八月，吴国军队回到建业，诸葛恪让士兵列队，前呼后拥地回到自己的府中。他立刻召见中书令孙嘿，严厉地对他说：“你们怎么敢多次随意伪造诏书！”（胡三省注：因为多次下诏召他回去，所以他很生气。） 孙嘿惊慌失措，连忙告辞出来，借口生病回家了。
诸葛恪出征之后，对各部门官员进行了大规模的调整，重新选拔任命，而且更加严厉地整治威严，经常责罚下属，那些要去拜见他的人都战战兢兢，大气都不敢出。他还更换了宫中的侍卫，任用自己的亲信；又下令军队做好战斗准备，打算进攻青州和徐州。（胡三省注：这些行为，都是导致诸葛恪很快死亡的原因。复敕兵严，指告诫士兵们整理好装备，做好战斗准备。 ）
孙峻趁着百姓对诸葛恪的怨恨和众人对他的不满，在吴主面前诬陷诸葛恪，说他想要谋反。冬季，十月，孙峻和吴主密谋，设下酒宴邀请诸葛恪。在诸葛恪准备入宫赴宴的前一天晚上，他心神不宁（胡三省注：《左传》中郑子产说：人出生开始形成的是魄，魄形成之后，阳气构成魂。使用的物品精良丰富，那么魂魄就强健，所以人有精爽之气，甚至能达到神明的境界。杜预注释说：爽，是明的意思。扰动，指心神不安。 ），整晚都没睡着；大概是因为死期将至，所以才这样。而且他家还多次出现怪异的现象，诸葛恪心中起了疑虑。第二天，他的车停在宫门口，孙峻已经在帷幕后面埋伏了士兵，他担心诸葛恪不按时进来，导致事情败露，于是亲自出来迎接诸葛恪，说：“如果您身体不舒服，可以改日再来，我会向主上说明情况的。”诸葛恪说：“我还是勉强进去吧。”散骑常侍张约、朱恩等人偷偷给诸葛恪送信，说：“今天的布置很不寻常，恐怕有其他变故。”诸葛恪把信拿给滕胤看，滕胤劝他回去。诸葛恪说：“那些小辈能有什么作为！我只是担心他们在酒食里下毒罢了。”（胡三省注：《考异》说：《诸葛恪传》记载：“诸葛恪看了张约等人的信后准备离开，还没走出家门，就遇到了太常滕胤。诸葛恪说：‘突然肚子疼，不能进去了。’滕胤不知道孙峻的阴谋，对诸葛恪说：‘您刚回来还没见到主上，现在主上设酒宴邀请您，您都已经到门口了，应该进去。’诸葛恪犹豫了一下，还是进去了。’孙盛认为不是这样。现在依据《吴历》的记载。 ）诸葛恪进宫后，带着剑、穿着鞋上了殿，向吴主谢恩后入座。酒宴开始后，诸葛恪心中怀疑，不敢喝酒。孙峻说：“您的病还没好利索，您平时吃的药酒，让人拿来喝吧。”诸葛恪这才放下心来，喝了自己带来的酒。酒过几巡，吴主起身回到内宫；孙峻也起身去厕所，他脱掉长衣，换上短装，出来后大喊：“有诏书，逮捕诸葛恪！”诸葛恪惊慌地站起来，还没来得及拔剑，孙峻的刀已经砍了过来，张约在旁边砍向孙峻，只砍伤了他的左手，孙峻随手反击，砍断了张约的右臂。这时，侍卫们都冲了上来（胡三省注：武卫之士，由武卫将军统领。 ），孙峻喊道：“我要抓的是诸葛恪，现在他已经死了！”然后让侍卫们把刀收起来，清理好场地，继续喝酒。诸葛恪的两个儿子诸葛竦、诸葛建得知父亲出事，带着母亲想要逃跑，孙峻派人追杀了他们。诸葛恪的尸体被用苇席裹起来，用竹篾绑住腰部，扔到了石子冈（胡三省注：《诸葛恪传》记载：建业南边有长陵，叫石子冈，很多人死后葬在那里。按现在高座寺后面就是石子冈，高座寺在建康城南门外。宋白说：石子冈在台城南四十里，现在的建康城，不是台城。 ）。孙峻又派无难督施宽前往将军施绩、孙壹的军中（胡三省注：施绩当时在江陵；孙壹当时在夏口。 ），在公安杀死了诸葛恪的弟弟奋威将军诸葛融和他的三个儿子。诸葛恪的外甥都乡侯张震、常侍朱恩，也都被诛灭三族。
临淮人臧均上表，请求收敛安葬诸葛恪，他说：“雷霆闪电，不会持续一整个早晨（胡三省注：郑康成说：崇，是终了的意思；就是说不会持续一整个早晨。 ）；狂风呼啸，很少有一整天不停的；然而风雨过后，紧接着就是云雨，滋润万物。这说明天地的威严，不会持续太久；帝王的愤怒，也不应该完全发泄出来。我虽然愚笨狂妄，但不懂得