“沈兄，刘兄，还有诸位同窗！尔等所言，皆是事实，郑某不否认！李相在水利、海运、格物等方面，确有建树，对在座诸位，包括郑某，亦有提携之恩！然，此乃小善，掩其大恶！”
他深吸一口气，提高了声调，力图压过堂内的嘈杂：“吾等评价一人，尤其是宰辅之臣，岂能只见其利，不见其弊？只见其功，不见其过？李相执政数十载，其过有三，皆为大害！”
“其一，专权跋扈，堵塞言路！自其得势，朝堂之上，顺之者昌，逆之者亡。多少忠直之士，因直谏而被贬黜、流放？他重用酷吏，罗织罪名，打击异己，致使朝堂噤若寒蝉，唯有阿谀奉承之辈得以高升！此非权奸而何？我格物院能存，不过因我等所研，于其新政有用耳！若我等议论朝政，触其逆鳞，下场又会如何？”
“其二，与民争利，盘剥天下！市舶司垄断海贸，巨利尽归内库、少府，民间海商凋零。各地矿冶、盐铁、乃至新式工坊，多被官营或与权贵把持，寻常商贾难以染指。名为‘富国’，实则为陛下与其党羽敛财！更兼赋税名目繁多，永昌以来，百姓负担，果真轻了么？恐怕未必！不过是财富集中于朝廷与少数人之手罢了！”
“其三，也是最为根本之过！”郑文远语气沉痛，“坏人心，乱法度，毁我千年礼教根基！他重吏治而轻德化，重实利而轻仁义，致使天下之人，竞逐财货，汲汲于功利，而鲜廉寡耻！他提拔寒门、匠人，看似公允，实则混淆士庶，败坏科举取士之制！长此以往，士大夫风骨何在？天下道统何存？我观其新政，看似富强，实则如饮鸩止渴，坏我立国之本！其开拓海外，更是穷兵黩武，虚耗国力，以中华之物力，结与国之欢心（指赏赐、贸易顺差外流等争议），实非长治久安之道！”
郑文远的观点，代表了相当一部分出身较好、或深受传统儒家思想影响的学子（即便他们在格物院学习）的忧虑。他们承认李瑾的部分“事功”，但认为其手段不端，动机不纯（如敛财、固权），更重要的是，其政策导向从根本上冲击了他们所珍视的“士农工商”等级秩序和道德价值体系。在他们看来，李瑾是一个危险的、破坏传统的“法家权术之徒”，其“事功”是以牺牲更根本的“道统”和“人心”为代价的。
“郑兄此言差矣！”沈括毫不退让，“堵塞言路？永昌年间，御史台、谏院官员因言获罪者，较之前朝，是多是少？李相打压的，多是贪腐无能、或顽固阻挠新政之辈！至于酷吏，确有其人，然此乃陛下为清除关陇门阀、稳固朝局所用之刀，岂能尽归于李相一人？且李相后来亦力主修订律法，明刑慎罚，限制酷吏，此有目共睹！焉能只见其用重典之时，不见其立法度之后？”
“与民争利？若无朝廷集中力量，开拓海路，建立市舶司，规范贸易，民间散商，岂有能力组织如此庞大船队，应对海上风险与番邦交涉？官营确实获利甚巨，然其利大多用于国用，修水利，赈灾荒，养军备，惠及天下。至于民间商贾，市舶司亦有规章，许其附船贸易，缴税即可，何来凋零？永昌以来，东南沿海广州、泉州、明州等地，商贾云集，市面繁华，十倍于前，此非民富之证？”
“至于坏人心、乱法度，更是迂腐之见！”沈括言辞愈发激烈，“何为道统？何为人心？让百姓吃饱穿暖，让国家强盛不受外侮，让有才者无论出身皆可为国效力，此非大仁大义？空谈道德，能让黄河不决口？能让海寇不犯边？能让田里多产粮？李相重实务，重实效，正是要破除以门第、以空谈取士的积弊，让真正有才学、有能力的人脱颖而出！此乃千古未有之变局，亦是千古未有之功德！尔等囿于世家门第之见，死守‘君子不言利’的腐儒教条，只见枝叶，不见根本，才是真正误国！”
双方各执一词，引经据典，结合实事，争得面红耳赤。支持者盛赞其务实创新、富国强兵、惠泽百姓；反对者痛斥其专权苛酷、与民争利、败坏礼教。更有中间派学子，试图调和，指出李瑾功过参半，难以一概而论，其政策有利有弊，需具体分析，其为人亦非完人，有过亦有功。但他们的声音，往往被激烈的争论所淹没。
争论从具体的政策得失，逐渐上升到治国理念、价值判断的层面，甚至涉及到对皇权、对传统、对华夏文明根本走向的思考。格物院内崇尚实证、注重逻辑的氛围，使得这场辩论虽然激烈，却少有纯粹的人身攻击，更多是摆事实、讲道理（尽管各自的事实和道理不同）。年轻学子们热血沸腾，引证自己所学的地理、算学、乃至海外见闻，来支持自己的观点，使得这场关于一位即将逝去的当权者的争论，竟隐隐有了些“学术研讨”和“思想碰撞”的意味。
最后，辩论逐渐平息，并非因为一方说服了另一方，而是因为大家都有些精疲力竭，且谁也说服不了谁。一直坐在堂前，默不作声旁听