21江州刺史庾悦以鄱阳太守虞丘进为前锋，多次打败卢循的军队，进据豫章，断绝卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵斩杀苟林。
桓石绥趁着卢循入侵，在洛口（今陕西洋县西，洛谷水入汉江处）起兵，自称荆州刺史，微阳令王天恩自称梁州刺史，（胡三省注：“徵阳”应当作“微阳”。《晋·地理志》：微阳县属上庸郡。沈约说：魏设立建始县，晋武帝改为微阳。周武王讨伐纣王，庸、蜀、羌、髳、微、卢、彭、濮八国随从。我猜想微阳县大概因古微国而得名，但史书没有依据。）袭击占据西城（今陕西安康西北）。梁州刺史傅韶派遣他的儿子魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，都斩杀了他们，桓氏于是灭亡。傅韶是傅畅的孙子。
22西秦王乞伏乾归进攻后秦的略阳、南安、陇西各郡，都攻克了，迁徙二万五千户到苑川及枹罕。
23甲寅日（初五），把北魏主拓跋珪安葬在盛乐金陵（今内蒙古和林格尔西北），谥号宣武，庙号烈祖。（胡三省注：宋高祖永初元年，北魏改谥拓跋珪为道武皇帝。）
24刘毅坚决请求追击卢循，长史王诞秘密对刘裕说：“刘毅已经战败，不应该再让他立功。”刘裕听从了他的建议。冬季，十月，刘裕率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等向南攻击卢循，任命刘毅为监太尉留府，后事都委托给他。癸巳日（十四日），刘裕从建康出发。
25徐道覆率领三万部众进逼江陵，突然到达破冢（今湖北江陵东南，在江津以东）。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及召回，人心大震。有人传言卢循已经平定京城，派遣徐道覆来担任刺史，长江、汉水一带的士民因感激刘道规焚毁信件的恩德，没有二心。刘道规派刘遵另外组成游击部队，自己在豫章口抵御徐道覆，前锋失利；刘遵从外围横向攻击，大败敌军，斩杀一万多人，投水死的几乎殆尽，徐道覆单船逃回湓口（今江西九江，湓水入长江处）。当初，刘道规派刘遵担任游击部队，众人都认为强敌在前，只担心兵少，不应分割现有兵力，放在无用的地方到打败徐道覆时，最终靠游击部队的力量，众人才心服。
26鲜卑仆浑、羌句岂、输报、邓若等率领二万户投降西秦。（胡三省注：鲜卑有仆浑部；句岂、输报、邓若都是羌族部落。句，古侯翻。）
27王仲德等人听说刘裕大军将至，在南陵进攻范崇民；范崇民的战舰在两岸夹屯。十一月，刘钟亲自去侦察贼军，天降大雾，贼军钩住他的船。刘钟于是率领左右攻击舰门，贼军急忙关门抵抗，刘钟才慢慢退回，与王仲德一起进攻范崇民，范崇民逃走。（胡三省注：范崇民逃走，刘裕就可以直接进军，卢循失去湖口的险要。）
28癸丑日（初五），益州刺史鲍陋去世。谯道福攻陷巴东，杀死守将温祚、时延祖。（胡三省注：温祚本是巴东太守。时延祖自从刘敬宣从黄虎退军后都驻守巴东。）
29卢循镇守广州的军队不防备海路。庚戌日（初二），孙处从海路突然到达，恰逢大雾，四面进攻，当天攻克城池。孙处安抚当地旧民，诛杀卢循的亲信党羽，整兵严密防守，分遣沈田子等人进攻岭南各郡。
30刘裕驻军雷池（今安徽望江东南，古雷水入江处）。卢循扬言不攻雷池，要顺流直下；刘裕知道他想决战，十二月，己卯日（初一），进军大雷（今安徽望江，晋时大雷戍）。庚辰日（初二），卢循、徐道覆率领几万部众堵塞长江东下，前后看不到船尾。刘裕出动全部轻舰，率领各路军队合力攻击；又分派步兵骑兵驻守西岸，预先准备好火攻器具。刘裕用强弩射击卢循的军队，借助风势水流逼迫他们。卢循的舰只都停泊在西岸，岸上军队投火焚烧，烟火冲天；卢循军队大败，逃回寻阳。将要进逼豫章，于是全力设置栅栏阻断左里（今江西都昌西北，彭蠡湖口）；丙申日（十八日），刘裕军队到达左里，不能前进。刘裕指挥军队将要作战，所拿的指挥旗旗杆折断，旗帜沉入水中，众人都感到奇怪恐惧。刘裕笑着说：“往年覆舟之战，（胡三省注：指讨伐桓玄与桓谦等交战时。）旗杆也折断，现在又这样，贼军一定被打败。”立即攻栅栏前进，卢循的军队虽然拼死作战，不能阻挡。卢循单船逃走，被杀死及投水死的共一万多人。接纳投降归附的人，宽恕被逼迫裹挟的人，派遣刘藩、孟怀玉率轻装军队追击。卢循收编散兵，还有几千人，直接返回番禺；徐道覆逃到始兴固守。刘裕任命建威将军褚裕之为广州刺史。褚裕之是褚裒的曾孙。刘裕返回建康。刘毅厌恶刘穆之，常常私下对刘裕说刘穆之权力太重，刘裕却更加亲近