10高昌王麴文泰听说唐朝发兵，对他的国人说：“唐朝距离我们七千里，其中二千里是沙漠，地无水草，寒风像刀，热风像火，怎么能派大部队来呢！从前我入朝，（胡三省注：入朝见一百九十三卷四年。）看到秦、陇以北，城邑萧条，比不上隋朝的时候。如今来讨伐我们，发兵多则粮草运输跟不上；三万以下，我们的力量能制服他们。应当以逸待劳，坐等着他们疲惫。如果他们在城下驻扎，不过二十天，粮食吃完必定撤退，然后我们追击俘虏他们。有什么可担心的！”等到听说唐朝军队已到沙漠入口，忧虑恐惧，不知所措，发病去世，儿子麴智盛继位。
唐朝军队到达柳谷，（胡三省注：《新唐书·地理志》记载：西州交河县向北行二百一十里到柳谷渡。）侦察兵说麴文泰将在近日下葬，国人都聚集在那里，各位将领请求袭击，侯君集说：“不行，天子因为高昌无礼，所以派我们讨伐，如今在坟墓之间袭击他们，不是问罪之师。”于是擂鼓进军，到达田城，（考异说：《实录》写作“田地城”，现在依从《旧传》。按田城就是田地城。麴嘉统治高昌时，设置田地太守，封他的两个儿子，一个为交河公，一个为田地公。《新唐书》说：田地城就是汉戊己校尉的治所。宋白说：西州高昌县原本是晋田地县地。《舆地志》说：晋咸和二年，设置高昌郡，建立田地县，唐改为高昌县。）劝降，田城不投降，次日清晨进攻，到中午攻克，俘虏男女七千多人。任命中郎将辛獠儿为先锋，夜里，奔赴高昌都城，高昌出兵迎战失败；大部队随后到达，抵达城下。
麴智盛给侯君集写信说：“得罪天子的是先王，上天的惩罚降临，他已经去世。我继位不久，希望尚书怜悯体察！”侯君集回信说：“如果能悔过，就应当捆住自己到军营来。”麴智盛还是不出来。侯君集命令填壕沟攻城，飞石如雨，城中人都躲在屋里。又造巢车，高十丈，俯瞰城中。（胡三省注：《左传》记载：楚子登上巢车观望晋军。《释文》说：巢车是高如鸟巢的兵车，用来观望敌人。杜预说：车上设有了望楼。）有行人及被飞石击中的，都大声报告。起初，麴文泰与西突厥可汗结盟，（考异说：《旧传》说：“与欲谷设约定。”按欲谷设去年已经败死。现在不采用。）约定有急难时互相援助；可汗派遣他的叶护驻扎在可汗浮图城，（胡三省注：叶护是突厥的高官，为大臣之首。从交河城到浮图城三百七十里。）为麴文泰声援。等到侯君集到达，可汗害怕，向西逃走一千多里，叶护献出城池投降。麴智盛处境困窘，癸酉日，开门出城投降。高昌从麴嘉建国，传九代，一百三十四年而灭亡。侯君集分兵夺取土地，攻克二十二座城，有八千零四十六户，一万七千七百人，（考异说：《旧传》记载“户八千，口三万七千七百”，现在依从《实录》。）土地东西八百里，南北五百里。
太宗想把高昌改为州县，魏徵劝谏说：“陛下刚即位时，麴文泰夫妇首先来朝见，（胡三省注：麴文泰入朝见四年。）后来逐渐骄横，所以加以诛杀。惩罚到麴文泰为止就可以了，应当安抚他的百姓，保存他的国家，重新立他的儿子，那么威望恩德就会传播到远方，四夷都会心悦诚服。如今如果贪图他的土地设置州县，就需要常年一千多人驻守，几年更换一次，往来死亡的人有十分之三四，供应衣物物资，离别亲人，十年之后，陇右就会空虚耗费了。陛下最终得不到高昌的一粒粟、一尺帛来补助中原，这就是所谓的分散有用的来从事无用的，我没看出可行之处。”太宗不听，九月，把高昌地改为西州，把可汗浮图城改为庭州，（胡三省注：西州治所在高昌县，是汉车师前王庭。庭州治所在金满县，是汉车师后王庭。宋白说：二州相距四百五十里。）各自设置属县。乙卯日，在交河城（今新疆吐鲁番西北）设置安西都护府，留下军队驻守。
侯君集俘虏高昌王麴智盛及他的大臣豪杰返回。于是唐朝的疆域东边到大海，西边到焉耆，南边到林邑（今越南中部），北边到大漠，都设置州县，总共东西九千五百一十里，南北一万九百一十八里。
侯君集讨伐高昌时，派遣使者约焉耆与他合力，焉耆很高兴，听从命令。等到高昌被攻克，焉耆王到军营拜见侯君集，并且说焉耆三座城先前被高昌夺取，侯君集上奏把高昌掳掠的焉耆百姓全部归还。（胡三省注：高昌掳掠焉耆见六年。）
11冬季，十月，甲戌日，荆王李元景等再次上表请求封禅，太宗不允许。
12起初，陈仓折冲都尉鲁宁因事入狱，自恃级别高，辱骂陈仓尉尉氏人刘仁轨，刘仁轨用杖打死他。州官上报。太宗发怒，命令斩杀刘仁轨，怒气还没消，说：“什么县尉，敢杀我的折冲都尉！”