军纪肃查”更是直接要动他们盘根错节的利益网络！这无异于温水煮青蛙，一步步架空他们的实权！
慕容烈当场摔了茶杯，怒骂叶深“黄口小儿，欺人太甚”，并连夜上书朝廷，列举叶深“年少德薄”、“越权擅专”、“离间将士”、“动摇边防”等“十宗罪”，请求皇帝收回成命，严惩叶深。南宫望则相对含蓄，但措辞同样强硬，以“边防重地，不可轻动”、“将士恐生疑虑，有损战力”为由，婉拒“轮战”，并对“军纪肃查”表示“恐扰军心，需从长计议”。
朝堂之上，支持慕容、南宫的文武官员也不在少数，尤其是一些与两家利益关联密切的世家代言人，更是鼓噪不休，一时间，弹劾叶深“跋扈”、“乱政”的奏章，几乎堆满了皇帝的御案。
然而，叶深的反应，却出乎所有人的预料。
他没有愤怒驳斥，也没有上表自辩，甚至没有在朝堂上公开与慕容烈、南宫望交锋。他只是做了一件事——将《整军令》的副本，以及慕容烈、南宫望的“抗命”奏章，还有朝中那些弹劾他的主要言论，整理成册，附上一份措辞平实、逻辑清晰的说明，然后派人，分别送到了离火仙宫赤凰仙子、澜沧剑宗澜沧真人、以及内阁首辅、吏部尚书等几位在朝中素有清望、且相对中立的重臣案头。
说明中，叶深并未指责慕容、南宫，只是客观陈述了《整军令》的初衷——整合力量，对抗异族，提升三军战力。然后，他提出了几个问题：
一、异族势大，枯寂海前线压力与日俱增，若三境边军依旧各自为战，旧习不改，战力参差，一旦异族突破枯寂海，或从其他方向大举入侵，谁能保证各防区能有效联动，阻敌于国门之外？
二、“轮战整训”，让边军精锐体验最残酷的战场，学习最有效的战法，提升的是整个风雷界军队的战力，受益的是三境边防，为何有人视若猛虎，百般推诿？是个别将领私心作祟，罔顾大局，还是其麾下军队，确实有见不得光、怕被查验之处？
三、镇魔军资源，来自朝廷与三大派倾力支持，用于抗魔。按功分配，透明公开，有何不妥？难道继续如以往般，任由某些人上下其手，中饱私囊，而让前线将士缺衣少食，法宝陈旧，才是正理？
四、军纪乃军队生命线。肃查积弊，整顿纲纪，清除蠹虫，提升战力，净化队伍，此乃强军之本。反对者，是自身清廉，无畏核查，还是心中有鬼，怕被掀了盖子？
这几个问题，个个诛心，直指要害。他没有攻击慕容烈、南宫望个人，而是将矛盾引向了“抗魔大局”与“军队战力”这个不容辩驳的大义之上，同时暗示了边军中可能存在的**与弊端。
这份说明，配合《整军令》的具体条款，被赤凰仙子、澜沧真人等人在适当的场合，“不经意”地透露出来，顿时在朝野引起了更大的波澜。支持叶深的声音开始出现并壮大，尤其是一些清流文官、中小门派、以及真正关心边防的将领，开始公开为叶深辩护，认为《整军令》切中时弊，是强军良策，慕容烈、南宫望等人阻挠，是为一己私利，不顾大局。
更关键的是，皇帝的态度。在最初几日的沉默后，皇帝在一次内阁会议上，面对再次争吵不休的众臣，只淡淡说了一句：“叶爱卿的《整军令》，朕看过了。初衷是好的，是为了抗魔大业。具体条款，或有可商榷之处，但大方向没错。慕容爱卿、南宫爱卿，乃是国之柱石，当以大局为重。兵部、内阁，会同镇国公府，好好议一议，拿出个稳妥的章程来。朕只要结果——军队战力要提升，异族要能挡住。”
这话看似和稀泥，实则偏向明显。皇帝肯定了叶深的初衷和《整军令》的大方向，等于给此事定了性。所谓“或有可商榷之处”、“好好议一议”，不过是给慕容烈、南宫望一个台阶下。而“朕只要结果”这句话，更是表明了皇帝的底线——你们怎么争我不管，但军队必须能打，异族必须能防。
有了皇帝这近乎明确的表态，加上三大派（尤其是离火仙宫和澜沧剑宗的明确支持），以及朝野间逐渐占据上风的支持叶深的舆论，慕容烈和南宫望的压力陡增。他们可以不在乎叶深，甚至可以在一定程度上对抗朝廷的文官系统，但他们不能公开对抗皇帝的意志，更不能与“抗魔大局”这面大旗公然为敌，那会让他们失去所有的道义支持。
最终，在兵部尚书陈文远（或许也得到了皇帝的暗中授意）的亲自斡旋下，慕容烈和南宫望不得不做出让步。同意试行“轮战整训”，但规模缩减为每军半成（5%），且轮战将士可自愿报名，不强征；同意接受“军纪巡查”，但巡查人员需有兵部、当地镇守使及镇国公府三方共同派出，以示公正；对战时指挥权，勉强承认，但要求镇国公府的重大军事行动，需提前“知会”他们。
叶深对此结果，表示了“尊重和理解”，并立刻以镇国公府名义，向兵部报备了第一批“轮战整训”的详细章程、待遇保障及功赏细则，并派出了以苏映雪为首的、精干且专业的协调小组，前往北境和西境，与两地镇守使衙门具体对接。同时，从镇魔军中抽调部分经历过战火、熟悉新式战法的中下层军官，组成“督训教导队”，随轮战边军一同返回原部队，负责“经
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