秦府僚属忧惧，房玄龄谓长孙无忌曰：“嫌隙已成，祸机将发，岂惟王府涂地，实社稷之忧。莫若劝王行周公之事以安家国。”无忌深以为然，入告世民。世民召玄龄、杜如晦共议，众皆劝诛建成、元吉。
建成、元吉亦思收买秦府骁将，密赠尉迟敬德金银一车，并手书招纳。敬德严辞拒之：“敬德蒙秦王再生之恩，誓以死报，岂敢怀二心！”并将此事密报世民。世民曰：“公心如山岳，积金至斗，知公不移。可受之，以知其阴谋。”元吉又遣壮士夜刺敬德，敬德洞开重门，安卧不动，刺客终不敢入。元吉复谮于上，下诏狱，欲斩之，赖世民固请得免。又以金帛诱程知节、段志玄，二人皆不从。建成叹曰：“秦府智略之士，可惮者独房玄龄、杜如晦耳。”遂谮之于上，二人被逐。
世民心腹唯长孙无忌、高士廉、侯君集、尉迟敬德等日夜劝进。世民犹豫，问李靖、李世积，二人皆辞不预。世民由此更重二人。
六月，突厥郁射设数万骑屯河南，围乌城（今陕西定边县南）。建成荐元吉代世民督诸军北征，并请尉迟敬德、程知节、段志玄、秦叔宝等秦府精锐随行，欲借机一网打尽。率更丞王晊密告世民：“太子与齐王密谋，将于昆明池饯行时伏壮士拉杀殿下，奏云暴卒，尽坑秦府骁将。”世民以告无忌等，众皆劝先发制人。
世民叹曰：“骨肉相残，古今大恶。我欲待其先发，然后以义讨之。”敬德曰：“人情谁不爱死！今众以死奉王，天授也。祸机垂发，大王犹疑不决，奈宗庙社稷何？若不用臣言，臣请窜身草泽，不能坐受戮也！”无忌亦曰：“不从敬德，事必败，臣亦当相随而去。”众又举舜事为喻：“舜不逃井廪之难，安能泽被万世？”世民意始决，令无忌密召房玄龄、杜如晦。二人惧敕旨不敢来，世民怒，取佩刀授敬德：“若其不来，斩首来见！”敬德与无忌晓以大义，玄龄、如晦乃着道士服潜入秦府。
六月初三，太白星复经天。傅奕密奏：“太白见秦分，秦王当有天下。”上以其状授世民。世民遂密奏建成、元吉淫乱后宫，且曰：“臣于兄弟无丝毫之负，今欲杀臣，似为王世充、窦建德报仇。臣枉死，永违君亲，魂归地下，耻见诸贼！”皇上愕然，答：“明日当鞫问，汝宜早参。”
初四黎明，世民率长孙无忌、尉迟敬德、侯君集等伏兵玄武门（长安宫城北门）。张婕妤已驰告建成，建成召元吉谋，元吉曰：“宜勒宫府兵，托疾不朝，以观形势。”建成曰：“兵备已严，当与弟入参，自问消息。”遂并马入朝，至临湖殿觉变，急回马欲归。世民大呼，元吉张弓射世民，再三不彀；世民射建成，坠马死。尉迟敬德率七十骑继至，射元吉坠马。世民马逸入林下，为树枝所挂，坠不能起。元吉夺弓欲扼世民，敬德跃马叱之，元吉奔武德殿，被敬德追射杀之。
翊卫车骑将军冯翊冯立闻建成死，叹曰：“岂可生受其恩而死逃其难！”乃与薛万彻、谢叔方率东宫、齐府精兵二千攻玄武门。张公谨力大，独闭关拒之。云麾将军敬君弘、中郎将吕世衡出战皆死。宫府兵欲攻秦府，尉迟敬德持建成、元吉首示之，众遂溃散。薛万彻率数十骑亡入终南山。冯立谓其众：“亦足以少报太子矣！”遂解兵逃于野。
皇上正在海池泛舟，世民使尉迟敬德擐甲持矛入宿卫。上大惊，问曰：“今日乱者谁邪？卿来此何为？”敬德曰：“秦王以太子、齐王作乱，举兵诛之，恐惊陛下，遣臣宿卫。”上谓裴寂等曰：“今日之事如何？”萧瑀、陈叔达曰：“建成、元吉本无功于天下，嫉秦王功高，共为奸谋。今秦王已讨而诛之，功盖宇宙，陛下处以元良，委之国事，无复事矣！”上曰：“善！此吾之夙心也。”敬德请降手敕，令诸军并受秦王处分。上从之，天策府司马宇文士及出东上阁门宣敕，众乃定。又遣裴矩至东宫晓谕，宫府兵皆罢散。上召世民，抚之曰：“近日几有投杼之惑。”世民跪而吮上乳，号恸久之。
建成子安陆王承道、河东王承德等五人，元吉子梁郡王承业等五人，皆坐诛，绝属籍。
诸将欲尽诛建成、元吉左右百余人，籍没其家，尉迟敬德固争曰：“罪在二凶，既伏其诛，若及支党，非所以求安也！”乃止。是日，诏赦天下：凶逆之罪止于建成、元吉，余党一无所问；僧尼道士并依旧；军国庶事悉取秦王处分。
六月初七，以宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。
初，太子洗马魏征常劝建成早除秦王。建成败，世民召征责问，征神色自若曰：“先太子早从征言，必无今日之祸。”世民素重其才，引为詹事主簿，又召王珪、韦挺为谏议大夫。
世民即位前，已下令纵禁苑鹰犬，罢四方贡献，听百官各陈治道，政令简肃，中外大悦。以屈突通为陕东道行台左仆射，镇洛阳。
益州行台仆射窦轨与尚书韦云起、郭行方不协。云起弟庆俭及宗族多事建成，建成死，轨诬云起同