绍兴既定，蓝玉主力迅速推进，兵锋直指杭州。沿途州县望风归附，或闭城不战，或主动献粮。短短七日，浙东八府已有六府易帜。杭州守将原为侯嘉航亲信，然见大势已去，竟于城中密谋反正，欲擒杀监军内官以表忠心。消息泄露，监军连夜缒城逃往应天，守将遂开城迎降。
蓝玉入杭州当日，登吴山观势，俯瞰全城，只见市井如常，商贾往来，百姓安居，心中略慰。他对左右言：“兵贵神速，更贵民心。今江南未动一刀一枪而归我手，非我之能，实侯嘉失道也。”
此时，讨逆檄文早已传遍南北。不仅江南震动，便是湖广、江西、四川等地亦有响应。一些被削权的旧勋贵后裔暗中联络，愿为内应；福建船帮更是倾力相助，组织千艘渔船伪装商船，昼夜不停地向浙江输送兵员与粮草。就连一向中立的徽商集团，也有数家巨贾秘密捐银三十万两，助军需。
然而，真正的考验才刚刚开始。
应天府内，侯嘉航已知蓝玉起兵，却不惊慌，反而冷笑：“区区一个退隐老将，带着一群匠人、叛王余孽，也敢称‘义师’？真是笑话！”他立即下令：关闭城门，严查出入；调集京营十二卫，加强城墙防御；同时命李景隆率水师封锁长江下游，阻止蓝玉渡江。
更令人不安的是，侯嘉航竟在朝会上当众宣布：“蓝玉勾结安南，图谋不轨，现已查明其私通外夷、意图篡位之铁证！陛下年幼无知，受其蒙蔽，朕为保江山社稷，不得不行非常之举。”随即，他软禁朱允?于武英殿，宣称皇帝“染疾静养”，由内阁代行皇权。
此举一出，天下哗然。
原本对蓝玉起兵尚持观望态度的士林清流，纷纷转而支持“勤王”。许多致仕老臣写下血书，痛斥侯嘉航“挟天子以令诸侯”，比曹操尤甚。南京国子监数百生员集体罢课，抬着太祖画像游行至午门，高呼“还政于君”，遭锦衣卫镇压，当场打死十七人，伤者无数。此事激起了更大民愤，民间传言四起，皆称“蓝公再世，乃真救星”。
而在北方，北平的朱文圭却始终按兵不动。幕僚屡次劝其南下争位，皆被他拒绝。他只说一句：“我若此时出兵，世人必说我趁乱夺权。唯有等蓝玉与侯嘉两败俱伤，方是时机。”
他派人密探南方局势，得知蓝玉军纪严明、秋毫无犯，所到之处百姓箪食壶浆，不禁长叹：“此人虽老，雄风犹在。若早十年如此行事，何至于有今日之祸？”
前线战事愈发激烈。
蓝玉深知，若不能尽快突破长江天险，久拖必生变故。于是他一面命朱志烈在镇江一带佯攻，吸引李景隆水师主力；一面暗中调集福州船帮千艘快艇，装载精锐士兵，准备夜渡长江。
九月十五，中秋之夜。月黑风高，江面雾气弥漫。蓝玉亲率三万大军，于瓜洲渡口悄然登船。船帮子弟驾舟如飞，借着潮汐之力，顺流疾进。待李景隆发觉时，先锋部队已登陆北岸，迅速构筑防线。
水战爆发。
李景隆亲率楼船二十艘迎击，炮火连天，箭如雨下。然蓝玉早有准备，派出数十艘火攻船，满载硫磺油脂，顺风冲入敌阵。刹那间，江面化作火海，数艘明军大战舰被引燃，烈焰冲天，哀嚎遍野。李景隆座舰亦遭重创，被迫撤退至金陵上游固守。
蓝玉大军成功渡江！
消息传回临安，百姓奔走相告，欢呼如雷。杭州城内张灯结彩，有人自发在街头设香案祭拜太祖灵位，祈求“英魂护佑义师得胜”。福建、广东各地纷纷竖起义旗，驱逐侯嘉航任命的官员，迎接蓝玉派来的使者。
蓝玉乘胜追击，兵分三路：一路由黄?率领，安抚苏松常诸府，筹措粮饷；一路由朱志烈统领，直扑句容，切断南京东南补给线；主力则由蓝玉亲自指挥，围困南京城外雨花台，形成合围之势。
十月三日，蓝玉军抵达南京城下。
此时南京城内，已是人心惶惶。侯嘉航强征民夫加固城墙，每户出丁一名，违者斩首。粮价暴涨十倍，米斗千钱，百姓易子而食者有之，饿殍横街者不可胜数。更有传言称宫中每日宰杀数十名“奸细”，实则是清除异己。
蓝玉并未急于攻城，而是命人在城外高筑土台，树起百面大鼓，日夜擂响，声震全城。又令将士齐唱《太祖训兵歌》，歌词中有“驱除贪腐，安养生民”之句，听得城中百姓泪流满面。
与此同时，他发布第二道檄文，专攻侯嘉航个人：
“尔本寒门小吏，侥幸得宠，窃据高位。不思报国，反行暴政。残害忠良，诛戮宗室；克扣匠俸，断我根基；闭关锁国，绝我财源；软禁君父，僭越称尊。罪恶滔天，神人共愤！今我举义兵，奉天讨罪，若有识时务者，开门迎降，一概赦免；执迷不悟者，城破之