当时琅邪（今山东诸城 ）还没有平定（《郡国志》记载：琅邪郡在洛阳以东一千五百里 ），刘秀调陈俊担任琅邪太守；陈俊刚到任，盗贼就纷纷散去。
耿弇又率兵到达城阳（今山东莒县 ，《地理志》记载，城阳国的都城是莒县 。贤良注解说：城阳旧城在今沂州临沂县南 ），收降了五校贼军的残余势力（“校”，音jiào ），齐地全部平定，耿弇整顿军队，返回京城。耿弇作为将领，一共平定了四十六个郡，攻克了三百座城池，从未遭受过挫折。
开始兴建太学。刘秀回到宫中后，前往太学（陆机《洛阳记》说：太学在洛阳城原来的开阳门外，距离皇宫八里；讲堂长十丈，宽三丈 ），仿照古代的典章制度，修明礼乐，文化制度焕然一新，十分可观。
十一月，大司徒伏湛被免职，刘秀任命侯霸为大司徒。侯霸听说太原（今山西太原 ）闵仲叔的名声，征召他来任职，闵仲叔到任后，侯霸却不与他谈论政事，只是慰问他的辛苦（贤良注解说：慰问他的辛勤劳苦 。“劳”，音lào ）。闵仲叔不满地说：“起初我接到您的征召，既高兴又惶恐。如今见到您，高兴和惶恐都没了。您是觉得我不值得询问政事吗？如果是这样，就不应该征召我。征召了却不询问政事，这是错失人才啊！”于是告辞离开，并递上弹劾自己的状子（贤良注解说：审查罪行叫做弹劾，自己呈上弹劾自己的状子然后离开 。“投”，就是呈上的意思 。现在有“投辞”“投牒”这样的说法 。）。
当初，五原（今内蒙古包头西北 ）人李兴、随昱（《姓谱》记载：随侯的后代 。又杜伯的玄孙是晋国的大夫，在随邑采食，名叫随会 ），朔方（今内蒙古杭锦旗北 ）人田飒（sà），代郡（今河北蔚县 ）人石鲔（wěi）、闵堪各自起兵，自称将军。匈奴单于派使者与李兴等人议和，想要让卢芳回到汉朝故地称帝。李兴等人率兵到单于王庭迎接卢芳；十二月，他们一起进入塞内，以九原县（今内蒙古包头西北 ，贤良注解说：九原县属五原郡；旧城在今胜州银城县 ）为都城，掠夺了五原、朔方、云中（今内蒙古托克托东北 ）、定襄（今内蒙古呼和浩特东南 ）、雁门（今山西朔州东南 ）五郡，还设置了太守、县令，与匈奴军队一起侵扰北方边境。
冯异治理关中（今陕西中部地区 ），前后三年，上林苑一带变得繁荣起来（贤良注解说：“成都”，意思是归附的人很多 。《史记》说：一年形成村落，两年形成城镇 。“治”，音zhi ）。有人上奏章说：“冯异权势太重，百姓都归附他，称他为咸阳王。”刘秀把奏章拿给冯异看；冯异十分惶恐，上书谢罪。刘秀下诏回复说：“将军对于国家，在道义上是君臣，在恩情上如同父子，有什么可猜疑的，竟然会心生恐惧！”
隗嚣（wěi xiāo）自夸才能，掩饰自己的智谋，常常把自己比作西伯（周文王 ），和将领们商议想要称王。郑兴说：“从前周文王统治了天下三分之二的土地，仍然向殷商称臣（这是《论语》中记载孔子的话 ）；周武王时，八百诸侯事先没有商量却一同来会盟，他还是退兵等待时机（周武王在孟津观兵，诸侯们事先没有约定却来了八百人，都说：‘可以讨伐纣王了。’武王说：‘你们还不了解天命。’于是率军返回 ）；高帝征战多年，仍然以沛公的身份统领军队。如今您虽然品德高尚，但没有像周朝那样的福运；虽然威势谋略过人，但还没有建立像高祖那样的功业；却想要做不恰当的事情，这明显是在招致祸患（“昭”，是明显的意思 。“速速”，指招致祸患 ），恐怕不行吧！”隗嚣这才打消了称王的念头。后来他又大量设置官职来抬高自己的地位，郑兴说：“中郎将、太中大夫、使持节这些官职，都是帝王才能设置的，不是臣子能设置的。这样做对实际没有好处，还会损害名声，不符合尊奉皇上的本意。”隗嚣对此感到为难，但还是停止了这种做法（贤良注解说：“病”，就是为难的意思 ）。
当时关中的将领们多次上书，陈述可以攻打蜀地（今四川成都 ）的情况，刘秀把这些书信拿给隗嚣看，想让他攻打蜀地，以此来检验他的诚意（“效”，是检验的意思 ）。隗嚣上书，极力强调三辅地区（今陕西中部地区 ）兵力薄弱，卢芳（自称刘文伯 ）又在边境，此时不适合谋划攻打蜀地。刘秀知道隗嚣想要脚踏两只船，不希望天下统一，于是逐渐降低对他的礼遇，明确君臣之间的礼仪规范（刘秀给隗嚣写信，起初用平等国家的礼仪，现在降低了规格 ）。刘秀因为隗嚣与马援、来歙（xi）关系很好，多次派来歙、马援往来出使，劝说隗嚣入朝，并答应封给他高爵。隗嚣多次派使者前来，言辞十分谦逊，说自己没有什么功劳和德行，要等四方平定之后，再退居乡里。刘秀又派来歙劝说隗嚣送儿子入朝做人质，隗嚣听说刘永、彭宠都已被消灭，于是派