起初，王守澄厌恶宦官田全操、刘行深、周元稹、薛士干、似先义逸、刘英謻等，李训、郑注趁机派遣他们分别到盐州（今陕西定边）、灵武（今宁夏灵武）、泾原（今甘肃泾川）、夏州（今陕西靖边北）、振武（今内蒙古和林格尔西北）、凤翔（今陕西凤翔）巡视边境，命翰林学士顾师邕起草诏书赐给六道，让他们诛杀这些宦官。恰逢李训失败，六道接到诏书，都搁置不执行。丙寅日，以顾师邕伪造诏书为由，将他投入御史台监狱。
此前，郑注率领五百亲兵，已从凤翔出发，到达扶风（今陕西扶风）。（胡三省注：宋白说：扶风县本是汉美阳县地，今京兆府武功县北的美阳故城就是。隋开皇十六年，在今岐阳县设置岐山县，武德三年分岐山县在围川城设置围川县，贞观八年改为扶风县。《九域志》记载，凤翔府东到扶风八十里）扶风县令韩辽知道他的谋划，不供给物资，携带印信及吏卒逃往武功（今陕西武功）。郑注得知李训已失败，又返回凤翔。仇士良等人派人携带密敕授予凤翔监军张仲清，让他捉拿郑注，张仲清惶恐不安，不知所措。押牙李叔和劝张仲清说：“我为您以友好的名义召见郑注，屏退他的随从，在座位上擒获他，事情立刻就能成功！”张仲清听从，埋伏武士等待郑注。郑注依仗自己的兵力护卫，前往拜见张仲清。李叔和逐渐引开郑注的随从，在外面设宴款待，郑注独自与几人进入。喝茶时，李叔和抽刀斩杀郑注，趁机关闭外门，将他的亲兵全部诛杀。于是出示密敕，向将士宣示，接着灭郑注全家，同时杀死节度副使钱可复、节度判官卢简能、观察判官萧杰、掌书记卢弘茂等及其党羽，死了一千多人。（钱可复是钱徽的儿子；卢简能是卢纶的儿子；萧杰是萧俛的弟弟）朝廷不知道郑注已死，丁卯日，下诏削夺郑注的官爵，令相邻各道按兵不动观察事态变化。任命左神策大将军陈君奕为凤翔节度使。戊辰夜，张仲清派遣李叔和等人将郑注的首级送入京城（胡三省注：《考异》说：根据《实录》，甲子日已传送郑注的首级，但《开成纪事》称二十六日才下诏削夺官爵，说郑注刚被诛杀，京城还不知道。李潜用《乙卯记》也说丁卯日张仲清诱杀郑注。与《开成纪事》相同。但《开成纪事·郑注传》说二十六日奏请朝见，恐怕错误。《乙卯记》记载，郑注庚申日入朝，十九日。到扶风，听说李训失败，才返回。似乎接近事实。《实录》恐怕太早。《新唐书·本纪》说戊辰日张仲清杀死郑注。如今不写日期以存疑），将首级悬挂在兴安门，人心才稍安定，京城各军才各自返回营地。
下诏对讨伐叛贼有功及队列整齐的将士，分别授予官爵赏赐。右神策军在崇义坊抓获韩约，己巳日，将他斩杀。仇士良等人各自进升官阶职位不等。从此天下大事都由北司宦官决定，宰相只是传递文书而已。宦官气焰更加嚣张，胁迫天子，轻视宰相，欺凌朝廷官员如同草芥。每次在延英殿议事，仇士良等动辄引用李训、郑注的事例驳斥宰相。郑覃、李石说：“李训、郑注确实是祸乱的首恶，但不知李训、郑注最初是通过何人进用的？”宦官稍有收敛，士大夫依靠他们得以维持。
当时中书省只有空屋破房，各种物品都缺失。江西、湖南进献一百二十分衣粮，供宰相招募随从。辛未日，李石上奏：“宰相如果忠正无邪，会得到神灵保佑，即使遇到盗贼，也不会受伤。如果内心奸诈欺罔，即使严密防卫，也会被鬼神诛杀。臣愿竭尽忠心报效国家，只遵循旧例，用金吾卫的士兵作为护卫随从就足够了；江西、湖南所献的衣粮，都请停止。”文宗批准。
十二月壬申朔日，顾师邕被流放到儋州（今海南儋州，距京城七千四百四十二里），行至商山（今陕西商州东），被赐死。
36榷茶使令狐楚奏请停止茶叶专卖，文宗批准（因王涯被诛杀，才停止茶叶专卖）。
37度支奏报登记郑注家产，得到绢一百多万匹，其他物品与此相当。
庚辰日，文宗问宰相：“坊市安定了吗？”李石回答：“逐渐安定。但近日特别寒冷，大概是刑罚杀戮太过所致。”郑覃说：“罪人的直系亲属此前已全部处死，其余的恐怕不值得追究。”当时宦官对李训等人怨恨极深，凡是与他们有牵连，或曾暂时被提拔的，都不断遭到诛杀贬谪，所以二位宰相提及此事。
李训、郑注被诛杀后，召回六道巡边使。田全操因李训、郑注的谋划而心怀怨恨，在路上扬言：“我入城后，凡是穿儒服的，无论贵贱都要杀死！”癸未日，田全操等人乘驿马疾驰进入金光门（长安城西面北来第二门），京城传言有贼寇到来，士民惊慌喧哗四处奔逃，尘土飞扬。两省各司官员听说后，都四散奔逃，有人来不及束带穿鞋就骑马逃走。
郑覃、李石在中书省，见吏卒渐渐逃走。郑覃对李石说：“情况似乎异常，应暂且出去躲避！”李石说：“宰相职位