还是太子的时候，就跟随桓荣学习《尚书》，等到他即位后，仍然用对待老师的礼节尊崇桓荣。他曾经到太常府去，让桓荣坐在面向东的尊位上，为他设置几案和手杖，召集百官和桓荣的几百名学生，汉明帝亲自听讲。学生们有的离开座位提出疑难问题，汉明帝谦虚地说：“太师在这里呢。”结束后，他把太官准备的酒席器具全部赐给了太常府。每当桓荣生病，汉明帝总是派使者前去慰问，太官、太医在路上络绎不绝。等到桓荣病重，他上疏谢恩，请求归还爵位和封土。汉明帝亲自到他家探望病情，进入街道后，就下车，抱着经书走到桓荣床前，抚摸着桓荣，流下眼泪，还赐给他床褥、帷帐、刀剑、衣服和被子，过了很久才离开。从此，诸侯、将军、大夫们去探望桓荣病情时，不敢再乘车到他家门口，都在床前下拜。桓荣去世后，汉明帝亲自改换丧服，前往吊丧送葬，在首山的南面赐给他墓地（贤良注解说：首阳山，在今偃师县西北 ）。桓荣的儿子桓郁应当继承爵位，他想把爵位让给哥哥的儿子桓泛；汉明帝不答应，桓郁这才接受封爵，但把所有的租税收入都给了桓泛。汉明帝任命桓郁为侍中。
汉明帝因为中山王刘焉是郭太后的小儿子，太后特别疼爱他，所以之前唯独把他留在京城，到这时才让他和其他王爷一起前往封国，并赐给他虎贲卫士和官骑（贤良注解说：《汉官仪》记载：驺骑，是王家的官骑 。我依据《刘焉传》，当时赐给他北军的一百名胡人骑兵，这些人擅长骑马射箭 。），对他的恩宠尤其优厚，只有他能往来于京城。汉明帝对待阴氏、郭氏两大家族，每件事都力求公平，两大家族多次受到赏赐，得到的恩宠都很优厚。
甲子日，汉明帝前往长安。十一月甲申日，他派使者用中牢之礼祭祀萧何、霍光，经过他们的墓地时，还在车上俯身行礼。然后前往河东郡；癸卯日，返回宫中。
十二月，护羌校尉窦林因欺君罔上和贪污罪，被关进监狱处死。当时，羌人滇吾反叛，滇岸前来投降，窦林上奏说滇岸是羌人的大豪酋。后来滇吾也投降了，窦林又上奏说他是第一豪酋。汉明帝对同一部族出现两个豪酋感到奇怪，便责问窦林，经过深入调查，了解了实情，大怒之下罢免了窦林的官职。凉州刺史又上奏弹劾窦林的贪污罪行，于是窦林被关进监狱处死。窦林是窦融堂兄的儿子。当时，窦氏家族有一位公爵、两位侯爵、三位公主、四位二千石官员，他们同时显赫一时（贤良注解说：一位公爵：指大司空 。两位侯爵：指安丰侯、显亲侯 。四位二千石官员：指卫尉、城门校尉、护羌校尉、中郎将 。我依据《窦融传》，窦融的儿子窦穆娶了内黄公主，窦穆的儿子窦勋娶了东海王刘强的女儿沘阳公主，窦友的儿子窦固娶了光武帝刘秀的女儿温阳公主 ），从祖父到孙子，他们的官府和府邸在京城中相互连接，在皇亲国戚和功臣中无人能比。等到窦林被诛杀，汉明帝多次下诏严厉责备窦融，窦融惶恐不安，请求退休，汉明帝下诏让他回家养病。
这一年，首次在五郊举行迎气仪式（《续汉书》记载：在五郊举行迎气仪式的祭坛，四方的祭坛各自按照方位设置，中央的祭坛在未位，祭坛都高三尺 。立春那天，在东郊迎春，祭祀青帝、句芒，车驾和服饰都用青色，演奏《青阳》之歌，表演八佾舞中的云翘之舞 。立夏那天，在南郊迎夏，祭祀赤帝、祝融，车驾和服饰都用红色，演奏《朱明》之歌，舞蹈和迎春时一样 。在立秋前十八天，在中央祭坛迎接黄灵，祭祀黄帝、后土，车驾和服饰都用黄色，演奏《朱明》之歌，表演八佾舞中的云翘育命之舞 。立秋那天，在西郊迎秋，祭祀白帝、蓐收，车驾和服饰都用白色，演奏《白藏》之歌，表演八佾舞中的育命之舞 。立冬那天，在北郊迎冬，祭祀黑帝、玄冥，车驾和服饰都用黑色，演奏《玄冥》之歌，舞蹈和迎秋时一样 ）。
新阳侯阴就的儿子阴丰娶了郦邑公主。公主骄横嫉妒，阴丰一气之下杀了她，因此获罪被诛杀，他的父母也都自杀了。（这位公主是光武帝刘秀的女儿。贤良注解说：郦县，属南阳郡 。 ）
南单于汗去世，单于比的儿子适继位，成为?僮尸逐侯鞮单于。
**三年（庚申，公元60年）**
春季，二月甲寅日，太尉赵熹、司徒李欣被免职。丙辰日，刘秀任命左冯翊郭丹为司徒。己未日，任命南阳太守虞延为太尉。
甲子日，刘秀立贵人马氏为皇后，皇子刘炟为太子。
马皇后是马援的女儿，光武帝刘秀时期，她被选入太子宫中。她能够侍奉阴后，与其他妃嫔相处融洽，礼仪周全，上下都对她很满意，因此备受宠爱；等到汉明帝即位，她被封为贵人。当时，马皇后的前母姐