12朝廷命令魏玄同留守西京。
13武承嗣又派人诬告李孝逸自己说“名字中有‘兔’，兔是月中之物，应当有做天子的名分”（胡三省注：说他有做天子的福分。）。太后因李孝逸有功劳，十一月，戊寅日，减免他的死罪，削除名籍，流放儋州，后来他在那里去世（胡三省注：儋州，原本是儋耳县，武德五年设置儋州。《旧志》：儋州到京师七千四百四十二里。）。《考异》说：《新纪》记载：“天授元年五月己亥日，杀梁郡公李孝逸。”李孝逸最初封梁郡公，因平定徐敬业的功劳，改封吴国公；垂拱三年，减免死罪，削除名籍，流配儋州，应当被削去爵位了。《新传》说：“流放到儋州去世。”《纪》和《传》相互矛盾。《唐历》说：“四月十一日诛杀益州长史李孝逸。”这也是他过去的官职。《统纪》说：“诛杀李孝逸及其党羽崔元昉、裴安期。”《唐历》说：“连同其党羽崔知贤、董元昉、裴安期等人。”现在依从《实录》和《旧传》。
14太后想派遣韦待价领兵进攻吐蕃。《考异》说：《实录》记载“十二月壬辰日，命令韦待价为安息道大总管，统领三十六总管讨伐吐蕃”，没说军队出发后的胜败情况。到永昌元年五月，又说“命令韦待价进攻吐蕃，七月在寅识迦河战败”。按韦待价本传没说他两次领兵，现在删去此事。凤阁侍郎韦方质上奏，请求依照旧制派遣御史监军，太后说：“古代明君派遣将领，军中的事情都委托给他们。近来听说御史监军，军中事情无论大小都要请示。以下级牵制上级，这不是好制度；况且怎么能要求将领立战功呢！”于是废除了监军制度。
15这一年，天下大饥荒，山东、关内地区尤为严重。
垂拱四年（戊子年，688年）
1春季，正月，甲子日，朝廷在神都（洛阳）建立高祖、太宗、高宗三座宗庙，四季祭祀的礼仪和西京的宗庙一样。又建立崇先庙来祭祀武氏祖先。太后命令有关部门商议崇先庙的室数，司礼博士周悰请求设七室（胡三省注：光宅年间改太常为司礼。史书说周悰的请求是迎合太后旨意），又请求把唐朝太庙减为五室。春官侍郎贾大隐上奏说：“《礼记》规定，天子七庙，诸侯五庙，这是历代不变的制度。现在周悰引用一些没有根据的议论，大肆宣扬异闻，只是为了抬高太后临朝称制的权威，不依照国家常规。皇太后亲自接受先帝的托付，发扬光大治国方略，崇先庙的室数应当依照诸侯的标准，国家的宗庙不应随意改变。”太后于是作罢。
2太宗、高宗时期，多次想建立明堂，儒生们议论它的制度，没能决定就搁置了。到太后临朝称制，单独和北门学士商议明堂制度，不征求儒生的意见。儒生们认为明堂应当建在国都南方丙巳方位，三里之外，七里之内。太后认为离皇宫太远。二月，庚午日，拆毁乾元殿，在那里建造明堂，任命僧人怀义为督建使者（胡三省注：使，读作shi），总共役使数万人。
3夏季，四月，戊戌日，朝廷杀死太子通事舍人郝象贤（胡三省注：唐代制度，太子通事舍人正七品下，负责引导宫臣拜见和慰问之事）。郝象贤是郝处俊的孙子。
当初，太后对郝处俊有怨恨（胡三省注：因为上元二年郝处俊劝谏高宗）。恰逢郝象贤的家奴诬告他谋反，太后命令周兴审问，判郝象贤灭族之罪。郝象贤的家人到朝堂，向监察御史乐安人任玄殖诉冤（胡三省注：乐安郡，即棣州）。任玄殖上奏说郝象贤没有谋反的迹象，因此被免官。郝象贤临刑时，极力辱骂太后，揭露宫中的隐秘丑事，抢夺街上百姓的柴薪击打行刑的人；金吾士兵一起把他打死。太后命令肢解他的尸体，挖开他父亲、祖父的坟墓，毁掉棺材，焚烧尸体。从此直到太后统治结束，法官每次处决犯人，都先用木丸塞住犯人的嘴（胡三省注：塞，读作色）。
4武承嗣让人在白石上凿刻文字：“圣母临人，永昌帝业。”用紫石和各种药物填充。庚午日，让雍州人唐同泰上表献上（胡三省注：隋京兆郡，武德元年改为雍州。雍，读作yong），声称在洛水中得到。太后很高兴，命名这块石头为“宝图”。提拔唐同泰为游击将军。五月，戊辰日，太后下诏将亲自拜谒洛水，接受“宝图”；在南郊举行祭祀，禀告上天；礼仪结束后，驾临明堂，接受群臣朝贺。命令各州都督、刺史以及宗室、外戚在拜洛水前十天聚集到神都。乙亥日，太后加尊号为圣母神皇。
5六月，丁亥朔日，发生日食。
6壬寅日，制作神皇三玺。
7东阳大长公主被削去封邑，和两个儿子一起迁居巫州。东阳公主是太宗的女儿，嫁给高履行，太后因为高氏是长孙无忌的舅族，所以厌恶她。
8江南道巡抚大使、冬官侍郎狄仁杰因吴、楚一带多有不合礼制的祠庙，上奏焚烧了其中一千七百多所，只留下夏禹、吴太伯、季札、伍员四座祠庙。
9秋季