13沈怀明、张永、萧道成等驻军在九里以西，与东方的军队相持。东方的军队听说义兴战败，都很震惊恐惧。皇帝派遣积射将军济阳人江方兴、御史王道隆到晋陵查看东方军队的形势。孔觊的部将孙昙瓘、程扞宗排列五座城池，互相连接。程扞宗的城池还没坚固，王道隆与各位将领谋划说：“程扞宗的城池还没建成，可以趁机拿下，上能符合圣旨，下能鼓舞士气。”辛酉日，王道隆率领所部急攻，攻下城池，斩杀程扞宗。张永等人趁机乘胜进攻孙昙瓘等人，壬戌日，孙昙瓘等人兵败，与袁标一起弃城逃跑，于是攻克晋陵。
吴喜的军队到达义乡（今浙江长兴）。（胡三省注：晋惠帝永兴元年，分割吴兴的长城设置义乡县，隶属于义兴郡。现在的湖州，就是古代的吴兴；长兴县，就是古代的长城，在湖州西北七十里。）孔璪屯兵在吴兴南亭，太守王昙生到孔璪那里商议事情；听说朝廷军队已经逼近，孔璪非常恐惧，从床上掉下来，说：“悬赏捉拿的人，只有我而已；现在不赶紧逃走，将会被人擒获！”于是与王昙生逃奔钱唐（今浙江杭州）。（胡三省注：孔璪奉命到东方，却劝说孔觊起兵，所以恐惧而逃跑。）吴喜进入吴兴，任农夫领兵前往吴郡（今江苏苏州），顾琛弃郡逃奔会稽（今浙江绍兴）。皇帝因为四个郡已经平定，（胡三省注：四郡：晋陵、义兴、吴兴、吴郡。）于是留下吴喜让他统领沈怀明等各位将领向东攻击会稽，召张永等人北上攻击彭城，江方兴等人南下攻击寻阳。
14任命吏部尚书蔡兴宗为左仆射，侍中褚渊为吏部尚书。
15丁卯日，吴喜的军队到达钱唐，孔璪、王昙生逃奔浙东。吴喜派遣强弩将军任农夫等人领兵前往黄山浦，（胡三省注：黄山浦，就是现在的渔浦。渔浦东南就是后黄山。《诸暨志》记载：长宁乡在县东四十五里，管辖五里，其中一叫黄山里，在现在的越州西北四十五里。）东方的军队在岸边结寨，任农夫等人击败他们。吴喜从柳浦（今浙江杭州凤凰山东南）渡江，攻取西陵（今浙江杭州萧山西），斩杀庾业。会稽人非常恐惧，将士大多逃跑，孔觊不能控制。戊寅日，上虞（今浙江上虞）县令王晏起兵攻打郡城，孔觊逃奔嵴山；（胡三省注：根据《南史》，孔觊的门生用小船载着孔觊，逃窜到嵴山村。）车骑从事中郎张绥封锁府库等待吴喜。己卯日，王晏进入城中，杀死张绥，在别署抓获寻阳王刘子房。（胡三省注：张绥大概把刘子房迁到别署，所以王晏前去抓获他。）放纵士兵大肆抢掠，府库都被抢空；抓获孔璪，杀了他。庚辰日，嵴山百姓捆绑孔觊送给王晏，王晏对他说：“这事是孔璪干的，与你无关，你可以写自首书，我会为你向朝廷申诉。”孔觊说：“江东的安排，没有不是我做主的；把罪过推给别人求活命，是你们这种人的做法罢了。”王晏于是斩杀他。（胡三省注：这说明孔觊临死不改气节。）顾琛、王昙生、袁标等人到吴喜那里请罪，吴喜都宽恕了他们。东方军队的军主共七十六人，（胡三省注：一军的统帅，称为军主。）在阵前斩杀十七人，其余的都被宽恕。（胡三省注：为吴喜后来获罪埋下伏笔。）
16薛索儿攻打申阐，很久不能攻下；派申令孙进入睢陵劝说申阐，申阐出城投降，薛索儿连同申令孙一起杀了他。（胡三省注：古人有句话：“祸莫大于杀已降。”为申令孙的儿子杀薛索儿埋下伏笔。）
17山阳王刘休佑在历阳（今安徽和县），辅国将军刘勔进军到小岘（今安徽含山北）。殷琰所任命的南汝阴太守裴季之献合肥（今安徽合肥）投降。（胡三省注：沈约说：江左设置南汝阴郡，治所就是合肥县。）
18邓琬本性鄙陋昏庸、贪婪吝啬，掌握大权后，父子卖官鬻爵，让奴婢仆人到市场上贩卖物品；饮酒唱歌、赌博下棋，日夜不停；自高自大，宾客上门，十几天都见不到他；内部事务都委托给褚灵嗣等三人，一群小人横行霸道，竞相作威作福。于是士人百姓怨恨，内外离心。（胡三省注：这说明寻阳失败灭亡的原因。）
邓琬派遣孙冲之率领龙骧将军薛常宝、陈绍宗、焦度等一万人为前锋，占据赭圻（今安徽繁昌西）。（胡三省注：刘昫说：池州南陵县，是汉代春谷县地，秦代设置南陵县，治所在赭圻城，唐代长安四年移治青阳城。）孙冲之在路上给晋安王刘子勋写信说：“船只已经准备好，粮食武器也已整齐，三军踊跃，人人争相效命；准备顺流扬帆，直取白下（今江苏南京鼓楼区西北）。希望迅速派遣陶亮的军队兼程相接，分兵占据新亭（今江苏南京雨花台）、南州，就能一举平定。”刘子勋加授孙冲之为左卫将军；任命陶亮为右卫将军，统领郢、荆、湘、梁、雍五州的军队合计二万人，同时东下。陶亮本来没有才干谋略，听说建安王刘休仁亲自率军前来，殷孝祖又到达，不敢前进，驻军在鹊洲