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最终，桓温因军粮耗尽，被迫撤军。
此次北伐，晋军收复了洛阳以西的大片土地，但未能攻克长安，功败垂成。
尽管如此，第一次北伐仍被视为桓温军事生涯的高光时刻，他的声望也达到了顶峰。
第一次北伐后，桓温的权力进一步巩固，他开始将重心转向政治斗争。
永和十二年（356年），桓温以“修复园陵”为名，再次率军北伐，目标是收复洛阳——这座西晋故都的象征意义，远大于其军事价值。
此时，洛阳被后赵残余势力周成占据，而前燕则在河北地区虎视眈眈。
桓温率军从江陵出发，一路东进，攻克许昌后，直逼洛阳。
周成自知不敌，开城投降。
桓温进入洛阳后，拜谒西晋诸帝陵寝，修复被毁坏的陵墓，并重申东晋对中原的主权。
他上表朝廷，请求迁都洛阳，但遭到了东晋士族的强烈反对——江左士族早已在南方扎根，不愿放弃安逸的生活，返回战乱频仍的中原。
朝廷的消极态度让桓温十分不满，他意识到，仅凭军事胜利无法撼动门阀政治的根基。
于是，他一方面在洛阳留兵驻守，另一方面返回江陵，继续积蓄力量。
此次北伐，桓温虽收复了洛阳，但未能实现迁都的目标，政治上的收获远不及军事上的胜利。
而洛阳地处四战之地，孤立无援，最终在兴宁三年（365年）被前燕攻克，第二次北伐的成果化为乌有。
太和四年（369年），桓温已经权倾朝野，他废除了晋废帝司马奕，立司马昱为帝（晋简文帝），成为东晋的实际掌权者。
为了进一步巩固权力，树立权威，他发动了第三次北伐，目标是攻打前燕。
此次北伐，桓温动用了五万大军，兵分两路：一路由他亲率，从兖州出发，攻打前燕的都城邺城（今河北临漳）；另一路由将领袁真率领，攻打谯郡（今安徽亳州）、梁国（今河南商丘），打通石门（今河南荥阳北），保障军粮运输。起初，晋军进展顺利，攻克壶关（今山西长治北）、枋头（今河南浚县西南）等地，直逼邺城。
但就在关键时刻，战局发生逆转：袁真未能攻克石门，导致晋军粮道被断；前燕将领慕容垂率领大军驰援邺城，与晋军在枋头展开激战；前秦也出兵相助前燕，切断了晋军的退路。
桓温陷入进退两难的境地，最终被迫撤军。
在撤军途中，晋军遭到前燕军队的追击，损失惨重，五万大军几乎全军覆没。
枋头惨败是桓温军事生涯的转折点，他的声望一落千丈，政治地位也受到了严重动摇。
此次失败，不仅让他收复中原的梦想彻底破灭，更暴露了他军事指挥上的缺陷——过于谨慎、优柔寡断，且急于求成、忽视后勤保障。
而枋头惨败的背后，更反映了东晋内部的矛盾：门阀士族之间相互掣肘，朝廷对桓温的北伐既支持又忌惮，最终导致北伐功败垂成。
桓温的崛起，始终伴随着对权力的追逐。
早在第一次北伐后，他就开始干预朝政，通过打击异己、提拔亲信，逐渐掌控了东晋的军政大权。
永和十一年（355年），桓温逼迫朝廷罢免了尚书令殷浩，从此“内外大权，一归温矣”。
兴宁元年（363年），桓温被任命为大司马、都督中外诸军事，正式成为东晋的最高军事长官；兴宁三年（365年），他又兼任扬州牧，掌控了东晋的经济中心扬州，实现了“荆扬一体”的格局——荆州是军事重镇，扬州是政治经济中心，桓温掌控两地，等于掌控了东晋的命脉。
此时的桓温，已经不再满足于做一个“权臣”，他开始觊觎皇位。
史载他曾多次抚枕叹息：“既不能流芳百世，不足复遗臭万载邪！”
这句话直白地暴露了他的野心——要么成为名垂青史的忠臣，要么成为遗臭万年的枭雄，绝不愿平庸一生。
太和六年（371年），桓温为了进一步巩固权力，消除异己，发动了一场震惊朝野的政治政变——废立皇帝。
他以晋废帝司马奕“不能生育”为由，逼迫褚太后下诏，废除司马奕的帝位，将其贬为海西公；随后，他立丞相司马昱为帝，即晋简文帝。
废立皇帝是封建王朝的大忌，桓温的这一行为，遭到了部分士族的反对，如尚书仆射王彪之、吏部尚书谢安等，但由于桓温手握重兵，反对者们只能隐忍。
晋简文帝即位后，形同傀儡，一切政务都由桓温决断。
他曾多次对人说：“朕之废立，非为己也，乃为社稷计耳。”
但实际上，废立皇帝只是他篡晋的第一步。
晋简文帝在位仅八个月就病逝了，临终前，他留下遗诏，让桓温“依周公居摄故事”，即效仿周公辅佐周成王，摄政当国。
但谢安、王彪