起初，百济西部人黑齿常之，身高七尺多，勇猛有谋略，在百济做官任达率兼郡将，（胡三省注：犹如中原的刺史。新罗官有十六品，左平一品，达率二品。五方各有方领一人，由达率担任；一方有十郡，每郡有将三人，由德率担任；德率四品。百济设置官职，大概与新罗差不多。）苏定方攻克百济，黑齿常之率领部下随众人投降。苏定方捆绑他们的国王及太子，放纵士兵劫掠，壮年人多被杀死。黑齿常之害怕，与手下十多人逃回本部，收集逃散的人，保卫任存山，构筑栅栏自守，一个月内归附的有三万多人。苏定方派兵攻打，黑齿常之抵抗，唐军失利；黑齿常之又夺取二百多座城，苏定方不能攻克而返回。黑齿常之与别部将沙吒相如（胡三省注：沙吒是夷人复姓。）各自占据险要响应福信，百济败亡后，都率领部众投降。刘仁轨派黑齿常之、沙吒相如自己率领部众，夺取任存城，还供给他们粮食武器。孙仁师说：“这些人狼子野心，怎么能相信！”刘仁轨说：“我看这两人都忠勇有谋略，注重信义；只是从前所托非人，如今正是他们感激效力的时候，不必怀疑。”于是供给他们粮食武器，分兵跟随，攻下任存城，迟受信抛弃妻子儿女，逃奔高丽。
下诏刘仁轨领兵镇守百济，召孙仁师、刘仁愿返回。百济经战火之后，家家户户残破，尸横遍野，刘仁轨开始下令埋葬骸骨，登记户口，整理村落，任命官吏，修通道路，架设桥梁，修补堤坝，恢复陂塘，督促耕织，救济贫困，赡养孤老，建立唐朝社稷，颁布历法及朝廷庙讳，（胡三省注：最终如刘仁轨的志向，所谓有志者事竟成。）百济人非常高兴，全境各自安居乐业。然后整治屯田，储备干粮，训练士兵，以图攻打高丽。
刘仁愿到京城，高宗问他：“你在海东，前后奏事，都合时机，又有文采条理。你本是武将，怎么能这样？”刘仁愿说：“这都是刘仁轨做的，不是我能比得上的。”高宗高兴，给刘仁轨加六级官阶，（胡三省注：勋位有级，官职有阶。）正式任命为带方州刺史，在长安为他建造宅第，厚赏他的妻子儿女，派使者携带玺书慰劳勉励。上官仪说：“刘仁轨遭贬斥却能尽忠，刘仁愿握兵权却能推贤，都可称为君子啊！”
12冬季，十月，辛巳朔日，下诏太子每五天在光顺门内听取各部门奏事，（胡三省注：《唐六典》记载：大明宫，紫宸殿是内朝正殿，殿的南面是紫宸门，左边是崇明门，右边是光顺门。）小事都委托太子裁决。
13十二月，庚子日，下诏改明年年号。
14壬寅日，任命安西都护高贤为行军总管，领兵攻打弓月来救援于阗（今新疆和田）。
15这一年，大食进攻波斯、拂菻，打败了他们；（胡三省注：拂菻是古大秦，位于西海之上，又称海西国，距京城四万里，北接突厥可萨部，西靠海，东南接波斯。杜佑说：大秦就是前汉的犂靬国。）向南侵犯婆罗门，吞并各胡人部落，有四十多万能作战的士兵。
麟德元年（甲子、664）（胡三省注：去年绛州出现麒麟，又含元殿前出现麒麟脚印，于是改年号。）
1春季，正月，甲子日，改云中都护府为单于大都护府，任命殷王李旭轮为单于大都护。
起初，李靖打败突厥，（胡三省注：见一百九十三卷太宗贞观四年。）把三百帐迁到云中城，由阿史德氏担任首领。到这时，部落逐渐增多，阿史德氏到朝廷，请求按胡人习俗立亲王为可汗来统领他们。高宗召见，对他说：“如今的可汗，就是古代的单于。”所以改为单于都护府，让殷王遥领。
2二月，戊子日，高宗亲临万年宫。（胡三省注：永徽元年，改九成宫为万年宫。）
3夏季，四月，壬子日，卫州刺史道孝王李元庆去世。
4丙午日，魏州刺史郇公李孝协因贪污，被赐死。司宗卿陇西王李博乂上奏说李孝协的父亲李叔良为国而死，（胡三省注：司宗卿就是宗正卿。李叔良是唐太祖的孙子。高祖时，李叔良攻打突厥，中流箭去世。）李孝协没有兄弟，恐怕断绝后代。高宗说：“统一的法律，不因亲疏而不同，（胡三省注：《汉书》说：萧何制定法律，整齐划一。）如果伤害百姓，即使是皇太子也不能赦免。李孝协有一个儿子，何必担心断绝祭祀呢！”李孝协最终在宅第自尽。
5五月，戊申朔日，遂州刺史许悼王李孝去世。（胡三省注：李孝是高宗的儿子，后宫所生。）
6乙卯日，在昆明的弄栋川设置姚州都督府（今云南姚安）。（胡三省注：刘昫说：汉益州郡的云南县，是古滇国，后汉属永昌郡。蜀刘氏分永昌为建宁郡，又分永昌、建宁设置云南郡，治所在弄栋。晋改为晋宁郡，又设置宁州。武德四年，安抚大使李英因这州的人多姓姚，所以设置姚州。现在升为都督府，管辖三十二州。）
7秋季，七月，丁未朔日，下诏在三年正月到泰山祭祀。
8八月，丙子日，高宗返回京城，亲临旧宅，（胡三省注：旧宅是高