清除了魏忠贤这个最大的毒瘤，接下来，便是彻底清查阉党余孽了。
朱由检下令，成立专门的专案组，由内阁大学士、六部尚书等重臣牵头，负责审理魏忠贤党羽的案件。他亲自坐镇，要求专案组务必 “除恶务尽，不留后患”。
一时间，整个京城都笼罩在一种肃杀的气氛之中。曾经依附魏忠贤的官员，一个个惶惶不可终日。专案组的衙门外，每天都有前来揭发、举报的人，各种罪证堆积如山。
崔呈秀，这位魏忠贤最核心的党羽之一，被称为 “五虎” 之首，在得知魏忠贤自缢的消息后，自知难逃一死。他先是在家中与妻妾们饮酒作乐，极尽奢靡，随后，在夜深人静之时，服毒自杀。但朱由检并未因此放过他，下旨将其尸体戮尸枭首，以儆效尤。
田尔耕、许显纯，这两个在诏狱中制造了无数冤狱的刽子手，被押到朝堂之上，接受三司会审。他们曾经的嚣张跋扈早已不见，只剩下无尽的恐惧和求饶。最终，二人被判处凌迟之刑，在菜市场被千刀万剐，百姓们争相上前，或唾骂，或投掷石块，场面极为解气。
客氏，这个与魏忠贤勾结，祸乱后宫的女人，也被从浣衣局提了出来。她曾经仗着天启皇帝的乳母身份，在宫中作威作福，害死了不少嫔妃和皇子。朱由检对她深恶痛绝，下旨将其杖杀。在浣衣局的庭院里，行刑的太监们毫不留情，沉重的廷杖一下下落在客氏身上，她的惨叫声渐渐微弱，最终气绝身亡，尸体被随意丢弃在乱葬岗，无人收殓。
魏忠贤的侄子魏良卿，以及其他魏氏家族的成员，也都被一网打尽，斩首的斩首，流放的流放，曾经显赫一时的魏家，顷刻间灰飞烟灭。
清查阉党的工作，持续了数月之久。朱由检亲自审阅每一份卷宗，对每一个涉案人员的处理都极为慎重。他深知，除恶固然重要，但也不能滥杀无辜，更不能让这场清算变成新的党争。
最终，经过反复核查、审定，朱由检下旨公布了《钦定逆案》。这份逆案，将阉党分子分为六等：一等为 “首逆”，魏忠贤、客氏二人，已死，仍追夺其封号，锉骨扬灰；二等为 “首逆同谋”，崔呈秀、田尔耕、许显纯等六人，判处死刑；三等为 “交结近侍”，判充军戍边者十九人；四等为 “交结近侍次等”，判徒刑三年，准予赎身为民者十一人；五等为 “交结近侍末等”，革去官籍者四十四人；六等为 “附和拥戴”，仅给予警告处分者一百二十八人。
整个逆案，共计惩处阉党分子二百六十余人，基本上将魏忠贤的势力一网打尽。当《钦定逆案》的名单公布于众时，朝野上下一片欢腾。那些曾经遭受阉党迫害的官员及其家属，奔走相告，喜极而泣。百姓们也纷纷走上街头，燃放鞭炮，庆祝这迟来的正义。
“新君圣明！”“中兴有望！” 的呼喊声，传遍了京城的大街小巷，甚至传到了遥远的地方。人们仿佛看到了大明王朝复兴的曙光，对这位年轻的皇帝充满了期待。
清除了阉党，朱由检并没有丝毫懈怠。他深知，这仅仅是个开始。大明王朝积弊已深，要想实现中兴，还有无数的难题等着他去解决。
他开始以一种近乎自虐的方式投入到朝政之中。每天天不亮，他就起床，前往文华殿召见大臣，商议国事。随后，便是批阅奏章，常常一坐就是一整天，直到深夜，甚至通宵达旦。
乾清宫的书房里，常常灯火通明。堆积如山的奏章，涉及国家的方方面面：北边的后金虎视眈眈，边军的粮饷如何筹措；陕西、河南等地灾情不断，流民四起，如何赈灾安抚；江南的赋税改革，如何才能既增加国库收入，又不激起民变；官场的腐败积习，如何才能革除…… 每一个问题，都沉重得让这位年轻的皇帝喘不过气来。
王承恩看着陛下日渐消瘦的脸庞，看着他因过度劳累而布满血丝的眼睛，看着他时不时捂住胸口咳嗽，甚至咳出的痰中带着血丝，心中焦急万分，却又无能为力。他只能默默地为陛下准备好参汤，提醒他注意休息。
“陛下，龙体为重啊，您已经连续三天没有好好睡一觉了。” 王承恩心疼地说。
朱由检放下手中的朱笔，揉了揉发胀的太阳穴，苦笑道：“睡？朕哪里睡得着啊。你看看这些奏章，哪一件不是火烧眉毛的急事？北边的边军在等着粮饷，灾区的百姓在等着救济，朕多睡一刻，可能就会有无数人死于非命。”
他拿起一件关于陕西灾情的奏章，眉头紧锁：“陕西大旱，赤地千里，百姓易子而食，已经有人揭竿而起了。如果再不想办法赈灾，恐怕就要酿成大祸了。”
说着，他又拿起笔，在奏章上写下密密麻麻的批复，要求户部、工部尽快调拨粮草、物资，前往陕西赈灾，并严令地方官员不得克扣、贪污，否则严惩不贷。
除了勤政，朱由检还极力倡导节俭。他以身作则，自己穿的龙袍，袖口磨破了，就让宫女缝补一下继续穿，上面的补丁清晰可见。他下令削减宫中的用度，撤销了许多不必