太宁二年五月，王敦果然以“讨伐温峤”为名，再次起兵反叛，命其兄王含为元帅，率军三万南下，直逼建康。
面对来势汹汹的叛军，司马绍展现出了非凡的军事才能与决断力。
他不顾朝臣劝阻，亲率禁军驻守中郡，稳定军心；同时派温峤率军驻守石头城，郗鉴率军从京口驰援，形成夹击之势。
更令人称道的是，为了摸清叛军的虚实，司马绍竟乔装成平民，亲自潜入王敦的军营侦察。
当时王敦正在帐中养病，梦见“日环其城”，醒来后警觉地说：“此必黄须鲜卑奴来也！”（司马绍生母荀氏为鲜卑人，其胡须发黄，故有此称）。
司马绍察觉行踪可能暴露，立即策马返回，途中还故意将马鞭遗落在叛军营地，进一步迷惑敌军。
凭借精准的侦察与周密的部署，司马绍指挥晋军沉着应战。
叛军内部本就矛盾重重，王含不善用兵，加之晋军士气高昂，叛军很快陷入被动。
不久，王敦在军中病逝，叛军群龙无首，迅速溃散。
司马绍乘胜追击，诛杀王含、钱凤等叛军首领，平定了这场持续两年的叛乱，彻底清除了王氏集团的叛乱势力，巩固了东晋的统治。
经此一役，司马绍的威望大增，皇权得到了极大的提升，“王与马，共天下”的格局被打破，门阀势力受到遏制，东晋政权逐渐走向稳定。
平定王敦叛乱后，司马绍并未沉溺于胜利，而是迅速将精力投入到治国理政之中，推行了一系列旨在恢复生产、稳定社会、加强中央集权的措施。
在经济上，经历了多年战乱，江南地区的农业生产遭到严重破坏，流民遍地，民生凋敝。
司马绍下令减免赋税，安抚流民，鼓励农民开垦荒地，同时兴修水利，改善农业生产条件。
他还注重减轻百姓负担，禁止地方官员横征暴敛，使得江南地区的经济逐渐得到恢复，社会秩序趋于稳定。
在政治上，司马绍吸取了西晋灭亡与王敦叛乱的教训，着力加强中央集权。
他一方面继续重用王导、温峤、郗鉴等贤能大臣，充分发挥他们的才干，同时平衡各方门阀势力，既不刻意打压门阀，也不允许其过度专权；另一方面，他重视宗室力量，封其弟司马昱为琅邪王，让其参与朝政，以增强皇权的根基。
此外，司马绍还整顿吏治，严惩贪官污吏，选拔有才能的寒门子弟入朝为官，打破了士族对仕途的垄断，为东晋的政治注入了新的活力。
在军事上，司马绍深知北方胡族政权是东晋的最大威胁，因此十分重视边防建设。
他任命郗鉴、庾亮等人为边将，加强长江沿线的防御，同时训练禁军，提升军队的战斗力。
针对北方流民武装，司马绍采取“抚纳”政策，将其改编为正规军，既解决了流民的安置问题，又增强了东晋的军事力量，为日后抵御胡族南下奠定了基础。
司马绍不仅是一位有作为的君主，还是一位颇具文化修养的统治者。
他自幼博览群书，精通经史，擅长书法、绘画，其书法作品“遒劲有力，颇具魏晋风骨”，被后世书法家所称道。
他重视文化教育，下令修缮太学，招收学子，推广儒学，以传承华夏文明。
在他的倡导下，江南地区的文化逐渐复苏，玄学、文学、艺术等领域均有长足发展，为“魏晋风度”的延续与发展做出了贡献。
然而，天不假年，这位才华横溢、颇有作为的年轻皇帝，却在事业蒸蒸日上之时，不幸染病。
太宁三年（公元325年）闰八月，司马绍病重，临终前，他召集王导、温峤、郗鉴等大臣，托付后事，立其子司马衍为皇太子，命诸大臣辅政。
他告诫诸臣：“吾少遭多难，赖诸卿之力，克平祸乱，安社稷。今吾将去，太子幼弱，望诸卿尽心辅佐，勿负朕望，勿使晋室复遭倾覆。”
言毕，崩于建康宫中，年仅二十七岁，在位仅三年。
谥号“明皇帝”，庙号“肃祖”，葬于武平陵。
司马绍的一生，虽短暂却璀璨。
他生于乱世，年少聪慧，隐忍负重，即位后迅速平定叛乱，巩固皇权，整顿吏治，恢复生产，加强边防，为东晋政权的稳固与发展奠定了坚实的基础。
他以过人的胆识、卓越的才能与开阔的格局，打破了门阀专权的僵局，让濒临危亡的东晋王朝焕发出新的生机。
他的“日近长安远”之语，尽显家国情怀；他乔装侦察叛军的壮举，彰显了英武之气；他平衡各方势力、推行仁政的举措，展现了治国智慧。
后世对于晋明帝司马绍给予了高度赞誉和肯定。
《晋书·明帝纪》这样写道：“皇帝陛下天资聪颖且处事果敢决断，尤其擅长洞察事物本质规律。当时正值战乱频繁、饥荒肆虐之际，百姓死亡和疫病流行导致人口锐减过半，国家空虚破败到极致，局势艰难危险至极。此时，权臣王敦依