混乱，首先体现在议事过程本身。
最初的规程虽有，但毕竟粗疏。面对具体议题，尤其是涉及多方切身利益的复杂议题时，争吵、离题、人身攻讦、冗长发言，几乎成了常态。主持议事的狄仁杰固然威望足够，但他身为首辅，国事繁忙，不可能日日坐镇。更多时候，是由几位副职主持，面对那些身份特殊、背后各有倚仗的咨政员，往往力不从心。
这一日，议的是关于漕运货物“过税”税率的调整。户部提议，为平衡各地税赋，鼓励货物流通，拟对几条主要漕运线路的货物“过税”（即通过税）进行微调，有的略增，有的略减。
议题一出，立刻炸开了锅。
“荒谬！我淮南道所产绸缎、稻米，北上皆走汴水。汴水过税本就偏高，如今还要再加？岂不是要我淮南物产困死本道，不得流通？” 一位来自淮南的绸缎商兼乡绅代表拍案而起，他是新近补选入咨政院的，火气正旺。
“哼，淮南物产丰饶，稍加过税，有何不可？我河北道连年遭灾，民生凋敝，正需商税补充。且汴水畅通，加税些许，于你等不过九牛一毛，却可惠及河北百姓，有何不可？” 一位河北籍的致仕官员立刻反驳，他背后站着几位河北籍的咨政员，包括一位在河北有大量田产和商铺的勋贵代表。
“岂有此理！你这是‘慷他人之慨’！” 淮南代表气得胡子乱翘，“河北遭灾，朝廷自有赈济，何以要损我淮南以补河北？此非劫富济贫，实乃不公！”
“普天之下，莫非王土！皆为朝廷子民，分什么彼此？淮南富庶，正该多出力！” 河北方寸步不让。
很快，争论从汴水税率，蔓延到其他水道，又牵扯出各地物产差异、历史负担、乃至地方官员能力等不相干的话题。来自江南的咨政员抱怨北方漕吏索贿；山东的代表则指责南方商人囤积居奇，哄抬粮价。场面逐渐失控，主持议事的礼部侍郎几次敲击醒木，高声喝止，效果寥寥。最后，还是一位脾气火爆的山东老军官代表，与那位江南商贾代表言语不和，险些上演全武行，被众人死死拉住，会议不欢而散。税率调整的议题，连个像样的讨论都未完成，遑论形成一致意见了。
效率之低下，令人扼腕。一个相对简单的漕运税率调整，争论数日未有结果。而更多涉及面广、利害纠葛深的议题，如“是否放宽对民间开矿的禁令”、“如何处置边境淤滞的互市”、“地方常平仓籴粜细则”等，更是常常陷入无休止的争吵和拖延。各执一词，互不相让，会议往往从早晨开到午后，除了制造一堆噪音和消耗大量茶水点心，几乎难以达成任何有建设性的共识。呈报上去的条陈，要么是相互矛盾的观点罗列，要么是含糊其辞、避重就轻的敷衍之语，让政事堂诸公看得眉头紧锁，徒叹奈何。
比议事混乱更甚的，是咨政员群体内部及其与外界关系的复杂化，以及由此滋生的“争权夺利”之象。
咨政员虽无实权，但“能够面陈圣听”、“可议论国事”的名头，本身就是一种稀缺的政治资本和影响力。很快，各色人等便开始打起了主意。
首先是在咨政员遴选中，钻营请托之风渐起。最初的五十人，大多是狄仁杰、宋璟等人亲自把关，从各地、各业中挑选的“德望”或“明时务”者。但运行一段时间后，这个位置的价值被越来越多的人看清。一些地方豪强、富商巨贾，开始想方设法要将自己或代理人塞进去。他们或走通朝中门路，或贿赂负责推举的地方官员，或利用同乡、同年的关系网络，试图影响下一次咨政员的递补和轮换。勋贵集团中，也出现了分化，有些开明者认真履职，有些则将此视为维护家族特权的又一个阵地，或干脆派些不学无术的子侄来“镀金”，会上要么一言不发，要么胡搅蛮缠。
更有甚者，一些咨政员开始利用这个身份，为自己或背后势力牟利。那位来自河北的致仕官员，在几次关于河北灾后重建款项使用的议事中，不遗余力地为家乡争取，甚至不惜夸大灾情，贬低其他地区的需求，其偏袒之心，昭然若揭。有商贾代表，在议论市舶司条例时，暗中为自己经营的货物品类争取更低的税率，被精于算账的王元宝当场以数据戳穿，闹得灰头土脸。还有个别咨政员，将院内讨论的、本不该外泄的议题或观点，透露给相关利益方，甚至以此收受好处，为人“发声”。虽然尚未有确凿证据，但风言风语已然在洛阳官场和市井间流传。
咨政院内部也开始出现派系分野的苗头。最初的“勋贵”、“官员”、“学者”、“士绅工商”四大类划分，在实际运行中很快被更具体的利益纽带所打破。漕运利益相关的咨政员（无论出身），会在漕运议题上抱团；与边境贸易相关的，会在互市议题上形成默契；出身江南的，往往在涉及江南的议题上同