25桓玄上表任命他的哥哥桓伟为江州刺史，镇守夏口（今湖北武汉）；司马刁畅为辅国将军、督八郡军事，镇守襄阳（今湖北襄阳）；派遣他的将领皇甫敷、冯该戍守湓口（今江西九江）。迁移沮水、漳水（今湖北西部，胡三省注：《左传》说：江、汉、沮、漳是楚的望地。《水经》：沮水出汉中房陵，东南过临沮界，又东过枝江县，南入江。漳水出临沮县东荆山，南至枝江县北入沮。二水上下游都有蛮人居住）的二千户蛮人到长江以南，设立武宁郡；又招集流民，设立绥安郡（胡三省注：绥安郡治长宁县，隋废长宁入长林）。下诏征召广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，桓玄都留住不派遣。
桓玄自认为拥有晋朝三分之二的领土，多次让人献上自己的祥瑞征兆，想以此迷惑众人；又给会稽王司马道子写信说：“贼寇逼近京城，因为刮风不能前进，因为下雨不能放火，粮食吃完所以离去，不是力量不足。从前王国宝死后，王恭不趁此威势入京执掌朝政，可见他的心意不是欺侮明公，却被说成不忠。现在的权贵心腹，有当时清流名望的是谁呢？难道能说没有优秀的人才？只是不能信任他们罢了！江东人士中，名位显赫的，都称为佳胜、名胜。近来一朝一夕，就造成今天的祸患。在朝君子都怕祸而不言，我愧居远方，所以陈述事实。”司马元显见信，非常害怕。
张法顺对司马元显说：“桓玄凭借家世资历，一向有豪气，已经兼并殷仲堪、杨佺期（胡三省注：殷、杨指殷仲堪、杨佺期。兼并殷、杨事见上卷隆安三年），独占荆楚；您所控制的只有三吴而已（胡三省注：第指府第；第下犹如门下、阁下之类）。孙恩作乱，东方破败，公私困竭，桓玄必定趁此放纵他的奸凶，我私下里很担忧。”司马元显说：“怎么办？”张法顺说：“桓玄刚得荆州，人心未附，正致力于安抚，无暇他图。如果趁此时机让刘牢之为前锋，而您率大军继进，桓玄可以攻取。”司马元显认为对。正好武昌太守庾楷因为桓玄与朝廷结怨，怕事情不成，祸及自己（胡三省注：庾楷归顺桓玄，见一百十卷隆安二年），秘密派人自己结交司马元显，说“桓玄大失人心，部众不愿为他所用，如果朝廷派兵，我将作为内应。”司马元显大喜，派张法顺到京口（今江苏镇江），和刘牢之谋划；刘牢之认为困难。张法顺回来，对司马元显说：“看刘牢之的言行神色，必定会背叛我们，不如召他入京杀了；不然，会败坏大事。”司马元显不听。于是大规模整治水军，征调军队，装备战舰，谋划讨伐桓玄。
元兴元年（壬寅，公元402年）
1春季，正月，庚午朔（初一），（胡三省注：这年三月，司马元显失败，恢复隆安年号，桓玄不久改叫大亨，桓玄篡位，又改叫永始。元兴的年号从这年正月开始，《通鉴》从这年到义熙初年，都不改元兴的年号，不认同桓玄的篡位，拨乱反正）下诏历数桓玄的罪状，任命尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事、加黄钺（胡三省注：当时晋的境内有扬、徐、南徐、兖、南兖、豫、南豫、青、冀、司、荆、江、雍、梁、益、宁、交、广十八州，司马元显全部都督，即使他真能诛杀桓玄，也必定会凌驾于君主之上而篡夺皇位），又任命镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王司马尚之为后部，于是大赦天下，改年号，内外戒严；加授会稽王司马道子为太傅。
司马元显想杀光桓氏。中护军桓修是骠骑长史王诞的外甥，王诞得到司马元显的宠信，于是陈述桓修等人与桓玄志趣不同，司马元显才停止。王诞是王导的曾孙。
张法顺对司马元显说：“桓谦兄弟常常是上流的耳目，应当杀了他们来杜绝奸谋。而且事情成功与否，取决于前锋，而刘牢之反复无常，万一有变，灾祸失败立刻到来，可以让刘牢之杀桓谦兄弟来表示没有二心，如果他不接受命令，应当预先对付他（胡三省注：逆为之所，在祸患未来之前先谋划，想杀刘牢之）。”司马元显说：“现在除了刘牢之，没人能对抗桓玄；而且刚开始就杀大将，人心不安。”张法顺再三劝说，司马元显最终不同意。（胡三省注：张法顺和司马元显再三说，最终认为不行）又因为桓氏世代被荆州人依附，桓冲特别有遗惠，而桓谦是桓冲的儿子，于是从骠骑司马任上任命为都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，想以此笼络西方人的人心。
2丁丑（初八），后燕慕容拔攻打北魏令支的戍守，攻克，宿沓干逃走，抓获北魏辽西太守那颉（姓，胡三省注：《魏书·官氏志》，内入诸姓有那氏）。后燕任命慕容拔为幽州刺史，镇守令支，以中坚将军辽西人阳豪为本郡太守。丁亥（十八日），任命章武公慕容渊为尚书令，博陵公慕容虔为尚书左仆射，尚书王腾为右仆射。
3戊子（十九日），北魏材官将军和突攻打黜弗、素古延等部落，打败他们。当初，北魏主拓跋珪派遣北部大人贺狄干献一