匈奴、鲜卑、赤山乌桓多次联合兵力入侵边塞（鲜卑，也是东胡的一支，因居住在鲜卑山而得名 。汉初被冒顿单于打败，远逃到辽东塞外，与乌桓相邻，此前从未与中原相通，到这时才开始入侵边塞 。《乌桓传》记载：赤山在辽东西北几千里 ），杀害抢掠官吏百姓；刘秀下诏任命襄贲（今山东兰陵 ，贤良注解说：襄贲，是县名，属东海郡，旧城在今沂州临沂县南 。“贲”，音féi 。《郡国志》记载：辽东郡在洛阳东北三千六百里 。“祭”，音zhài ；“肜”，当作“彤” ）县令祭肜为辽东太守。祭肜勇猛有力，每当敌人侵犯边塞，他总是身先士卒，多次打败并赶走敌人。祭肜是祭遵的堂弟。
徵侧等人的叛乱持续了好几年，刘秀下诏让长沙（今湖南长沙 ）、合浦（今广西合浦东北 ）、交趾准备车船，修整道路桥梁，打通山间的溪流险阻（遇到山间溪流阻挡，就修建桥梁道路来打通 ），储备粮食。任命马援为伏波将军，以扶乐侯刘隆为副将（贤良注解说：扶乐，是县名，属九真郡 。我认为贤良注解说错了，九真郡从未有过扶乐县 。刘隆最初被封为亢父侯，因丈量土地不实被免职，第二年，被封为扶乐乡侯 。那么扶乐是乡名，不是县名，贤良注没有仔细考证 。《水经注》记载：扶乐城在扶沟县，砂水流经城北 ），南下攻打交趾。
**十八年（壬寅，公元42年）**
春季二月（“张”：“二月”上脱“春”字 ），蜀郡的守将史歆反叛，攻打太守张穆，张穆越城逃走；宕渠（今四川渠县东北 ，宕渠县属巴郡 。宕渠旧城，在今渠州流江县东北七十里 。贤良注解说：宕渠，是山名，县因山得名，旧城在今渠州流江县东北，俗称车骑城 。）人杨 伟等人起兵响应史歆。刘秀派吴汉等人率领一万多人前去讨伐。
甲寅日，刘秀前往长安（今陕西西安 ）；三月，前往蒲坂（今山西永济西 ，蒲坂县属河东郡 ），祭祀后土。
马援沿着海边进军，开山辟路一千多里，抵达浪泊（今越南河北省仙山 ，浪泊，在交趾封溪县界 。马援平定交趾后，上奏请求分西里设置封溪、望海二县 。《水经》记载：叶榆水经过交趾麊泠县北，分为五条水流，流经交趾郡中，其中一条向南的水流从麊泠县东，经过封溪县北，又向东流经浪泊 。马援认为这里地势较高，便从西里进军屯驻在此 。宋白说：马援从九真以南，沿着山砍伐树木开路，一直到日南 ），与徵侧等人交战，大败敌军，一直追到禁溪（“禁谿”，《水经注》及《越志》都写作“金溪” 。其地大概在麊泠县西南 。《水经注》记载：徵侧逃入金溪究，过了三年才被抓获 。竺芝《扶南记》说：水溪中的浅滩叫做究 。贤良注解说：其地在现在的岑州新昌县 。我查阅《唐志》：新昌县属丰州，“岑”字有误 ），贼军于是四处逃窜。
夏季，四月甲戌日，刘秀回到宫中。
戊申日，刘秀前往河内（今河南武陟西南 ）；戊子日，返回宫中。
五月，发生旱灾。
卢芳从昌平返回后，心中疑虑恐惧，于是再次反叛，与闵堪相互攻打了好几个月。匈奴派几百名骑兵迎接卢芳出塞。卢芳在匈奴待了十多年，最终病死。
吴汉征调广汉（今四川广汉 ）、巴郡（今重庆 ）、蜀郡（今四川成都 ）三郡的兵力（《郡国志》记载：广汉郡在洛阳以西三千里 。巴郡在洛阳以西二千七百里 。蜀郡在洛阳以西三千一百里 ），围攻成都一百多天，秋季，七月，攻克成都，斩杀了史歆等人。吴汉乘坐用竹木编成的筏子渡河（大的叫筏，小的叫桴 ），沿着长江进入巴郡，杨 伟等人惊慌失措，纷纷解散。吴汉诛杀了他们的首领，将他们的党羽几百家迁徙到南郡（今湖北荆州 ）、长沙，然后班师回朝。
冬季，十月庚辰日，刘秀前往宜城（今湖北宜城 ，贤良注解说：宜城县属南郡，是楚国的鄢邑，旧城在今襄州率道县南 ）；返回时，祭祀章陵；十二月，回到宫中。
这一年，汉朝废除州牧，设置刺史。（设置州牧这件事，最初见于三十二卷成帝绥和元年的记载；到汉哀帝建平二年，又恢复为刺史；元寿二年，再次改为州牧 ）
五官中郎将张纯和太仆朱浮上奏建议：“根据《礼》的规定，作为人子，侍奉大宗，就要降低对自己亲生父母的祭祀规格。应该废除现在的四座亲庙，用先帝的四座庙来代替。”大司徒戴涉等人上奏“建立汉元帝、汉成帝、汉哀帝、汉平帝的四座庙”。刘秀认为按照昭穆的顺序，自己应该是汉元帝的后代。
**十九年（癸卯，公元43年）**
春季，正月庚子日，刘秀追尊汉宣帝为中宗。开始在太庙祭祀汉昭帝、汉元帝（贤良注解说：《汉官仪》记载：光武帝刘秀的排行虽然是第十二，但从父子的辈分来看，他对于汉成帝来说是兄弟，对于汉哀帝来说是伯父，对于汉平帝来说是祖父，都不能作为他们的后代