5二月，丙戌（十三日），各军攻打石头城。建威长史滕含攻击苏逸，大败他。苏硕率领数百名骁勇，渡过秦淮河交战，温峤攻击斩杀他。韩晃等害怕，率领部众到曲阿投奔张健，城门狭窄不能出去，互相踩踏，死了数万人。西军擒获苏逸，杀了他。滕含的部将曹据抱着成帝投奔温峤的船，群臣见成帝，叩头痛哭请罪。杀西阳王司马羕，连同他的两个儿子司马播、司马充、孙子司马崧及彭城王司马雄（胡三省注：司马羕依附苏峻见上咸和三年，司马雄投奔苏峻见上卷二年。）。陶侃与任让有旧交，为他请求活命。成帝说：“这是杀我侍中、右卫的人，不可赦免。”于是杀了他。司徒王导进入石头城，让人取来自己原来的符节（胡三省注：王导自讨伐王敦时被授符节；他从石头城出奔时，丢弃了。）。陶侃笑着说：“苏武的符节好像不是这样。”王导有惭愧之色（胡三省注：王导被陶侃讥讽，为自己失节而惭愧。）。丁亥（十四日），大赦天下。
张健怀疑弘徽等对自己有二心，都杀了他们；率领水军从延陵（今江苏丹阳南）将要进入吴兴（今浙江湖州，胡三省注：毗陵县，前汉属会稽郡，后汉分属吴郡，晋分属毗陵郡。师古说：毗陵，旧延陵，汉改名。晋分毗陵、延陵为两县，毗陵就是今常州晋陵县之地，延陵就是今润州丹徒、金坛之地。宋白说：延陵县本是汉曲阿县地，晋太康二年，分曲阿的延陵乡设置。），乙未（二十二日），扬烈将军王允之与他交战，大败他，俘获男女一万多人。张健又与韩晃、马雄等向西赶赴故鄣（今浙江安吉北，胡三省注：故鄣县汉属丹阳郡；吴分吴郡丹阳设置吴兴郡，故鄣属吴兴。其地本是秦鄣郡治所，所以叫故鄣。今湖州安吉县是故鄣的南乡；今广德军是汉故鄣县之地。杜佑说：湖州长城县西八十里鄣郡故城，就是秦鄣郡县城。），郗鉴派参军李闳追击，在平陵山（今江苏溧阳附近，胡三省注：根据《帝纪》，平陵山应当在溧阳境内。沈约说：吴分溧阳为永平县，晋武帝改名永世。董览《吴地志》说：晋分永世为平陵县，宋文帝元嘉九年，并入永世、溧阳二县。）追上，都杀了他们。
当时宫阙化为灰烬，以建平园（皇家园林）为宫殿。温峤想迁都豫章（今江西南昌），三吴的豪强请求迁都会稽，两种议论纷纷不决。司徒王导说：“孙权、刘备都说‘建康是王者的居所’（胡三省注：见六十六卷汉献帝建安十七年。）。古代的帝王，不必因贫富迁都；如果致力于根本，节约用度，何必担心衰败！如果不重视农业，那么乐土也会变成废墟。况且北寇像游魂一样，窥伺我们的空隙，一旦示弱，逃到蛮越之地，从声望和实际来看，恐怕不是好计策（胡三省注：望是外在的表现；实是内在的根基。）。现在只应以静制动，人心自然安定。”于是不再迁都。任命褚翜为丹阳尹。当时经过兵火之后，民物凋残，褚翜收集散亡的人，京城才安定下来。
6壬寅（二十九日），将湘州（今湖南）并入荆州（今湖北）。（胡三省注：分湘州见八十六卷怀帝永嘉元年。）
7三月，壬子（初十），论平定苏峻的功劳，任命陶侃为侍中、太尉，封长沙郡公，加授都督交、广、宁州诸军事（胡三省注：陶侃先前督荆、襄、雍、梁四州，现在加督三州。）；郗鉴为侍中、司空、南昌县公；温峤为骠骑将军、开府仪同三司，加授散骑常侍、始安郡公；陆晔进爵为江陵公；其余赐爵侯、伯、子、男的很多。卞壸及两个儿子卞眕、卞盱、桓彝、刘超、钟雅、羊曼、陶瞻，都加赠谥号。路永、匡术、贾宁，都是苏峻的党羽；苏峻未败时，路永等离开苏峻归顺朝廷；王导想赏给他们官爵。温峤说：“路永等都是苏峻的心腹，首先制造祸乱，罪行极大。后来虽然悔改，不足以赎回前罪；能保全性命，已经很幸运了，怎能再褒奖宠爱他们！”王导才停止。
陶侃因江陵（今湖北江陵）偏远，移镇巴陵（今湖南岳阳）。
朝廷商议想留温峤辅政，温峤因王导是先帝任命的，坚决推辞回藩镇；又因京城荒凉残破，物资不足，于是留下物资储备和器具，然后返回武昌（今湖北鄂州）。
成帝从石头城出来时，庾亮见成帝，叩首哽咽，诏令庾亮和大臣一同登上御座。第二天，庾亮又磕头谢罪，请求退休，想全家逃到山海之地。成帝派尚书、侍中拿手写诏书安慰说：“这是国家的危难，不是舅舅的过错。”庾亮上疏自责：“祖约、苏峻放纵凶逆，罪过由我引发（胡三省注：事情见上卷元年。），即使被寸斩屠戮，也不足以告谢七庙的神灵，塞住天下的指责。朝廷又有什么理由把我列入朝臣，我又有什么脸面自列于人臣之位！希望陛下虽施宽宥，保全我的性命；还应抛弃我，任我自生自灭，那么天下人就能大致知道劝善戒恶的纲纪了。”优诏不允许。庾亮又想