何无忌想乘胜直逼江陵，刘道规说：“兵法上说，屈伸有适时，不能冒进。桓氏世代居住西楚，小人都为他们尽力；桓振勇猛冠绝三军，难以和他争锋。暂且可以息兵养锐，慢慢用计谋牵制他，不愁不能攻克。”何无忌不听。桓振在灵溪（胡三省注：《水经注》记载：江水从江陵县南，向东流经燕尾洲，北边汇合灵溪水。江、溪的汇合处有灵溪戍，背靠山陵面向长江，西边有灵溪）迎战，冯该率兵与他会合，何无忌等人大败，死了一千多人。退回寻阳，与刘毅等人上书请罪。刘裕因刘毅指挥各军，免去他的青州刺史职务。桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。
柳约之、罗述、甄季之听说桓玄死了，从白帝进军到枝江，听说何无忌等在灵溪失败，也领兵撤退。不久罗述、甄季之都生病，柳约之到桓振那里假装投降，想谋划袭击桓振，事情泄露，桓振杀了他。柳约之的司马时延祖、涪陵太守文处茂（处，chu）收集剩余部众，保卫涪陵。
六月，毛璩派将领攻打汉中，斩杀桓希，毛璩自己兼任梁州。
18秋季，七月，戊申（二十二日），永安皇后何氏去世。
19后燕苻昭仪生病，龙城人王荣自称能治好她。苻昭仪去世，后燕王慕容熙把王荣绑在公车门，肢解后焚烧。
20八月，癸酉（十八日），将穆章皇后安葬在永平陵。
21北魏设置六谒官，仿照古代的六卿。
22九月，刁骋谋反，被处死，刁氏于是灭亡（胡三省注：刁逵被诛杀时，只赦免刁骋，而刁雍得以逃走投奔北方；刁骋又被诛杀，那么江南的刁氏就灭亡了）。刁氏一向富有，奴仆门客放纵横行（胡三省注：横指横行），独占山泽，是京口的祸患。刘裕散发他家的资产积蓄，让百姓量力取用（胡三省注：称指估量），一整天都没取完；当时州郡饥饿贫困，百姓依靠这些得以救济。
23乞伏乾归与杨盛在竹岭（胡三省注：上邽西南有南山、竹岭）交战，被杨盛打败。
24西凉公李暠（暠，gǎo）立儿子李歆为世子。
25北魏主拓跋珪到昭阳殿改任百官，召来朝廷文武官员，亲自选拔，根据才能任命。爵位分为四等：王封大郡，公封小郡，侯封大县，伯封小县。那些官品第一到第四，旧臣有功没有爵位的追封，宗室疏远的及异姓袭封的降爵不等。又设置散官五等，官品第五到第九（胡三省注：散指散官）；文官中学生才能优秀、武官能为将帅的，官品也比照第五到第九；百官有空缺， 就从其中选取补充。他的官名不用汉、魏的旧称，仿照上古的龙官、鸟官（胡三省注：《左传》记载：郯子说：从前太皞氏以龙记事，所以设置龙师而以龙命名官职。我们高祖少皞挚即位时，凤鸟正好到来，所以设置鸟师而以鸟命名官职；凤鸟氏掌管历法，玄鸟氏掌管春分秋分，伯赵氏掌管夏至冬至，青鸟氏掌管立春立夏，丹鸟氏掌管立秋立冬；祝鸠氏是司徒，鴡鸠氏是司马，鳲鸠氏是司空，爽鸠氏是司寇，鹘鸠氏是司事；五鸠是聚集百姓的官员。五雉是五种工匠的长官，九扈是九种农官的长官。杜预《注》说：太皞氏有龙的祥瑞，所以以龙命名官职。应劭说：以龙来命名官长：春官为青龙，夏官为赤龙，秋官为白龙，冬官为黑龙，中官为黄龙。张晏说：庖牺将要兴起，神龙背负河图而来，因此用龙来命名官职和军队）。称各部门的使者为凫鸭（胡三省注：《魏书·官氏志》写作“诸曹走使”），取它们飞行迅速的意思；称侦察的候官为白鹭，取它们伸长脖子远望的意思；其余都类似这样。
26卢循侵犯南海，攻打番禺（今广东广州，）。广州刺史濮阳人吴隐之坚守一百多天，冬季，十月，壬戌（初九），卢循夜里袭击城池并攻陷，烧毁官府、百姓房屋殆尽，抓获吴隐之。卢循自称平南将军，代理广州事务，聚集烧焦的尸骨筑成大坟，安葬在洲上，得到骷髅三万多具（胡三省注：《说文解字》说：骷髅是头顶骨）。又派徐道覆攻打始兴（胡三省注：吴孙皓甘露元年，分桂阳南部都尉设立始兴郡，唐代为韶州），抓获始兴相阮腆之。
27刘裕兼任青州刺史（胡三省注：刘毅被免去青州刺史，刘裕自己兼任）。
刘敬宣在寻阳，聚集粮食修缮船只，从未没有防备，所以何无忌等人虽然败退，依靠他得以重新振作。桓玄哥哥的儿子桓亮自称江州刺史，侵犯豫章，刘敬宣打败了他。
刘毅、何无忌、刘道规又从寻阳西上，到达夏口。桓振派镇东将军冯该防守东岸，扬武将军孟山图占据鲁山城，辅国将军桓仙客防守偃月垒，部众合计一万人，水陆互相支援。刘毅攻打鲁山城，刘道规攻打偃月垒，何无忌扼守中游，从辰时到午时，二城都被攻克（胡三省注：汉水与长江在鲁山西南汇合，汉水左边有却月城，也叫偃月垒，是旧时的曲陵县，后来改为沙羡县治所），活捉孟山图、桓仙客，冯该逃到石城（胡三省注：走