自从长史元岩去世后（胡三省注：《隋书·元岩传》记载开皇十三年元岩去世），杨秀逐渐奢侈越轨，造浑天仪，抓很多山獠做宦官，车马服饰模仿皇帝。
到太子杨勇因谗言被废，晋王杨广立为太子，杨秀心中不满。太子怕杨秀终成后患，暗中让杨素找他的罪状诋毁。文帝于是征召杨秀，杨秀犹豫，想称病不去。总管司源师劝谏，杨秀变脸说：“这是我家事，与你何干！”源师流泪说：“臣有幸参与府中事务，怎敢不尽忠！圣上有敕令召王，已拖延很久，百姓不知王心，若生异议，内外猜疑，圣上发雷霆之怒，派使者前来，王如何自证？望王三思！”朝廷怕杨秀生变，戊子日，任命原州（今宁夏固原）总管独孤楷为益州总管，飞驰取代他（胡三省注：平凉郡置原州）。独孤楷到后，杨秀还不肯走；独孤楷劝说很久，才上路。独孤楷察觉杨秀有悔意，于是领兵防备；杨秀走了四十多里，想返回袭击独孤楷，侦察到有防备，才作罢。
5 八月，甲子日，皇后独孤氏去世。太子对文帝和宫人痛哭欲绝，像不能承受丧事的样子；但在自己房里，饮食说笑如平常。又，每天表面上只进二溢米（胡三省注：二十两为溢），却私下让人取肥肉、肉干、鱼酱，放在竹筒里，用蜡封口，裹在衣布里带入。
着作郎王劭上书：“佛说：‘人应生天上及无量寿国时，天佛放大光明，以香花妓乐迎接。’大行皇后福善的祥瑞，各种秘记都称是妙善菩萨（胡三省注：《释典》说菩是普，萨是济，菩萨意为能普济众生）。臣查八月二十二日，仁寿宫内再降金银花；二十三日，大宝殿（胡三省注：在仁寿宫中寝殿）后夜有神光；二十四日卯时，永安宫北有各种自然音乐，响彻虚空；到夜五更，安然如睡，于是升天，与经文所说全符。”文帝看后又悲又喜。
6 九月，丙戌日，文帝从仁寿宫返回长安。
7 冬季，十月，癸丑日，任命工部尚书杨达为纳言。杨达是杨雄的弟弟。
8 闰月，甲申日，诏杨素、苏威与吏部尚书牛弘等修订五礼（吉、凶、军、宾、嘉礼）。
9 文帝令上仪同三司萧吉为皇后选葬地，找到吉地，说：“占卜得二千年，占卜得二百世。”文帝说：“吉凶由人，不在地方。高纬葬父，难道没占卜吗！不久国家就亡。就像我家墓田，若说不吉，我不该当皇帝；若说不凶，我弟弟不该战死（胡三省注：文帝弟杨整随周武帝伐齐，在并州战死）。”但最终还是听了萧吉的话。萧吉退下后，对族人萧平仲说：“皇太子派宇文左率（胡三省注：宇文述当时任左卫率）深切感谢我，说：‘您之前说我会当太子，果然应验，我不会忘。如今占卜山陵，务必让我早继位。我继位后，必以富贵相报。’我对他说：‘四年后，太子当政。’若太子掌权，隋恐怕要亡！我之前骗他说‘占卜得二千年’是指‘三十’字（胡三省注：‘二千’合为‘三十’）；‘占卜得二百世’是指传二世。你记住！”
壬寅日，葬文献皇后于太陵。下诏“杨素经办葬事，勤求吉地，论他的心意，极其诚孝，难道能和平定战乱相比！可另封他一子为义康郡公（胡三省注：《隋志》高凉郡杜原县旧有宋康郡，平陈后改义康郡），食邑万户。”并赐田三十顷，绢万段，米万石，金珠绫锦数量相当。
10 蜀王杨秀到长安，文帝见他，不说话；第二天，派使者严厉责备。杨秀谢罪，太子和诸王在庭中流泪请罪。文帝说：“前些时秦王浪费财物，我以父道教训他。如今杨秀祸害百姓，当以君道制裁。”
于是交执法部门处理。开府仪同三司庆整劝谏：“庶人杨勇已废，秦王已死，陛下儿子不多，何必这样！蜀王性格耿直，现在受重责，恐怕不能自保。”文帝大怒，想割他的舌头，对群臣说：“该斩杨秀于市向百姓谢罪。”令杨素等人审理。
太子暗中做木偶，捆手钉心，加上枷锁镣铐，写上文帝和汉王的姓名，还写“请西岳慈父圣母神兵收杨坚、杨谅神魂，如此形状，勿令散荡”，秘密埋在华山下；杨素挖出，又说杨秀伪造图谶，称京师有妖异，造蜀地祥瑞；还写檄文说“指日问罪”，放在杨秀的文集里（胡三省注：《隋志》说别集始于汉东京，文人各聚作品成书），都奏报文帝。文帝说：“天下竟有这种事！”十二月，癸巳日，废杨秀为庶人，幽禁在内侍省，不许和妻儿见面，只留两名獠婢使唤，连坐的有一百多人。杨秀上表谢罪：“愿陛下慈悲，赐我怜悯，在残息未尽时，希望与瓜子（他的爱子）相见；请赐一墓穴，让骸骨有归宿。”文帝于是下诏数落他十条罪状，还说：“我不知道杨坚、杨谅