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时人传唱“王与马，共天下”，生动描绘了琅琊王氏与司马氏皇族平分天下的政治格局，而王敦正是这一格局中军事力量的核心支柱。
东晋建立初期，江南局势并不稳定：北方南迁士族与江东本土士族因土地、资源分配产生尖锐矛盾；地方豪强割据一方，不听朝廷号令；流民起义频发，严重威胁政权安全。
王敦以荆州为基地，先后发动了一系列军事行动，逐一平定了江南的割据势力与叛乱。
首先，王敦率军讨伐不服朝廷管辖的江州刺史华轶。
华轶是北方士族出身，自恃名望，拒绝承认司马睿的东晋政权，拥兵自重。
王敦亲率大军出征，采用“分化瓦解+军事强攻”的策略，一方面拉拢华轶麾下的将领，另一方面集中优势兵力猛攻江州治所武昌，最终斩杀华轶，收复江州，将长江中游的军事要地纳入掌控。
随后，王敦又率军平定了杜弢领导的流民起义。
杜弢是益州流民首领，因不堪东晋官吏的压迫，在湘州发动起义，队伍迅速发展到数万人，先后攻占长沙、武昌等重镇，威胁建康安全。
王敦任命陶侃为前锋都督，自己坐镇后方指挥，采取“围点打援、逐步蚕食”的战术，历经数年苦战，最终彻底镇压了起义，稳定了湘州、荆州的局势。
通过这一系列军事行动，王敦不仅平定了江南的叛乱，更将东晋的疆域扩展到荆、江、扬、湘、交、广六州，建立起以长江为防线的军事屏障，为东晋政权的稳固奠定了坚实的军事基础。
与此同时，他的个人威望也达到了顶峰，成为东晋朝廷中无人能及的军事强人。
随着军事功勋的积累与地盘的扩大，王敦的权势日益膨胀，逐渐超出了晋元帝司马睿的掌控范围。
他在荆州、江州等地自行任免官吏，征收赋税，形成了独立于朝廷的地方割据势力；他大肆安插亲信与琅琊王氏子弟担任要职，朝堂之上，王氏子弟遍布，形成了“王氏子弟皆列卿相”的局面；甚至连东晋的禁军，都有他的亲信渗透，司马睿的一举一动都在他的监视之下。
晋元帝司马睿虽为皇帝，却形同傀儡，对王敦的专权日益不满。
他深知，若任由王敦势力发展，东晋政权终将被琅琊王氏取代。
于是，司马睿暗中扶持刘隗、刁协等寒门出身的大臣，试图通过他们削弱王氏势力：任命刘隗为镇北将军，率军驻守淮阴，以防备王敦；任命刁协为尚书令，执掌中枢政务，推行抑制门阀的政策；同时，司马睿还试图收回王敦的兵权，限制其任免官吏的权力。
司马睿的这些举措，彻底激化了他与王敦之间的矛盾。
王敦自恃拥立之功与军事优势，对司马睿的“削权”行为极为不满，多次上书朝廷，指责刘隗、刁协“谗佞惑主，擅作威福”，要求罢免二人。
但司马睿不为所动，反而进一步加强对王敦的防范。
双方的矛盾从暗中角力逐渐走向公开对立，一场大规模的军事冲突已不可避免。
东晋永昌元年（322年）正月，王敦以“清君侧”为名，在武昌起兵，率领水陆大军顺江而下，直指建康，发动了第一次叛乱。
他在檄文中历数刘隗、刁协的罪状，声称“隗首乱阶，协同恶相济，祸加宗室，毒流士庶”，表示此次起兵的目的是“诛隗翦协，以清王室”，并非针对晋元帝司马睿。
王敦的叛乱，得到了部分门阀士族的暗中支持。
由于司马睿重用刘隗、刁协等寒门大臣，推行抑制门阀的政策，触动了许多士族的利益，他们虽不公开支持王敦叛乱，却采取了观望态度，不愿为朝廷效力。
而王敦麾下的军队，经过多年的训练与征战，战斗力极强，加之他早有准备，粮草充足，因此叛军进展神速，很快便攻占了芜湖、姑孰等重镇，兵临建康城下。
面对王敦的叛军，晋元帝司马睿仓促应战，任命刘隗、刁协率军防守建康，同时征召各地将领率军勤王。
但此时的东晋朝廷，军队战斗力薄弱，且缺乏统一指挥，各地将领要么畏惧王敦的军威，要么持观望态度，勤王军队迟迟未能集结。
刘隗、刁协虽忠心耿耿，却缺乏军事才能，加之麾下士兵多为临时征召，军心涣散，与叛军一触即溃。
叛军攻破建康外城后，王敦放纵士兵劫掠，城内火光冲天，百姓流离失所，一片狼藉。
晋元帝司马睿见大势已去，无奈之下，派人向王敦求和，表示愿意罢免刘隗、刁协，满足其要求。
但王敦并不罢休，继续率军猛攻内城。刘隗、刁协见建康难保，仓皇出逃：刁协在逃亡途中被随从所杀，首级被献给王敦；刘隗则历经艰险，投奔了北方的后赵政权，最终客死他乡。
王敦进入建康后，并未直接废黜晋元帝司马睿，而是以胜利者的姿态掌控了朝政。
他首先诛杀了司