两队人马分道扬镳。林凡小组利用夜色掩护，向铁鹰总部方向前进。
铁鹰总部位于一个改造过的军事基地，防卫森严。但凭借林凡的记忆和对铁鹰系统的了解，他们找到了一个被遗忘的应急通道——那是早期为应对政变准备的秘密路径。
通道内布满灰尘，显然多年无人使用。但走了一段后，林凡突然举手示意停止。
“有人最近来过，”他指着地上几乎不可见的脚印，“不是我们的人。”
警惕性提到最高。小组缓慢前进，终于来到通道尽头——一扇厚重的安全门。门上有明显的暴力破坏痕迹，锁具已被熔毁。
林凡心中升起不祥预感。他小心推开门，眼前的景象令人震惊：禁闭室内一片狼藉，显然经历过激烈打斗；墙上溅满血迹；将军不在其中。
“我们来晚了？”一名队员低声问。
林凡检查现场：“打斗痕迹很新，不超过两小时。看这里——”他指着地面一道拖拽痕迹，“有人受伤被拖走了。”
顺着痕迹，他们来到一个隐蔽的升降梯。电梯需要特定权限才能启动，但小雅成功破解了系统。
“电梯通往...地下五层？”小雅疑惑，“官方地图只显示到地下三层。”
林凡想起记忆中的信息：“铁鹰有秘密层级，用于进行黑色行动研究。看来将军被带到了那里。”
电梯下降过程中，林凡感到系统突然活跃起来：
【检测到高浓度灵能环境】
【隐藏协议：研究日志访问权限激活】
【是否查看？】
林凡选择查看。大量研究数据涌入脑海，揭示出另一个惊人真相：铁鹰早在灾变前就在研究灵源能量，甚至比方舟计划更早！将军不仅是军事领袖，更是研究的核心推动者。
而马库斯，原本是将军最信任的副手，但在接触灵源能量后逐渐变得激进，认为应该“主动进化”而非“谨慎研究”。
“所以内斗早已注定，”林凡喃喃道，“理念分歧。”
电梯到达地下五层。门开瞬间，一股浓重的血腥味扑面而来！走廊里倒着数具尸体，都是铁鹰士兵，死状凄惨。
“是清洁工的手笔，”林凡检查伤口，“马库斯动用了私人部队。”
他们谨慎前进，来到一个实验室外。透过观察窗，看到令人毛骨悚然的一幕：将军被绑在手术台上，多个设备正从他体内抽取血液和基因样本；马库斯站在旁边，正与一个全息投影交谈——那是方舟的艾琳娜！
“...样本足够复制了，”马库斯说，“只要结合林凡的基因钥匙，我们就能创造新的管理员，不需要那个不稳定的原型了。”
艾琳娜冷漠回应：“方舟只要结果。三小时内交付样本，否则协议作废。”
投影消失。马库斯转向将军：“听见了吗？新时代不需要老古董了。”
将军虚弱却轻蔑地笑了：“你以为方舟真会与你平起平坐？你只是他们的工具，用完即弃。”
马库斯暴怒地掐住将军脖子：“至少我能活到新时代！而你...”
突然，警报大作！林凡小组被发现了！
“解决他们！”马库斯对清洁工部队下令，自己则带着样本迅速撤离。
激烈交火再次展开。林凡四人面对数倍于己的敌人，且场地狭窄，极为不利。
“必须拿到那些样本！”林凡下定决心，“不能让他们复制管理员！”
借助对地形的熟悉，林凡和小雅迂回包抄，终于闯入实验室。罗格和另一队员在外面拖住敌人。
将军已奄奄一息，但看到林凡时眼睛一亮：“你...终于来了。记住...不要相信任何...”话未说完便昏死过去。
林凡来不及多想，迅速收集散落的样本和数据。就在这时，他注意到一个奇怪现象：所有样本都在迅速降解，仿佛缺少某种“稳定剂”。
“样本需要活体保持，”小雅判断，“必须追上马库斯！”
他们冲出实验室，但马库斯早已不见踪影。清洁工部队接到命令，开始不计代价地阻拦他们。
就在陷入苦战时，林凡突然感到怀中那个“将军的信物”在发烫！他取出装置，发现它正在发出某种信号。
更惊人的是，所有清洁工机器人接收到信号后，突然停止行动，眼中红光转为蓝光，然后齐声说：
“权限确认。夜莺协议激活。听从您的命令，林凡先生。”
局势瞬间逆转！马库斯显然不知道，将军早已在清洁工系统中埋下了后门程序！
林凡立即下令：“追踪马库斯！阻止他离开基地！”
清洁工部队立即执行，如潮水般涌向出口。林凡小组紧随其后。
基地内部陷入混乱。马库斯的忠诚部队与倒戈的清洁工激烈交火，给了林凡可乘之机。
终于，他们在停机坪追上马库