秋季，七月丁丑日，刘秀前往沛（今江苏沛县 ），又前往湖陵（今山东鱼台东南 ）。董宪和刘纡出动全部兵力几万人屯驻在昌虑（今山东滕州东南 ，《地理志》记载，昌虑县属东海郡 。宋白说：徐州滕县，是汉朝蕃县、昌虑县的属地 。应劭注释说：蕃县，就是小邾国 。又有邾国滥城，在今县东南，就是汉朝的昌虑县 。颜师古说：“虑”，音lu ）；董宪还招引五校贼军的残余势力，和他们一起据守建阳（今山东枣庄南 ，贤良注解说：建阳县属东海郡；旧城在今沂州丞县北 。）。刘秀到达蕃县（今山东滕州 ，《地理志》记载，蕃县属鲁国 。应劭说：这里是小邾国 。颜师古说：白裒说陈蕃做鲁国国相时，国人避讳，把“蕃”改为“皮”。这种说法不对。郡县的名字，各地都有不同的俗称，不一定都按照本字来读 。），距离董宪的驻地一百多里，将领们请求进军；刘秀没有听从，他知道五校贼军缺乏粮食，肯定会撤退，于是命令各军坚守营垒，等待敌军疲惫。不久，五校贼军果然撤离。刘秀于是亲自率军，从四面攻打董宪，经过三天激战，大败董宪；佼强率领部众投降，苏茂逃往张步那里，董宪和庞萌逃到郯县（今山东郯城 ）据守。八月己酉日，刘秀前往郯县，留下吴汉继续攻打，自己则转而巡视彭城（今江苏徐州 ）、下邳（今江苏睢宁西北 ）。吴汉攻克郯县后，董宪、庞萌逃到朐县（今江苏连云港西南 ，贤良注解说：朐县属东海郡；现在海州朐山县西有旧朐城 。“朐”，音qu 。宋白说：朐旧城，在朐山县西九十里 ）。刘纡不知道该去哪里，他的军士高扈斩杀了他，然后投降。吴汉进军包围朐县。
冬季，十月，刘秀前往鲁（今山东曲阜 ，鲁国原本属徐州，刘秀把它改属豫州 ）。
张步听说耿弇（gěng yǎn）即将到来，派他的大将军费邑驻军在历下（今山东济南 ，贤良注解说：历下城在今齐州历城县 。《考异》说：袁宏《汉纪》记载为“济南王费邑”，现在依据《耿弇传》 ），又命令军队屯驻在祝阿（今山东济南长清区 ，《地理志》记载，祝阿县属平原郡 。贤良注解说：就是现在的齐州，旧城在今山茌县东北 。天宝元年把祝阿改为禹城，因为县西有禹息故城 ），另外还在泰山（今山东泰安 ）、钟城（今山东济南 ）排列了几十个营寨来抵御耿弇。耿弇渡过黄河后，先攻打祝阿，从清晨开始攻城，还没到中午就攻克了；他故意放开一个角，让城中的敌人逃到钟城。钟城的人听说祝阿已经被攻破，非常惊恐，于是放弃营垒逃跑了。
费邑分派弟弟费敢守卫巨里（今山东济南章丘区 ，《郡国志》记载，济南历城县有巨里聚 。贤良注解说：又叫巨合城，在今齐州全节县东南 ）。耿弇进军先威胁巨里，严令军中尽快准备攻城器械（“趣”，通“促” ），并传令各部，三天后全力攻打巨里城；然后故意放松对俘虏的看管，让他们有机会逃走，把耿弇攻城的日期告诉费邑。到了那天，费邑果然亲自率领三万多精兵前来救援。耿弇很高兴，对将领们说：“我准备攻城器械，就是为了引诱费邑前来。野外的敌军都不打，还攻城干什么！”于是耿弇分出三千人守住巨里；自己则率领精兵登上山冈（《尔雅》说：山脊叫做冈，山坡叫做阪 。），居高临下与费邑交战，大败敌军，还在阵前斩杀了费邑；接着把费邑的首级拿给城中的人看，城中的人惊恐万分。费敢率领全部人马逃往张步那里。耿弇又收缴了费邑的粮草物资，然后出兵攻打那些还未攻克的营寨，平定了四十多个营寨，于是平定了济南郡（今山东济南 ，《郡国志》记载：济南郡在洛阳以东一千八百里 。）。
当时张步以剧县（今山东寿光南 ）为都城，派他的弟弟张蓝率领两万精兵守卫西安（今山东淄博临淄西北 ，贤良注解说：西安，是县名，属齐郡；旧城在今青州临菑县西北 ），各郡太守合起来率领一万多人守卫临菑（今山东淄博东北 ，临菑县属齐郡 ），两城相距四十里。耿弇进军到画中（今山东淄博临淄西 ，贤良注解说：画中，是邑名 。旧城在今西安城东南；有澅水，因此得名 。《水经注》记载：澅水向东距离临菑城十八里 ），驻军在两城之间。耿弇观察到西安城虽小但很坚固，而且张蓝的兵力精锐，临菑虽名气大但实际上更容易攻打，于是命令各部队五天后会合攻打西安。张蓝得知后，日夜警戒防守。到了约定的日期，半夜时分，耿弇命令将领们都在睡垫上吃饭（《前汉书音义》说：还没起床就在床上吃饭 ），天亮时，抵达临菑城下。护军荀梁等人对此表示反对，认为“攻打临菑，西安肯定会来救援，攻打西安，临菑却无法救援，不如攻打西安”。耿弇说：“不是这样，西安听说我们要攻打它，日夜防备，自顾不暇，哪有功夫去救别人！我们出其不意地攻打临菑，他们必然惊慌失措，我攻打一天就能拿下。拿下临菑，西安就孤立无援了，与剧县也断绝了联系，肯