王敦到了石头城，想攻打刘隗。杜弘对王敦说：“刘隗的敢死之士很多，不容易攻克；不如攻打石头城，周札刻薄寡恩，士兵不会为他效力，攻打他必定能取胜，周札失败后刘隗自然会逃走。”王敦听从了他的建议，任命杜弘为前锋，攻打石头城，周札果然开门接纳杜弘。王敦占据石头城，叹息说：“我不能再做有盛德的事了！”（胡三省注：王敦的无君之心，在言语中表现出来。）谢鲲说：“为什么会这样呢！只要从今以后，一天天忘记过去的事就好了。”（胡三省注：说日复一日，渐渐忘记过去的事，那么君臣之间猜疑的痕迹也就一天天消除了。）
元帝命令刁协、刘隗、戴渊率领部众攻打石头城，王导、周顗、郭逸、虞潭等兵分三路出战，刁协等人的军队都大败。太子司马绍听说后，想亲自率领将士决战；上车将要出发，中庶子温峤拉住马缰绳劝谏说：“殿下是国家的储君，怎么能以自身轻视天下！”抽出剑斩断马鞅，太子才停止。
王敦拥兵不朝见元帝，放纵士兵劫掠，宫廷和官府的人都逃散了，只有安东将军刘超按兵不动，坚守防卫，以及两位侍中在元帝身边侍奉。元帝脱下军装，穿上朝服，回头说：“想得到我的位置，应当早点说！何必这样残害百姓！”又派使者对王敦说：“您如果没有忘记本朝，在这里停止军事行动，那么天下还可以共同安定；如果不是这样，我就回到琅邪去为贤人让路。”
刁协、刘隗失败后，都进入宫中，在太极殿东阶见元帝。元帝握住刁协、刘隗的手，流泪呜咽，劝他们避祸。刁协说：“我应当坚守至死，不敢有二心。”元帝说：“现在事情紧迫，怎么能不走！”于是命令给刁协、刘隗人马，让他们自己想办法。刁协年老，不能骑马，平时没有恩德，招募随从，都抛弃了他，走到江乘（今江苏句容北），被人杀死，首级送给王敦。刘隗投奔后赵，官至太子太傅去世。（胡三省注：成帝咸和八年，刘隗跟随石虎在潼关战死，难道就是这个刘隗吗！）
元帝命令公卿百官到石头城见王敦，王敦对戴渊说：“前日的战斗，还有余力吗？”戴渊说：“岂敢有余力，只是力量不足罢了！”王敦说：“我现在的行动，天下人认为怎么样？”戴渊说：“只看表面的人说这是叛逆，体会诚心的人说这是忠诚。”王敦笑着说：“你可以说是能言善辩。”又对周顗说：“伯仁，你辜负我！”（胡三省注：愍帝建兴元年，周顗被杜弢围困，投奔王敦于豫章，所以王敦认为周顗欠自己的情。）周顗说：“您起兵冒犯朝廷，我亲自率领六军，不能完成使命，使朝廷的军队失败，因此辜负了您！”
辛未（十八日），大赦天下；任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公，王敦都推辞不接受。
当初，西晋灭亡，四方都劝元帝登基。（胡三省注：见九十卷建武元年。）王敦想专揽国政，顾忌元帝年长难以控制，想重新商议立君，王导不同意。等王敦攻克建康，对王导说：“不听我的话，几乎导致家族覆灭。”
王敦因太子有勇有谋，被朝廷内外所拥戴，想诬陷他不孝而废黜他，大会百官，问温峤说：“皇太子以什么德行着称？”声色俱厉。温峤说：“洞察幽微，思虑深远，不是浅陋之人所能估量的；从礼义来看，可以说是孝顺了。”（胡三省注：说太子既有洞察幽微、思虑深远的才能，又尽到了侍奉父母的礼节，以此化解王敦诬陷他不孝的企图。）众人都认为确实如此，王敦的阴谋于是失败。
元帝在广室殿召见周顗，（胡三省注：广室，殿名。）对他说：“近来的大事，两宫（皇宫和太子宫）平安，众人平安，大将军的做法固然符合大家的期望吧？”周顗说：“两宫自然像陛下说的那样，我们这些人还不知道会怎样。”护军长史郝嘏等劝周顗避开王敦，（胡三省注：周顗代替戴渊为护军将军，任命郝嘏为长史。）周顗说：“我身为大臣，朝廷衰败，难道能再在民间求活，向外投奔异族吗！”王敦的参军吕猗，曾经担任尚书郎，（胡三省注：晋朝称尚书郎为台郎。）本性奸诈谄媚，戴渊担任尚书时，痛恨他。吕猗劝说王敦：“周顗、戴渊都有很高的名望，足以迷惑众人，近来他们的话，毫无惭愧之色