刘裕在江陵，辅国将军王诞告诉刘裕请求先回去，刘裕说：“诸葛长民似乎有疑心，你怎能就去！”王诞说：“长民知道我受公重视，现在轻身回去，必定认为没有事，这样可以稍微安定他的心意。”刘裕笑着说：“你的勇气超过孟贲、夏育了。”于是允许他先回。
20沮渠蒙逊登上河西王位，（胡三省注：沮渠蒙逊是临松卢水胡人，他的祖先世代为匈奴左沮渠，于是以官为姓。）大赦境内，改年号为玄始，设置官僚如同凉王吕光为三河王时的旧例。（胡三省注：吕光称三河王，见一百七卷孝武帝太元十四年。）
21太尉刘裕谋划讨伐蜀地，选择统帅却难以找到合适的人。因西阳太守朱龄石既有军事才能，又熟悉吏事，想用他。众人都认为朱龄石资历名望还浅，难以担当重任；刘裕不听。十二月，任命朱龄石为益州刺史，率领宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟等讨伐蜀地，分给大军的一半二万人配属给他。臧熹是刘裕的妻弟，职位在朱龄石之上，也隶属他。
刘裕与朱龄石秘密谋划进军路线，说：“刘敬宣往年从黄虎出兵，无功而退。（胡三省注：事见一百一十四卷义熙四年。）贼军认为我们现在应从外水（岷江）前往，而预料我们会出其不意仍从内水（涪江）来。（胡三省注：庾仲雍说：巴郡江州县对着二水口，右边是涪江，为内水；左边是岷江，为外水。）这样，必定以重兵守涪城（今四川绵阳东）防备内水。如果前往黄虎，正落入他们的计策。现在以大军从外水取成都，以疑兵出内水，这是制敌的奇计。”而担心这个消息先传出去，贼军探明虚实。另外有密封的书信交给朱龄石，在信封边上写：“到白帝（今重庆奉节东）才打开。”各路军队虽然进军，不知道部署的缘由。
毛修之坚决请求前往；刘裕担心毛修之到蜀地，必定多有诛杀，当地人与毛氏有嫌怨，也会拼死固守，不允许。（胡三省注：因为毛璩全家被蜀人所杀。）
22分割荆州十郡设置湘州。（胡三省注：晋成帝咸和三年，撤销湘州并入荆州，现在重新设置。）
23加授太尉刘裕为太傅、扬州牧。
24丁巳日（二十四日），北魏主拓跋嗣向北巡视，到长城后返回。（胡三省注：秦所筑的长城。）
义熙九年（癸丑年，公元413年）
1春季，二月，庚戌日（十七日），北魏主拓跋嗣到高柳川（今山西阳高北）；甲寅日（二十一日），回宫。
2太尉刘裕从江陵向东返回，陆续派遣辎重车辆兼程而下，提前确定到达日期，却常常停留不进。诸葛长民与公卿连日在新亭（今江苏南京江宁南）等候，总是错过日期。乙丑日（三月三十日），刘裕乘轻船径直前进，暗中进入东府（今江苏南京江宁东）。（胡三省注：刘穆之、何承天所担心的，刘裕已心中有数。）三月，丙寅朔日（初一）清晨，诸葛长民听说后，惊慌地赶到门口。刘裕在帐幕中埋伏壮士丁旿，（胡三省注：旿，阮古翻。）带诸葛长民屏退他人谈话，把平生没说尽的话都说了。诸葛长民很高兴。丁旿从帐幕后出来，在座位上拉杀诸葛长民，用车载尸体交付廷尉。收捕他的弟弟诸葛黎民，诸葛黎民一向勇猛，格斗而死。连同杀死他的小弟弟大司马参军诸葛幼民、堂弟宁朔将军诸葛秀之。
3庚午日（初五），后秦王姚兴派遣使者到北魏修好。
4太尉刘裕上奏说：“大司马桓温认为‘百姓没有固定的籍贯，对治理危害很大’，制定《庚戌制》实行土断来统一管理；（胡三省注：《庚戌制》见一百一卷哀帝兴宁二年。）当时财富丰足，国家富裕，实在由此而来。从那以后到现在，逐渐废弛，请重申以前的制度。”于是按地界实行土断，只有徐、兖、青三州居住在晋陵（今江苏常州）的人，不在土断之列；（胡三省注：徐、青、兖三州都督治所都在晋陵，所以难以土断。断，丁乱翻。）各侨寓郡县大多合并撤销。
戊寅日（十三日），加授刘裕为豫州刺史。刘裕坚决辞让太傅、州牧。（胡三省注：辞去年冬所加的官职。）
5林邑（今越南中部）范胡达侵犯九真（今越南清化），杜慧度进击斩杀他。
6河南王乞伏炽磐派遣镇东将军乞伏昙达、平东将军王松寿领兵向东在白石川（今甘肃清水境）攻击休官权小郎、吕破胡，（原文缺四十六字）大败他们，俘虏男女一万多人，进据白石城。显亲（今甘肃秦安西北）休官权小成、吕奴迦等二万多户占据白阬不服，乞伏昙达进攻斩杀他们，陇右的休官全部投降。后秦太尉索棱以陇西（今甘肃陇西）投降乞伏炽磐，（胡三省注：义熙七年，后秦命令索棱守陇西招抚乞伏氏。索，昔各翻。降，户江翻。）乞伏炽磐任命索棱为太傅。