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第七班
第二轮是生存试练，在死亡森林内与其他考生争夺用来晋级的“天之卷轴”和“地之卷轴”。第七班途中遇上伪装成草忍考生、已叛离木叶的大蛇丸。佐助对大蛇丸所召唤的大蛇一度畏惧，故鸣人一反之前，反过来以激将法使佐助振作起来。佐助终以巧妙的身手zhì fú大蛇丸，却被大蛇丸在其膊上留下天之咒印，痛极昏过去。鸣人亦中大蛇丸的五行封印，九尾力量被封印起来并昏过去。樱只得自行照顾佐助及鸣人。【32】鸣人、佐助苏醒过后，三人又继续考试，但考试时限将至，始终仍欠缺所需卷轴。幸得之前认识的药师兜指点，击败三名雨忍成功夺取卷轴过关。【33】
第三场考试分预赛及淘汰赛。鸣人的预赛对手是犬冢牙和赤丸。牙的秘术一度使鸣人处于下风；但鸣人却使巧计令牙误伤赤丸，又因突然放了一个屁，严重影响牙的攻击能力，被鸣人自创的鸣人连弹所败。【34】进入淘汰赛，鸣人遇上有“天才”之称的日向宁次，被宁次的攻击封印穴道而使不出任何查克拉，但因试前得到“三忍”之一的自来也所指点，释放九尾的查克拉击败宁次，获全场欢呼。【35】
就在考试步近尾声之时，砂忍及音忍突然发动袭击，因佐助急于追赶自己的对手我爱罗，卡卡西便命令鸣人、樱及鹿丸务必阻止佐助胡乱行动。鸣人追上佐助，却发现正在与佐助对战的我爱罗已变成守鹤，还把樱给捕捉起来。鸣人撇开恐惧与我爱罗交战并将其压制，及后我爱罗进一步化成完全体的“砂之守鹤”，鸣人亦召唤出蛤蟆文太，再组合变身为九尾妖狐，控制住守鹤。鸣人把正沉入睡眠中的我爱罗撞醒，守鹤力量被压制起来。【36】最后，鸣人一拳痛击我爱罗，使其动弹不得，成为当时唯一打败我爱罗的忍者。樱及佐助获救，我爱罗亦被手鞠、勘九郎护送离开。
他们回到木叶后，却收到三代火影在与大蛇丸的对决中牺牲的噩耗。【4】
三忍决战
三代火影去世，火影的位置空着；而卡卡西在对付突然来犯的“晓”成员——宇智波鼬时中了其幻术，身心备受折磨而需长期待在医院；而佐助亦为鼬所伤。故此自来也决定带同鸣人，前往寻找深谙医术、“三忍”之一的纲手。此行目的除了请其为卡卡西及佐助治疗，亦打算邀请她回来担任火影一职。此行途中，自来也顺道教鸣人新忍术——由四代火影自创，无需结印的“螺旋丸”。【37】后在短册街酒馆内偶然遇上纲手及其助手静音，但纲手对鸣人成为火影的梦想冷嘲热讽，使鸣人感到不满。喜欢赌博的纲手亦跟鸣人打赌，如果对方能在限期内习得螺旋丸，便把颈上属于初代遗物的项链送给他。不久大蛇丸找到纲手，欲利诱她为其治疗被三代所废的双手，却不成功；于是大蛇丸决定采取强硬手段。但鸣人同时被兜伤及内脏，所幸没有生命危险。纲手见鸣人这样保护自己既感激他，又为他短时间内学会螺旋丸而惊讶，决定重新振作，克服对血的心理障碍，跟大蛇丸一战。传说“三忍”自来也、纲手与大蛇丸展开对战，又分别召出各自的通灵兽，大蛇丸败在力量型的纲手之下。大蛇丸见势不对，与兜一同离去。三忍之战告终，纲手终为鸣人所动，决定返归木叶担任火影，又按约定把初代的项链送给鸣人，把一切的寄望都托付在鸣人身上。【7】经过前次的任务，佐助深感自己的力量不足，而心生嫉妒，欲追求更强大的力量，以向兄长鼬报仇。此时大蛇丸的部下“音忍四人众”来到木叶，劝诱佐助投诚音隐，佐助亦为所动而准备叛离木叶，临行前把前来劝告的樱打晕。木叶虽收到佐助叛离的情报，但因之前受到砂忍及音忍的攻击，百废待兴，只能派鸣人、鹿丸等人前去追捕，临行前，鸣人与樱