此时的灵山城已热闹起来，足利义藤以幕府将军名义发布檄文，斥责三好长庆专权乱政、犯上作乱，号召近畿出兵相助。细川晴元很快率丹波武士赶来，两人在灵山城本阵会面，表面上一派君臣同心的景象。
“细川大人，眼下三好家主力仍在摄津，我们可先攻其控制下的小泉城，试探其虚实。”足利义藤指着地图上的小泉城，眼中满是期待，“拿下此城，既能振奋士气，也能切断三好家在京都的前哨点。”
细川晴元躬身应诺，心中却另有算计。他深知，小泉城虽小，却有三好家精锐驻守，若强行进攻，自己的丹波武士必然损失惨重。他之所以联合足利义藤，不过是想借将军名义削弱三好长庆，而非真为幕府卖命。
因此，当细川军抵达小泉城下时，只是象征性发起几次进攻，便以“城防坚固，需待援军” 为由，停滞不前。足利义藤在灵山城得知消息，急得如热锅上的蚂蚁，多次派人催促细川晴元进攻，却都被理由搪塞。
足利义藤此时才隐约察觉，自己或许又一次被利用了，但箭已在弦上，只能硬着头皮走下去。三好长庆的大军很快便抵达京都外围，这位近畿霸主此次带来了足足两万五千兵力，如此庞大的兵力远远超出了足利义藤与细川晴元的预料。
“将军殿下，三好长庆的大军已至灵山城西南，不出半日便能抵达！”斥候的禀报，让灵山城的气氛瞬间凝固。足利义藤急忙召集细川晴元商议对策，却发现细川晴元正忙着清点自己的队伍，丝毫没有备战的意思。
“细川大人，此时正是联手抗敌之时，为何如此镇定？”足利义藤的声音带着质问。
细川晴元却避重就轻：“将军殿下，三好军势大，硬拼恐难取胜，不如暂退船冈山，那里地势险要，易守难攻。”他嘴上说着退往船冈山，实则早已做好了随时逃遁的准备。足利义藤还想争辩，城外已传来震天的喊杀声。
三好长庆已经下令发起进攻。灵山城本就不是坚固的要塞，守军仅有足利义藤的三百奉公众与细川晴元的数千武士，面对两万五千三好军的猛攻，根本不堪一击。三好长逸亲自率军突破，踩着云梯爬上城墙，与幕府奉公众展开白刃战。
奉公众虽奋勇抵抗，却因人数悬殊，很快便倒在血泊中。足利义藤站在本阵高台上，看着城下密密麻麻的三好军，心中涌起一股绝望。“将军殿下，快撤吧！灵山城守不住了！”身边的近侍拉着他的衣袖，催促道。
足利义藤回头望了一眼燃烧的城楼，那是他试图重振幕府的象征，如今却成了三好军的战利品。他咬了咬牙，在近侍的保护下，从小路突围向船冈山方向逃去。身后，灵山城的火光冲天，喊杀声渐渐平息，只剩下三好军庆祝胜利的欢呼。
三好长庆率军进入灵山城，看着被烧毁的幕府旗帜，脸上没有丝毫笑意。“久秀，派人去船冈山，告知足利义藤。若他肯投降，一切如旧；若执意抵抗，后果自负，也许我会让幕府彻底覆灭，也说不定。”他的语气平淡，却带着不容置疑的威严。
足利义藤逃至船冈山，这座位于京都西北的小山，因地势陡峭易守难攻，被他视为最后一搏的希望。他收拢了逃亡而来的百余名奉公众，又派人催促细川晴元率军前来会合，准备在此与三好长庆展开决战。
细川晴元虽如约而至，却始终与足利义藤保持距离。当他站在船冈山的山顶，远远望见三好军的旗帜如潮水般向山下涌来时，心中的最后一丝犹豫也消失了。他想起了父亲细川澄元当年出卖细川政贤的往事，在自保与忠诚之间，毫不犹豫的选择了前者。
“大人，三好军势大，还是撤吧！”细川晴元的家老在一旁劝道。
细川晴元点了点头，没有丝毫留恋，当即下令：“全军调转方向，向近江国撤退！”他甚至没有派人告知足利义藤，便带着自己的数千武士，头也不回的奔逃而去。
足利义藤此时正在阵前发表动员讲话，他手持太刀，声嘶力竭的喊道：“诸位，船冈山是我们最后的阵地！身后是幕府的荣耀，身前是叛逆的贼寇，今日我们拼死一战，定能……”
话音未落，便有近侍慌张地跑来：“将军殿下！不好了！细川大人逃遁了！”
足利义藤猛地回头，顺着近侍手指的方向望去，只见远处的烟尘中，细川军的旗帜正快速向东移动，那是近江国的方向。他如遭雷击，手中太刀哐当一声掉在地上，脸上血色尽失。“细川晴元…… 竟然又背叛了我！”他想起了伊势贞孝此前的劝告，想起了自己一次次的摇摆不定，心中充满了无尽的悔恨。
“将军殿下，细川军逃了，我们也快撤吧！”近侍们纷纷劝道。
足利义藤看着身边仅剩的两百余名奉公众，他们的脸上满是恐惧迷茫。他知道，没有细川军的支援，仅凭这两百人，根本无法抵挡三好军的进攻。“撤……我们也向近江逃！”他艰难的吐出这几个字，转身登上战马，向近江国的方向逃去。
幕府臣属们