杨素攻下荆门时，派部将庞晖领兵攻城略地，南到湘州，城中将士无心固守（胡三省注：按陈朝湘州刺史陈叔文已离镇，施文庆实际阻止他赴任，湘州必有守将，但不知陈叔慎何时被任命）。刺史岳阳王陈叔慎，十八岁，设酒宴会见文武官吏。酒酣时，陈叔慎叹息：“君臣之义，到此为止了吗！”长史谢基伏在地上流泪。湘州助防遂兴侯陈正理在座，起身说：“主辱臣死。诸位难道不是陈国的臣子吗！现在天下危难，正是献身之时；即使不成，仍显臣节，青门外（胡三省注：召平是秦时东陵侯，秦亡为民，在青门外种瓜），死也不能苟活！今日机会，不可犹豫，后响应的斩首！”众人都答应。于是杀牲结盟，又派人假装向庞晖献降书。庞晖相信，约定入城日期，陈叔慎埋伏甲士等待，庞晖到后，被擒示众，部下都被斩杀。陈叔慎坐在射堂，招集士众，几天内得五千人。衡阳太守樊通、武州刺史邬居业都请求举兵相助（胡三省注：《隋志》载长沙郡衡山县旧设衡阳郡。武陵郡旧设武州。邬姓，先祖在晋任邬大夫，子孙以官职为姓）。隋所任命的湘州刺史薛胄领兵刚到，与行军总管刘仁恩共同攻击；陈叔慎派部将陈正理与樊通抵抗，兵败。薛胄乘胜入城，擒获陈叔慎，刘仁恩在横桥击败邬居业，也将其擒获，都送往秦王杨俊处，在汉口斩首。
岭南未归附，几郡共同奉高凉郡太夫人冼氏为主（胡三省注：高凉县设高凉郡），称圣母，保卫边境抵抗。文帝下诏派柱国韦洸等安抚岭南，陈朝豫章太守徐璒占据南康抵抗（胡三省注：徐璒从豫章退保南康，南康郡治赣县），韦洸等不能前进。晋王杨广派陈叔宝给冼夫人写信，告知国亡，让她归隋。冼夫人召集首领几千人，痛哭一整天，派孙子冯魂领兵迎接韦洸。韦洸击杀徐璒，进入广州，劝谕岭南各州都平定（胡三省注：《考异》说《隋帝纪》载“十年八月壬申，派韦洸等安抚岭南，百越都归附”，按陈朝在九年正月灭亡，到次年八月，加上闰月共二十一个月，冼夫人不可能不知，《冼氏传》又说晋王派陈后主给冼夫人写信，事情应在九年三月前，《帝纪》所说是百越归附后奏报到朝廷的日期）。上表奏请冯魂为仪同三司，册封冼夫人为宋康郡夫人（胡三省注：宋文帝元嘉九年，分高凉设宋康郡。《隋志》载高凉郡杜原县旧有永宁、宋康二郡）。韦洸是韦敻的儿子（胡三省注：韦敻见一百六十七卷陈高祖永定三年）。
衡州司马任瓌劝都督王勇占据岭南，寻找陈氏子孙立为皇帝；王勇不用，率部投降，任瓌弃官而去。任瓌是任忠弟弟的儿子。
于是陈国全部平定（胡三省注：陈高祖受梁禅让，在丁丑年，到这时灭亡，共五主，三十三年），得三十州，一百郡，四百县（胡三省注：按《隋志》，陈朝当时有扬、东扬、南徐、吴、闽、丰、湘、巴、武、江、郢、广、东衡、衡、高、罗、新、泷、建、成、桂、东宁、静、南定、越、南合、崖、安、交、爱，共三十州）。下诏将建康的城邑宫殿全部拆平耕种，在石头城设蒋州（胡三省注：以蒋山名州）。
晋王杨广班师，留王韶镇守石头城，委托后事，三月，己巳日，陈叔宝和王公百官从建康出发，前往长安，路上队伍连绵五百里。文帝命暂时分给长安士民住宅等待，内外整理，派使者迎接慰劳；陈人到后如归故乡。夏季，四月，辛亥日，文帝到骊山，亲自慰劳凯旋的军队。乙巳日（胡三省注：“巳”似应为“卯”），各军凯旋入城，在太庙献俘，陈叔宝及太子、诸王二十八人，司空司马消难以下到尚书郎共二百多人，文帝派纳言宣诏慰劳；接着派内史令宣诏，责备他们君臣不能互相辅助，导致灭亡。陈叔宝及群臣都羞愧恐惧伏在地上，屏息不能回应。随后赦免他们。
起初，武元帝（胡三省注：文帝的父亲杨忠，谥号武元帝）迎接司马消难（胡三省注：事见一百六十七卷陈高祖永定二年），与司马消难结为兄弟，交情深厚，文帝常以叔父之礼对待他。到平定陈朝，司马消难到长安，特免死罪，发配为乐户，二十天后赦免，仍因旧恩召见；不久在家去世。
庚戌日，文帝御临广阳门（胡三省注：广阳门是大兴宫城正南门。《唐六典》说：隋称广阳门，开皇二年建造，仁寿元年改昭阳门，唐武德元年改顺天门，神龙元年改承天门），宴请将士，从门外到南城沿街堆积布帛，按等级赏赐，共用三百多万段。陈朝旧境，免除十年赋税徭役，其余各州免除当年租赋。
乐安公元谐进言：“陛下威德远播，臣之前请求以突厥可汗为候正，陈叔宝为令史，现在可以用臣的建议了。”文帝说：“朕平定陈国，本为除逆，不是想夸耀。公的奏请，不合朕意。