卢芳和闵堪派使者前来请求投降，刘秀封卢芳为代王，闵堪为代相，赏赐给他们二万匹丝绸，并让他们去与匈奴和好，招抚匈奴各部。卢芳上疏谢恩，说自己思念朝廷；刘秀下诏让卢芳明年正月来朝见。
当初，匈奴听说汉朝悬赏捉拿卢芳，贪图钱财，所以送卢芳回来投降。后来卢芳却把自己主动归降当作功劳，不提是匈奴送他回来的，单于也不好意思说出自己的计谋，所以原本约定的赏赐就没有兑现。匈奴因此非常怨恨，侵扰汉朝边境更加频繁。
马援上奏，认为应该像过去一样铸造五铢钱（废除五铢钱的事，见三十七卷王莽始建 国元年的记载），刘秀采纳了他的建议；天下百姓都因此受益。
卢芳前来朝见，走到昌平（今北京昌平 ）时，刘秀下诏让他停下，让他改在明年再来朝见。
**十七年（辛丑，公元41年）**
春季，正月，赵孝公刘良去世（《谥法》中说：慈惠爱亲叫做孝 ）。当初，怀县（今河南武陟西南 ）的大姓李子春的两个孙子杀了人，怀县县令赵憙（xi）深入追查他们的罪行，两个孙子自杀，李子春也被逮捕入狱。京城的皇亲国戚有几十人替李子春求情，赵憙始终没有答应。等到刘良病重，刘秀前去探望，问他有什么想说的，刘良说：“我一直和李子春交情深厚，如今他犯了罪，怀县县令赵憙想要杀他，希望能饶他一命。”刘秀说：“官吏要奉公守法，不能徇私枉法。你再说说其他的愿望吧。”刘良便不再说话。刘良去世后，刘秀追念他，就赦免释放了李子春。同时，刘秀提拔赵憙为平原太守（《郡国志》记载：平原郡在洛阳以北一千三百里 ）。
二月乙未日是月底，发生了日食（《考异》说：《光武帝纪》记载为“乙亥晦”，袁宏《汉纪》记载为“乙未” 。根据《长历》，三月丙申日是初一。所以《光武帝纪》记载有误 ）。
夏季，四月乙卯日，刘秀前往章陵（今湖北枣阳 ，章陵，就是原来的舂陵，刘秀将其改名 ）；五月乙卯日，返回宫中。
六月癸巳日，临淮怀公刘衡去世。
妖贼李广攻打并占领了皖城（今安徽潜山 ，贤良注解说：皖，是县名，属庐江郡，旧城在今舒州；境内有皖水 。 ），刘秀派虎贲中郎将马援、骠骑将军段志前去讨伐。秋季，九月，他们攻破皖城，斩杀了李广。
郭皇后失宠，心中常常充满怨恨，刘秀对此很生气。冬季，十月辛巳日，刘秀废掉郭皇后，立阴贵人为皇后。他下诏说：“这是件不同寻常的事，并非国家的福气，大家不要为此祝寿庆贺。”郅恽对刘秀说：“我听说夫妻之间的感情，父亲不能干预儿子的选择，何况臣子怎么能干预君主的决定呢！（贤良注解说：“得”，这里是控制的意思 。司马迁说：夫妻之间的感情，君主不能控制臣子的，父亲也不能控制儿子的，何况地位低下的人呢！所以我不敢妄言。即便如此，还是希望陛下能慎重考虑这件事的利弊，不要让天下人对国家大事有所议论。”刘秀说：“郅恽善于以己度人，也很了解我，知道我肯定不会因为偏袒谁而轻视天下大事！”（贤良注解说：“左右”，就像偏向或反对；这里指态度没有偏向 ）刘秀将郭皇后的儿子右翊公刘辅晋升为中山王，把常山郡并入中山国（《郡国志》记载：中山国在洛阳以北一千四百里 ），封郭皇后为中山太后；其余九位国公也都晋封为王。
甲申日，刘秀前往章陵，修缮园庙，祭祀旧宅，查看农田房舍，摆酒设宴，奏乐欢庆，赏赐众人。当时，宗室的伯母、婶母们趁着酒兴高兴地交谈，说：“文叔（刘秀的字 ）年轻时谨慎老实，和人交往不会花言巧语，只是为人正直温和罢了，没想到现在竟能有如此成就！”刘秀听到后，大笑着说：“我治理天下，也想用温和的政策来推行。”（“治”，音zhi ）十二月，刘秀从章陵返回。
这一年，莎车王贤再次派使者前来进贡，请求汉朝设置都护；刘秀赐给贤西域都护的印绶以及车辆、旗帜、黄金、锦绣。敦煌太守裴遵上书说：“不能给夷狄太大的权力；（唐《氏族志》记载：伯益被封在 ，于是以 为姓；后来迁徙到解邑，就去掉‘邑’旁，改为‘衣’旁 。《郡国志》记载，敦煌郡在洛阳以西五千里 。 ）这样会让其他国家失望。”
刘秀下诏收回西域都护的印绶，改赐给贤汉朝大将军的印绶；莎车的使者不肯更换，裴遵强行夺下了都护印绶。贤从此开始心怀